Abstract For a better interpretation of variants, evidence-based databases, such as ClinVar, compile data on the presumed relationships between variants and phenotypes. In this study, we aimed to analyze the pattern of sequencing depth in variants from whole-exome sequencing data in the 1000 Genomes project phase 3, focusing on the variants present in the ClinVar database that were predicted to affect protein-coding regions. We demonstrate that the distribution of the sequencing depth varies across different sequencing centers (pair-wise comparison, p < 0.001). Most importantly, we found that the distribution pattern of sequencing depth is specific to each facility, making it possible to correctly assign 96.9% of the samples to their sequencing center. Thus, indicating the presence of a systematic bias, related to the methods used in the different facilities, which generates significant variations in breadth and depth in whole-exome sequencing data in clinically relevant regions. Our results show that methodological differences, leading to significant heterogeneity in sequencing depth, may potentially influence the accuracy of genetic diagnosis. Furthermore, our findings highlight how it is still challenging to integrate results from different sequencing centers, which may also have an impact on genomic research.

ABSTRACT The prevention of chronic and degenerative diseases, is a health concern deeply associated with oxidative stress. Such progressive phenomena can be avoided through exogenous antioxidant intake, which set up a reductant cascade, mopping up damaging free radicals. Medicinal herbs are commonly associated with high antioxidant potential, and hence their health benefits. The commerce of dried herbal extracts movements a big portion of developing countries economy. The determination of medicinal herbs the antioxidant activity capacity is of utmost importance. The assessment of antioxidant activity in phytotherapics is mostly achieved by spectrophotometric assays, however colored substances can produce interferences that do not occur in electroanalytical methods. Therefore, the aim of this paper is to compare spectrophotometric and voltammetric techniques to evaluate antioxidant activity in herbal drugs such as: Ginkgo biloba L., Camellia sinensis (L.) Kuntze, Theaceae; Hypericum perforatum L., Hypericaceae; Aesculus hippocastanum L., Sapindaceae; Rosmarinus officinalis L., Lamiaceae; Morinda citrifolia L., Rubiaceae; Centella asiatica (L.) Urb., Apiaceae; Trifolium pratense L., Fabaceae; Crataegus oxyacantha L., Rosaceae; and Vaccinium macrocarpon Aiton, Ericaceae. The spectrophotometric methods employed were DPPH (2,2-diphenyl-1-picrylhydrazyl), ABTS (2,2'-azino-bis (3-ethylbenzothiazoline-6-sulfonic acid) and the Folin-Ciocalteu assays. The electroanalytical method used was voltammetry and it was developed a phenoloxidase based biosensor. The redox behavior observed for each herbal sample resulted in distinguishable voltammetric profiles. The highest electrochemical indexes were found to G. biloba and H. perforatum, corroborating to traditional spectrophotometric methods. Thus, the electroanalysis of herbal drugs, may be a promising tool for antioxidant potential assessment.

Cowpea mild mottle virus (CpMMV), the causal agent of stem necrosis disease, has drawn attention of soybean producers in recent years due to yield losses in the main producing regions of Brazil. Serological methods for viral detection require the use of an antiserum of good quality to achieve specificity and sensitivity. The entire coat protein gene of a Brazilian CpMMV isolate was cloned into a bacterial expression vector and transformed into Escherichia coli BL21::DE3 for in vitro expression. The coat protein, fused to a His-tag, was purified under denaturing conditions by affinity chromatography using a Ni-NTA resin. After renaturation, the integrity and identity of the purified recombinant protein was confirmed by SDS-Page and MALDI-ToF/ToF mass spectrometer analyses. A rabbit was immunized with increasing amounts of the recombinant protein. The specificity and sensitivity of the antiserum was demonstrated by Western blot and indirect ELISA assays. The polyclonal antisera raised against recombinant coat protein proved to be a reliable tool for CpMMV detection.

