A presente pesquisa objetivou a caracterização das cooperações entre universidades e institutos de pesquisa (U-IP) no setor agropecuário. O referencial teórico aborda temas como tecnologia e inovação tecnológica, sistema nacional de inovação (SNI), cooperação interinstitucional para inovação tecnológica, transferência de tecnologia, além dos papéis de universidades e institutos de pesquisa dentro do SNI. Também aborda os temas de tipos de pesquisa e o contexto da pesquisa agropecuária brasileira. A revisão teórica foi fundamentada na cooperação entre universidades e empresas (U-E), dada a reduzida literatura a respeito da cooperação U-IP. A metodologia utilizada foi a de estudo de caso, de natureza exploratória e qualitativa, utilizando roteiros de entrevista semiestruturados, questionários semiestruturados, bem como análise documental. O caso estudado foi o da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa), onde foram coletados dados em três unidades de pesquisa, três universidades que cooperam com essas unidades e três unidades administrativas da Embrapa que apresentam contato com as universidades, totalizando nove entrevistas e questionários. Foi possível dessa forma identificar motivadores, tipos de ligações, barreiras, facilitadores e resultados percebidos nessas cooperações.

This research aims the characterization of the university-research institutes cooperation process in the agriculture. The theoretical referential approaches themes such as technology and technological innovation, national innovation system, cooperation between organizations for technological innovation, technology transfer, and the universities and research institutes roles in the Brazilian national innovation system. It also addresses the types of research and the Brazilian agricultural research context. The theoretical review was based in the universit-industry cooperation, since there is too little literature regarding the research institute-university cooperation. The methodology of case study was used, and the research nature was classified as exploratory and qualitative, and used semi-structured interviews and questionnaires, as well as documental analysis. The case studied was of Embrapa, were the data was collected in three research units, three universities that cooperate with these units, and three administrative units of Embrapa that have contact with universities, in a total of nine interviews and questionnaires. It was possible this way identify motivators, types of links, barriers, facilitators and perceived results in these kind of cooperation's.