ABSTRACT Objectives: To standardize and validate an in-house RT-LAMP test for the detection of SARS-CoV-2, based on laboratory and field assays using samples from COVID-19 suspected patients. Materials and methods: An in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP molecular test was standardized, establishing the detection limit with Vero cells of isolated Peruvian strains of SARS-CoV-2, and the robustness to various concentrations of primers. The laboratory validation was performed with 384 nasal and pharyngeal swab samples (UFH) obtained between March and July 2020. The field validation was performed with 383 UFH obtained from COVID-19 suspected symptomatic cases. All samples were tested by RT-LAMP and RT-qPCR. The RT-qPCR was considered as the reference standard test. The concordance measures and diagnostic performance were calculated. Results: The detection limit was consistent in cases with Ct <30 in both tests, showing efficiency to detect up to 1000 copies/μL of the target gene. Robustness was evidenced with half of the primer concentrations and 20 μL of final volume. Absence of amplification was identified for other HCoVs. Concordance showed a kappa index of 0.88 (95% CI: 0.83-0.93) and 0.89 (95% CI: 0.84 - 0.94) in laboratory and field settings, respectively. The sensitivity value in the laboratory was 87.4% (95% CI: 80.8 - 92.4) and 88.1% in the field (95% CI: 81.6 - 92.9). The specificity value in both settings was 98.8% (95% CI: 96.4-99.7). Conclusions: The in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP test was successfully validated based on its adequate robustness, no cross-reactions, good concordance, and diagnostic performance compared to RT-qPCR.

RESUMEN Objetivos: Estandarizar una prueba RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 y validarla con muestras de laboratorio y de campo en pacientes con sospecha clínica de COVID-19. Materiales y métodos: Se estandarizó una prueba molecular RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 estableciéndose el límite de detección con células Vero de cepas peruanas aisladas de SARS-CoV-2. Se validó la prueba en laboratorio con 384 muestras de hisopado nasal y faríngeo (HNF) obtenidas entre marzo y julio de 2020. Para la validación de campo se obtuvieron muestras de HNF de 383 casos sintomáticos sospechosos de COVID-19. Todas las muestras fueron evaluadas por RT-LAMP y RT-qPCR. Para la validación de laboratorio y de campo se consideró como estándar de referencia al RT-qPCR, se calcularon medidas de concordancia y rendimiento diagnóstico. Resultados: El límite de detección fue consistente en los casos con umbral de ciclo (Ct) Ct < 30 en ambas pruebas, mostrando eficiencia para detectar hasta 1000 copias/µL del gen diana. Se evidenció robustez con la mitad de las concentraciones de cebadores y 20 µL de volumen final. Se identificó ausencia de amplificación para otros coronavirus humanos. La concordancia en laboratorio obtuvo un Kappa de 0,88 (IC 95%: 0,83-0,93) y en campo fue de 0,89 (IC 95%: 0,84−0,94); la sensibilidad en laboratorio fue de 87,4% (IC 95%: 80,8−92,4) y en campo fue de 88,1% (IC 95%: 81,6−92,9), la especificidad en ambos escenarios fue de 98,8% (IC 95%: 96,4−99,7). Conclusiones: La prueba RT-LAMP in house fue validada por presentar una adecuada robustez, sin reacciones cruzadas, buena concordancia y rendimiento diagnóstico comparado con el RT-qPCR.

ABSTRACT Objectives: To standardize and validate an in-house RT-LAMP test for the detection of SARS-CoV-2, based on laboratory and field assays using samples from COVID-19 suspected patients. Materials and methods: An in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP molecular test was standardized, establishing the detection limit with Vero cells of isolated Peruvian strains of SARS-CoV-2, and the robustness to various concentrations of primers. The laboratory validation was performed with 384 nasal and pharyngeal swab samples (UFH) obtained between March and July 2020. The field validation was performed with 383 UFH obtained from COVID-19 suspected symptomatic cases. All samples were tested by RT-LAMP and RT-qPCR. The RT-qPCR was considered as the reference standard test. The concordance measures and diagnostic performance were calculated. Results: The detection limit was consistent in cases with Ct <30 in both tests, showing efficiency to detect up to 1000 copies/μL of the target gene. Robustness was evidenced with half of the primer concentrations and 20 μL of final volume. Absence of amplification was identified for other HCoVs. Concordance showed a kappa index of 0.88 (95% CI: 0.83-0.93) and 0.89 (95% CI: 0.84 - 0.94) in laboratory and field settings, respectively. The sensitivity value in the laboratory was 87.4% (95% CI: 80.8 - 92.4) and 88.1% in the field (95% CI: 81.6 - 92.9). The specificity value in both settings was 98.8% (95% CI: 96.4-99.7). Conclusions: The in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP test was successfully validated based on its adequate robustness, no cross-reactions, good concordance, and diagnostic performance compared to RT-qPCR.