The present study investigated the antinociceptive effects of Ocimum basilicum L. (Lamiaceae) leaf essential oil (LEO) and (-)-linalool (LIN) in formalin (2%)-, glutamate (25 µM)- and capsaicin (2.5 µg)- induced orofacial nociception models in mice. The involvement of these substances was further evaluated on the neuronal excitability of the hippocampal dentate gyrus. Male mice (n=8/group) were pretreated separately with LEO and by LIN (50, 100, and 200 mg/kg, i.p.), morphine (5 mg/kg, i.p.) and vehicle (saline + Tween 80 0.2%), before injection of nociceptive agent into the right upper lip (perinasal area). The LEO and LIN reduced the nociceptive face-rubbing behaviour in both phases on formalin test. LEO and LIN, at high doses, produced significantly antinociceptive effect in the capsaicin and glutamate tests. In hippocampal slices, LEO inhibited the population spike generated by stimulation of the hylus (antidromic stimulation), with an IC50 of 0.1±0.05 mg/mL. This response was reversibly blocked by lidocaine (0.5 mg/mL), a known voltage-dependent sodium channel antagonist and by LIN (0.5 mg/mL). Our results suggest that LEO and LIN modulate neurogenic and inflammatory pain in the tests of orofacial nociception induced by formalin, capsaicin and glutamate. Part of these effects may be associated with decreased peripheral and central neuronal excitability.

Senna macranthera é uma árvore tropical nativa do Sudeste e Nordeste brasileiro. Em julho de 2006, sintomas de manchas cloróticas nas folhas jovens e de mosaico leve nas folhas mais velhas foram observados em plantas de S. macranthera em Viçosa, Estado de Minas Gerais, Brasil. A observação de preparações "leaf-dip" em microscópio eletrônico de transmissão revelou a presença de partículas alongado-flexuosas. O RNA viral foi extraído de vírions purificados e utilizado como molde para RT-PCR e clonagem de fragmentos do genoma viral. Dois fragmentos (0,9 kb e 2,0 kb de tamanho) foram clonados. A análise da sequência do fragmento de 0,9 kb indicou que este corresponde à região codificadora da proteína NIb de um potyvírus, com 72% de identidade de nucleotídeos com o Pepper mottle virus (PepMoV) e Peru tomato mosaic virus (PTV), enquanto a análise do fragmento de 2,0 kb indicou que este corresponde à ORF que codifica a possível replicase de um vírus classificado na recém-estabelecida ordem Tymovirales, com 74% de identidade de nucleotídeos com o Garlic virus A (GarV-A). Com base na análise molecular e na gama de hospedeiros, conclui-se que os fragmentos virais clonados representam novas espécies, para as quais sugerem-se os nomes Senna virus Y (gênero Potyvirus, família Potyviridae) e Senna virus X (ordem Tymovirales, gênero não definido).

Senna macranthera is a common tropical tree native to South- and Northeastern Brazil. In July 2006, symptoms of chlorotic spots in the young leaves and mild mosaic in the old leaves were observed in S. macranthera trees at Viçosa, State of Minas Gerais, Brazil. Electron microscopy examination of leaf dip preparations from the young leaves revealed the presence of flexuous rods. Viral RNA was extracted from purified virion preparations and used as a template for the RT-PCR-based cloning of viral genomic fragments. Two fragments (0.9 kb and 2.0 kb in length) were cloned. Sequence analysis of the 0.9 kb fragment indicated that it corresponded to the NIb coding region of a potyvirus, with nucleotide (nt) identity level of 72% for Pepper mottle virus (PepMoV) and Peru tomato mosaic virus (PTV), while analysis of the 2.0 kb fragment indicated that it corresponded to the putative replicase ORF, which displayed 74% nt identity with the ORF1 (replicase) of Garlic virus A (GarV-A). Based on molecular analysis and the isolates' host range, it is concluded that the viral fragments represent new viruses, for which we propose the names Senna virus Y (genus Potyvirus, family Potyviridae) and Senna virus X (unassigned genus, order Tymovirales).

