A biodiversidade do Pantanal constitui recurso natural com reconhecido valor na economia, na cultura, na recreação, na estética, na ciência e na educação. A vegetação, mais a produtividade sazonal, suporta uma fauna abundante. Muitas espécies ameaçadas de extinção ocorrem na região e aves aquáticas são excepcionalmente abundantes durante a estação seca. Perdas da biodiversidade do Pantanal e de seus hábitats naturais associados ocorrem como resultado do uso não sustentável da terra. A implementação de áreas protegidas é somente uma parte da estratégia necessária. Analisamos as ameaças ambientais do bioma sob sete tópicos principais: 1) conversão da vegetação natural em pasto e campos agrícolas; 2) destruição e degradação de hábitats, principalmente pelo emprego de fogo; 3) sobre uso de espécies, principalmente pela pesca; 4) poluição de água; 5) modificação de fluxo de rios, principalmente pela implantação de pequenas usinas hidrelétricas; 6) turismo não sustentável; e 7) introdução de espécies invasoras exóticas.

The Pantanal's biodiversity constitutes a valuable natural resource, in economic, cultural, recreational, aesthetic, scientific and educational terms. The vegetation plus the seasonal productivity support a diverse and abundant fauna. Many endangered species occur in the region, and waterfowl are exceptionally abundant during the dry season. Losses of biodiversity and its associated natural habitats within the Pantanal occur as a result of unsustainable land use. Implementation of protected areas is only a part of the conservation strategy needed. We analyse biodiversity threats to the biome under seven major categories: 1) conversion of natural vegetation into pasture and agricultural crops, 2) destruction or degradation of habitat mainly due to wild fire, 3) overexploitation of species mainly by unsustainable fishing, 4) water pollution, 5) river flow modification with implantation of small hydroelectric plants, 6) unsustainable tourism, and 7) introduction of invasive exotic species.