O objetivo deste trabalho foi estudar a prevalência de adultos infectados por L. L. chagasi entre doadores de sangue do Hemocentro Regional de Montes Claros/MG .Realizou-se estudo epidemiológico, transversal e quantitativo, no período de 16/09/08 a 13/11/08. Participaram da pesquisa 421 doadores aptos na triagem clínica, sendo realizada imunofluorescência indireta para L.L.chagasi. Aqueles que apresentaram resultados positivos foram submetidos ao teste rápido antígeno-específico para Leishmania donovani. A análise das variáveis gênero, faixa etária, procedência, número de doações, resultados sorológicos para leishmaniose e chagas, foi realizada pelos testes estatísticos qui-quadrado (x2), x2 com tendência linear e teste Fisher. Foi considerado o nível de significância de 5% (p<0,05). O perfil da amostra foi semelhante ao perfil geral dos doadores. Os participantes, em sua maioria procedentes da zona urbana (92,7%), residentes em Montes Claros (67,9%), homens (61,3%), com faixa etária de 18 a 29 anos. Em relação aos resultados sorológicos, 23 (5,5%) apresentaram positividade para imunofluorescência indireta e nenhum destes foi positivo no teste rápido. Ao comparar os resultados da imunofluorescência para leishmaniose e a sorologia Elisa chagas, dois foram positivos para ambos os testes, sendo demonstrada correlação estatística significante (p=0,003). Porém, 21 foram positivos para leishmaniose e negativos para chagas. Os resultados permitiram conhecer a prevalência da infecção por L. l. chagasi em indivíduos assintomáticos, adultos, doadores de sangue do Hemocentro Regional de Montes Claros/MG e apontam para a necessidade de maiores estudos quanto ao possível risco de transmissão transfusional da doença.

The objective of this work was to study the prevalence of adults infected by Leishmania (Leishmania) chagasi among blood donors of the Hemominas Foundation in Montes Claros, Brazil. A cross-sectional, quantitative epidemiological study was performed of 421 blood donors from September 16 2008 to November 13 2008. The L. l. chagasi indirect immunofluorescence test (RIFI) was utilized. Donors that presented with positive results in RIFI were retested using the fast immunochromatographic test (Trald). The gender, age, place of origin, number of donations, leishmania and chagas disease serum results were studied with statistical correlations being analyzed utilizing the chi-square test (x2), x2 with linear tendency and the Fisher test; a level of significance of 5% (p <0.05) was considered acceptable. The profile of the study sample was similar to the overall donor profile. The participants were mostly donors from urban areas (92.7%), living in Montes Claros (67.9%), men (61.3%) and with ages between 18 and 29 years old. In relation to the serum results, 23 (5.5%) were positive according to the RIFI however none of them were positive by the Trald. On comparing the results of RIFI and the chagas disease serum test (Elisa), two individuals were positive for both tests, thereby giving a statistically significant correlation (p=0.003). However the other 21 were positive only by RIFI and negative for chagas disease. The results show the prevalence of infection by L. l. chagasi in asymptomatic, adult blood donors in the Hemominas Foundation in Montes Claros, and highlight the need for further studies on the possible risk of disease transmission via blood transfusion.

Plantas de feijão-vagem do cultivar Novirex apresentando mosaico e enrolamento de vagens, sem deformação foliar evidente, foram coletadas em 2002 em Cordisburgo, MG. Estudos preliminares identificaram o vírus como um isolado do Bean rugose mosaic virus (BRMV). Este trabalho relata a caracterização do isolado, por meio de produção e avaliação de anti-soro, determinação da gama de hospedeiros, estudo da transmissão do vírus por besouros crisomelídeos e estimativa de perdas em feijoeiro como resultado de infecção isolada ou em conjunto com o Bean common mosaic virus (BCMV). O roteiro adotado para purificação possibilitou a obtenção de vírus purificado em rendimento satisfatório para a produção de anti-soro. A titulação dos anti-soros foi realizada por ELISA indireto, obtendo-se reações positivas com a diluição máxima testada (1:70.000). Das 22 espécies vegetais utilizadas na gama de hospedeiros, foram infectadas plantas de Chenopodium quinoa e alguns cultivares de feijão e soja, conforme esperado para o BRMV. O isolado de BRMV foi transmitido pelo besouro crisomelídeo Cerotoma arcuata a uma taxa de 33,3%. A infecção simples de feijão 'Ouro Negro' e de feijão-vagem 'Novirex' levou a uma redução do peso das vagens por planta de 3,4% e 84,9%, respectivamente. Infecção mista do BRMV com o BCMV levou a uma redução do peso de vagens por planta de até 70,1% para 'Novirex' e de até 90,8% para 'Ouro Negro'.

Bean plants of the cultivar Novirex, showing an atypical pod curling symptom without mosaic or leaf distortion, were collected in 2002 at Cordisburgo, MG. Previous studies identified the virus as an isolate of Bean rugose mosaic virus (BRMV). This work reports on the characterization of the isolate, including its purification and production of a polyclonal antiserum, determination of a partial host range, vector transmission, and an estimate of yield losses due to single or mixed infection with Bean common mosaic virus (BCMV). The protocol adopted for virus purification led to purified preparations with high yield, and the antisera obtained reacted with the maximum dilution tested (1:70.000) in indirect ELISA. From the 22 plant species tested as hosts, Chenopodium quinoa reacted with chlorotic local lesions, which evolved to mosaic and leaf distortion in non-inoculated leaves. Bean and soybean cultivars reacted with mosaic and leaf distortion of varying intensity, as expected for BRMV. The isolate was transmitted by Cerotoma arcuata to 33.3% of the inoculated plants. Single infection of 'Ouro Negro' and 'Novirex' beans caused a reduction in the total weight of pods per plant of 3.4% and 84.9%, respectively. Mixed infection with BCMV caused a reduction of pod weight per plant of up to 70.1% in 'Novirex' and up to 90.8% in 'Ouro Negro'.

Dezesseis plantas transgênicas (R0) de maracujá-amarelo (Passiflora spp.) foram obtidas expressando um RNA não-traduzível correspondente à região 3' do gene NIb e 5' do gene CP de um isolado brasileiro do CABMV. As plantas R0 foram propagadas vegetativamente por estaquia e inoculadas com os isolados CABMV-MG1 e CABMV-PE1. Uma das plantas (TE5-10) foi resistente ao isolado CABMV-MG1, porém suscetível ao isolado CABMV-PE1. As demais plantas transgênicas foram suscetíveis a ambos os isolados, apresentando sintomas sistêmicos semelhantes ao de plantas não-transformadas. A ausência de replicação viral nas plantas TE5-10 foi confirmada por ELISA indireto. A análise da transcrição do transgene nas plantas TE5-10 demonstrou que estas não acumulam o mRNA transgênico, mesmo antes da inoculação com o vírus. Após a inoculação, o RNA viral foi detectado apenas em plantas inoculadas com o isolado CABMV-PE1. Esses resultados confirmam que a planta TE5-10 é resistente ao isolado CABMV-MG1, e sugerem que o mecanismo da resistência é baseado em silenciamento gênico pós-transcricional, o qual já se encontra ativado nas plantas antes da inoculação com o vírus.

Sixteen transgenic yellow passionfruit (Passiflora spp.) plants (R0) were obtained which express a non-translatable transgenic RNA corresponding to the 3' region of the NIb gene and the 5' region of the CP gene, derived from the genome of a Brazilian isolate of Cowpea aphid-borne mosaic virus (CABMV). The transgenic plants were propagated by stem cuttings and challenged by sap inoculation with isolates CABMV-MG1 and CABMV-PE1. One transgenic plant (TE5-10) was resistant to the isolate CABMV-MG1, but susceptible to CABMV-PE1. The remaining transgenic plants developed systemic symptoms, equal to non-transformed plants, when inoculated with either isolate. The absence of virus in TE5-10 plants was confirmed by indirect ELISA. Transcription analysis of the transgene demonstrated that the TE5-10 plant did not accumulate transgenic mRNA, even before inoculation. After inoculation, viral RNA was only detected in plants inoculated with CABMV-PE1. These results confirm that the transgenic plant TE5-10 is resistant to isolate CABMV-MG1, and suggest that the resistance mechanism is post-transcriptional gene silencing, which is already activated in the transgenic plants before virus inoculation.

Amostras foliares de plantas de maracujá-amarelo (Passiflora edulis f. flavicarpa) com sintomas típicos de endurecimento dos frutos foram coletadas nos estados de Pernambuco, Paraíba e Sergipe. A infecção viral foi comprovada por meio de teste sorológico e gama de hospedeiros. Os seis isolados virais obtidos foram capazes de infetar várias espécies testadas, porém apresentando diferenças na intensidade dos sintomas induzidos nessas hospedeiras. Teste de ELISA indireto demonstrou que os isolados obtidos a partir de plantas de maracujá são sorologicamente relacionados entre si e com o potyvírus Cowpea aphid-borne mosaic virus (CABMV). A seqüência de aminoácidos da proteína capsidial foi determinada para os seis isolados. A comparação dessas seqüências com as de outros potyvírus indicou uma identidade máxima com isolados de CABMV (86 a 94%). A identidade com isolados de Passionfruit woodiness virus (PWV) foi de 68 a 76%. Análise filogenética realizada a partir das seqüências de aminoácidos agrupou os isolados em estudo junto a isolados de CABMV, distante de isolados de PWV. Em conjunto, os resultados indicam que os isolados de maracujá analisados constituem na verdade uma estirpe do CABMV.

Leaf samples of yellow passionfruit plants (Passiflora edulis f. flavicarpa) showing woodiness symptoms in the fruit were collected in fields located in the states of Pernambuco, Paraíba and Sergipe. Virus infection was confirmed by serology and inoculation of indicator plants. The six viral isolates obtained from passionfruit were capable of infecting several plant species, although a difference in the intensity of symptoms induced by each isolate was observed in some hosts. Indirect ELISA showed that the passionfruit isolates were serologically related to each other, and also to the potyvirus Cowpea aphid-borne mosaic virus (CABMV). The amino acid sequence of the capsid protein was determined for the six isolates. Sequence comparisons with other potyviruses indicated a maximum degree of identity with CABMV (86 to 94%). Sequence identity with isolates of Passionfruit woodiness virus (PWV) ranged from 68 to 76%. Phylogenetic analysis based on the amino acid sequences confirmed that the Brazilian passionfruit isolates are closely related to CABMV, and only distantly related to PWV. Together, these results indicate that the potyvirus isolates obtained from passionfruit comprise a strain of CABMV.

Vinte isolados virais provenientes de Capsicum spp. foram coletados em Minas Gerais, São Paulo, Espírito Santo e Rio de Janeiro visando definir a etiologia dos mosaicos. Para a caracterização biológica realizou-se teste de gama de hospedeiros e inoculação em cultivares diferenciadoras de pimentão (Capsicum annuum). Dois isolados provenientes de batata (Solanum tuberosum) (PVY N-BR e PVY O-BR) foram utilizados como controles. Os resultados indicaram considerável grau de variabilidade biológica entre os isolados, embora todos tenham sido identificados preliminarmente como Potato virus Y (PVY). A reação das cultivares diferenciadoras classificou os isolados como patótipo 1 ou 1.2 de PVY. Anti-soros foram produzidos a partir de partículas virais purificadas de um isolado fraco e um forte. O uso desses anti-soros em ELISA indireto levou a resultados positivos contra os isolados testados. Os anti-soros reagiram também contra PVY N-BR e PVY O-BR, embora este último tenha apresentado reação mais fraca. Para caracterização molecular, seqüenciaram-se os genes da polimerase (NIb) e da proteína capsidial (cp), e da região 3' não-traduzida (3'NTR) de isolados biologicamente distintos. A análise filogenética confirmou a identidade de seis isolados como Pepper yellow mosaic virus (PepYMV), um potyvírus descrito recentemente infetando pimentão no Brasil. Esse resultado sugere que o PepYMV pode ser a espécie de potyvírus predominante em Capsicum spp. no Brasil. O fato de isolados de PepYMV apresentarem gama de hospedeiros semelhante à do PVY, e de os dois vírus apresentarem relacionamento sorológico, ressalta a utilidade da análise molecular para a classificação de potyvírus provenientes de Capsicum spp.

Twenty isolates were obtained from Capsicum spp. plants in the states of Minas Gerais, São Paulo, Espírito Santo and Rio de Janeiro. The isolates were biologically characterized using a host range assay and inoculation into a series of differential sweetpepper (Capsicum annuum) cultivars. Two isolates from potato (Solanum tuberosum) (PVY N-BR e PVY O-BR) were used as controls. The isolates displayed a high degree of biological variability, although they were all preliminarly identified as Potato virus Y (PVY). The reaction in the differential cultivars enabled the classification of the isolates as pathotypes 1 or 1.2 of PVY. The production of antiserum was carried out using purified virions of one mild and one severe isolate. Using these antisera in indirect ELISA, positive reactions against all the isolates were observed. The antisera also reacted against PVY N-BR and PVY O-BR, although the latter reacted weakly. For molecular characterization, the polymerase (NIb) and capsid protein (cp) genes and the 3' non-translated region (3'NTR) of biologically distinct isolates were cloned and sequenced. Phylogenetic analysis confirmed the identity of six isolates as Pepper yellow mosaic virus (PepYMV), a potyvirus recently described infecting sweet pepper (Capsicum annuum) in Brazil. This result suggests that PepYMV could be the predominant potyvirus causing mosaic in Capsicum species in Brazil. Since PepYMV isolates have host ranges similar to PVY (including the reaction in differential cultivars), and the two viruses cross-react serologically, the usefulness of the molecular analysis is demonstrated in the identification of potyviruses from Capsicum spp.

Um anti-soro policlonal específico para Watermelon mosaic virus (WMV) foi produzido por meio da imunização de coelhos com proteína capsidial purificada, expressa in vitro em células de Escherichia coli. O gene cp foi amplificado via RT-PCR utilizando oligonucleotídeos específicos, a partir de RNA viral extraído de preparações virais concentradas. O fragmento amplificado foi clonado em pBLUESCRIPT KS+ e completamente seqüenciado para confirmação de sua identidade e integridade. Em seguida, o fragmento foi subclonado no vetor de expressão pRSET-A. Plasmídeos recombinantes foram utilizados para a expressão da proteína capsidial em E. coli BL21::DE3. A proteína foi purificada por meio de cromatografia de afinidade em coluna de Ni+-NTA, a partir de proteínas totais extraídas de E. coli. Uma vez purificada, a proteína foi quantificada e utilizada para imunização dos coelhos. O anti-soro foi testado quanto a sua especificidade e sensibilidade em testes de Western blot, DAS-ELISA, imunodifusão e ELISA indireto. Todos os testes demonstraram que o anti-soro produzido a partir da expressão in vitro da proteína capsidial é altamente específico para a detecção do WMV em extratos foliares, não tendo sido observada nenhuma reação heteróloga interespecífica.

A Watermelon mosaic virus (WMV)-specific, polyclonal antiserum was raised in rabbits by immunization with purified capsid protein expressed and purified from Escherichia coli cells. The cp gene was RT-PCR-amplified using specific oligonucleotides, and viral RNA extracted from concentrated particles as a template. The amplified fragment was cloned in pBLUESCRIPT KS+ and fully sequenced in order to confirm its identity and integrity. The fragment was subsequently subcloned into the pRSET-A expression vector. Recombinant plasmids were used to induce the expression of the capsid protein in E. coli BL21::DE3. The protein was purified by affinity chromatography using a Ni+-NTA resin, from E. coli total protein extract. The purified protein was quantified and used for the immunization of rabbits. The antiserum was tested for its sensitivity and specificity in Western blot, DAS-ELISA, immunodiffusion and indirect ELISA assays. All tests indicated that the antiserum raised from in vitro-expressed capsid protein is highly specific for the detection of WMV in plant extracts, with no interspecific, heterologous reactions being observed.

A análise da variabilidade genética de geminivírus infetando tomateiros (Lycopersicon esculentum) na região Sudeste do Brasil foi realizada por meio do seqüenciamento direto de fragmentos de PCR amplificados com oligonucleotídeos universais para o componente A de begomovírus, seguido de análise filogenética. Amostras de tomateiro e de algumas plantas daninhas associadas, apresentando sintomas típicos de infecção por vírus, foram coletadas em sete municípios nos estados de Minas Gerais, Espírito Santo e Rio de Janeiro. Após extração de DNA total e PCR, verificou-se que 137 amostras estavam infetadas por begomovírus, de um total de 369 amostras coletadas. A análise filogenética indicou existir uma grande diversidade genética de begomovírus em tomateiros nas três regiões amostradas, com a predominância de uma espécie viral (Tomato chlorotic mottle virus, TCMV) na Zona Metalúrgica de MG, enquanto no RJ e ES predomina uma outra espécie não completamente caracterizada. A análise filogenética indicou ainda a presença de outras quatro possíveis novas espécies de begomovírus em tomateiro. O alto grau de diversidade genética encontrado sugere uma transferência recente de begomovirus a partir de hospedeiros silvestres para o tomateiro. O relacionamento filogenético encontrado entre os begomovirus de tomateiro e isolados virais obtidos a partir de plantas daninhas favorece essa hipótese.

The genetic diversity of begomovirus isolates from tomato (Lycopersicon esculentum) fields in the Southeastern region of Brazil was analyzed by direct sequencing of PCR fragments amplified by using universal oligonucleotides for the begomovirus DNA-A, and subsequent computer-aided phylogenetic analysis. Samples of tomato plants and associated weeds showing typical symptoms of virus infection were collected at seven locations in the states of Minas Gerais, Espírito Santo and Rio de Janeiro. A total of 137 out of 369 samples were infected with a begomovirus based on PCR analysis. Phylogenetic analysis indicated a high degree of genetic diversity among begomoviruses infecting tomatoes in the sampled area. One species (Tomato chlorotic mottle virus, TCMV) occurs predominantly in Minas Gerais, whereas in Rio de Janeiro and Espírito Santo a distinct species, not yet fully characterized, predominates. Phylogenetic analysis further indicates the presence of an additional four possible new species. This high degree of genetic diversity suggests a recent transfer of indigenous begomovirus from wild hosts into tomatoes. The close phylogenetic relationship verified between begomovirus infecting tomato and associated weeds favors this hypothesis.

Efetuou-se a clonagem e seqüenciamento do gene que codifica a proteína capsidial de dois isolados do vírus do mosaico da alface (Lettuce mosaic virus, LMV) provenientes do estado de São Paulo, previamente caracterizados como pertencentes aos patótipos II (AF198, incapaz de infetar cultivares com os genes de resistência mo1¹ ou mo1²) e IV (AF199, capaz de quebrar a resistência propiciada pelos genes mo1¹ e mo1²), com base na virulência em cultivares diferenciadoras. Análise comparativa das seqüências de nucleotídeos de isolados provenientes da Europa, América do Norte, Oriente Médio e os dois isolados brasileiros não permitiu sua separação em estirpes, pois as porcentagens de homologia foram sempre superiores a 95%. Entretanto, análise filogenética dos isolados sugere uma origem comum entre o isolado AF-198 e os isolados LMV-R e LMV-0 (patótipo II, provenientes dos Estados Unidos e da França, respectivamente). O isolado AF199 apresentou uma alta homologia de seqüência com os isolados LMV-Aud e LMV-13, ambos provenientes da França. Esses isolados também são relacionados a isolados provenientes do Chile, embora uma origem comum não seja proposta. Eventos independentes de mutação podem estar ocorrendo em diferentes partes do mundo, propiciando o surgimento de novas estirpes de LMV capazes de quebrar a resistência conferida pelos genes mo1¹ e mo1².

The coat protein genes of two field isolates of Lettuce mosaic virus (LMV) from São Paulo State, previously characterized based on their virulence on lettuce (Lactuca sativa) differential cultivars as belonging to pathotypes II (isolate AF198, unable to infect cultivars possessing the genes mo1¹ or mo1²) and IV (isolate AF199, which breaks the resistance conferred by mo1¹ or mo1²), were cloned and sequenced. Comparisons of the nucleotide sequences from European, Middle-Eastern, North American, and the two Brazilian isolates did not distinguish strains, because homologies were always greater than 95%. However, phylogenetic analysis indicated that the Brazilian isolate AF198 clusters with isolates LMV-R and LMV-0 (pathotype II, from the United States and France, respectively). Isolate AF199 clustered with two isolates (LMV-Aud and LMV-13) from France. These isolates are also closely related to isolates from Chile, although a common origin is not proposed. Independent mutation events may be occurring in different parts of the world, leading to the emergence of distinct LMV strains capable of overcoming the resistance genes mo1¹ or mo1².

Um levantamento de ectoparasitos de pequenos mamiferos foi realizado na ilha de Ma-racá, Roraima, Bnasil, durante três distintos periodos entre novembro de 1987 a fevereiro de 1989, tendo sido colecionados 1. 774 exemplares retirados de 51 roedores e 3 marsupiais. Os números e a distribuição por sexo das espécies de ectoparasitos encontrados são apresentados. Novos registros de hospedeiros são dados pana Androlaelaps fahrenhol zi, Gigantolaelaps goyanensis, Laelaps flexa, Laelaps paulistanensise Tur aymara.Todas as espécies de ectoparasiZos são registradas pela primeira vez no Estado de Rorai ma. Excetuando-se Amblyomma.sp., Cummingsiasp., Hoplopleura splendida, Polygenis kla-gesi klagesi, Polygenis klagesi samuelise Rhopalopsyllus australisssp. as demais espé-cies são assinaladas pela primeira vez na Amazônia brasileira. L. flexa, Tur amazonicus, Turapicalis, Τ. aymanae Gliricola venezuelanustambém constituem novos negistros pora o Bnasil. Duas novas espécies de. ectoparasitos - uma de ácaro, outra de malófogo-foram, também, encontradas.

The present report deals with host distribution ectoparasites related to a col-lection of 1, 774 specimens captured on 51 wild rodentes and 3 marsupials, during three different periods from November 1987 to 19&9, in Maracá Island, Roraima State, Brazil. The number of ectoparasites found, as well as the sex ratio of the ectopanasites are presented. New host records are given for. A. fahrenholzi, G. goyanenis, L. flexa, L. paulistanensisand T. aymara.All the ectoparasites are, recorded for the first time in Roraima State. With the exception of Amblyommasp., Cummingsiasp. ,H. Aplendida, P. klagesi blagesi, P. blagesi samielisand Rhopalopsyllus australisssp., the otherspecies are recorded for. the fist time in Brazilian's Amazon. L. flexa, T. amazonicus, T. apicalis, T. aymaraand G. venezuelanusalso constitute new Brazilian records. Two new species of ectoparasites were also found: one acari and one biting lice.