RESUMEN Objetivos: Estandarizar una prueba RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 y validarla con muestras de laboratorio y de campo en pacientes con sospecha clínica de COVID-19. Materiales y métodos: Se estandarizó una prueba molecular RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 estableciéndose el límite de detección con células Vero de cepas peruanas aisladas de SARS-CoV-2. Se validó la prueba en laboratorio con 384 muestras de hisopado nasal y faríngeo (HNF) obtenidas entre marzo y julio de 2020. Para la validación de campo se obtuvieron muestras de HNF de 383 casos sintomáticos sospechosos de COVID-19. Todas las muestras fueron evaluadas por RT-LAMP y RT-qPCR. Para la validación de laboratorio y de campo se consideró como estándar de referencia al RT-qPCR, se calcularon medidas de concordancia y rendimiento diagnóstico. Resultados: El límite de detección fue consistente en los casos con umbral de ciclo (Ct) Ct < 30 en ambas pruebas, mostrando eficiencia para detectar hasta 1000 copias/µL del gen diana. Se evidenció robustez con la mitad de las concentraciones de cebadores y 20 µL de volumen final. Se identificó ausencia de amplificación para otros coronavirus humanos. La concordancia en laboratorio obtuvo un Kappa de 0,88 (IC 95%: 0,83-0,93) y en campo fue de 0,89 (IC 95%: 0,84−0,94); la sensibilidad en laboratorio fue de 87,4% (IC 95%: 80,8−92,4) y en campo fue de 88,1% (IC 95%: 81,6−92,9), la especificidad en ambos escenarios fue de 98,8% (IC 95%: 96,4−99,7). Conclusiones: La prueba RT-LAMP in house fue validada por presentar una adecuada robustez, sin reacciones cruzadas, buena concordancia y rendimiento diagnóstico comparado con el RT-qPCR.

Syphilis is a curable infection caused by a bacterium called Treponema pallidum, it is transmitted sexually and also, during pregnancy, from the mother to the fetus; and the absence of treatment in pregnancy leads to adverse outcomes such as late fetal death, prematurity and neonatal death. We describe the natural course of a case of maternal syphilis that occurred with complications during the end of pregnancy and led to neonatal death.

La sífilis es una infección curable causada por una bacteria llamada Treponema pallidum, se trasmite por vía sexual y también, durante el embarazo, de la madre al feto; y la ausencia de tratamiento en el embarazo conduce a resultados adversos como la muerte fetal tardía, prematuridad y muerte neonatal. Se describe el curso natural de un caso de sífilis materna que curso con complicaciones durante el final del embarazo y conllevó a muerte neonatal.

This is a qualitative study, aimed at describing community perceptions on dengue prevention in affected areas of Lima. A series of interviews were conducted in six of those areas using the health belief model approach. Respondents noted several factors about sanitation, behaviors and information that could increase their exposure to dengue. They expressed that this illness would affect their lives in different ways, in aspects related to work, family and economy. They recognized their share of responsibility on prevention, but also talked about the importance of health promoters work, media and community leaders. Among the preventive measures they mentioned, there were a few with no evidence of effectiveness. The main identified problems were lack of health professionals, community participation and preventive activities. They also noted that most activities were discontinued after outbreaks. The findings provide an opportunity to discuss and reflect on the preventive work done to face dengue.

Con el objetivo de describir las percepciones comunitarias para la prevención del dengue en las localidades afectadas de Lima, realizamos un estudio cualitativo a través de entrevistas desde el modelo de creencias en salud. Los entrevistados mencionaron diversos factores de saneamiento, conductas e información que incrementan su exposición al dengue, expresando que los afectaría en aspectos laborales, familiares y económicos, asumiendo parte de la responsabilidad en la prevención y recalcando la labor de los promotores de salud, medios de comunicación y líderes comunitarios. Entre las medidas preventivas mencionadas, se incluyeron medidas sin evidencia de efectividad. Las principales barreras expresadas fueron las siguientes, caraterizadas como insuficientes: cantidad de profesionales de salud, participación comunitaria, organización en las actividades preventivas y discontinuidad luego de los brotes. La discusión y reflexión sobre estos contextos promueve una oportunidad en el abordaje de la labor preventiva hacia el dengue.

Com o objetivo de descrever as percepções comunitárias a respeito da prevenção da dengue, realizou-se um estudo qualitativo nas áreas afetadas de Lima. Foram utilizadas entrevistas sob o modelo de crenças em saúde. Os entrevistados mencionaram diversos fatores de saneamento e condutas que aumentariam sua exposição à doença. Também enumeraram aspectos laborais, familiares e econômicos que seriam afetados pelo adoecimento. Os entrevistados assumiram parte da responsabilidade na prevenção, mas destacaram a importância do trabalho dos promotores de saúde, líderes comunitários e meios de comunicação. Dentre as medidas preventivas enumeradas, foram citadas algumas que não tinham evidência de efetividade. Os principais obstáculos citados foram: quantidade insuficiente de profissionais de saúde, baixa participação comunitária, desorganização das atividades preventivas e descontinuidade das ações após a resolução dos surtos. A discussão dos resultados encontrados promove a oportunidade de refletir sobre o trabalho preventivo realizado para o combate à dengue.

Com o objetivo de descrever as percepções comunitárias a respeito da prevenção da dengue, realizou-se um estudo qualitativo nas áreas afetadas de Lima. Foram utilizadas entrevistas sob o modelo de crenças em saúde. Os entrevistados mencionaram diversos fatores de saneamento e condutas que aumentariam sua exposição à doença. Também enumeraram aspectos laborais, familiares e econômicos que seriam afetados pelo adoecimento. Os entrevistados assumiram parte da responsabilidade na prevenção, mas destacaram a importância do trabalho dos promotores de saúde, líderes comunitários e meios de comunicação. Dentre as medidas preventivas enumeradas, foram citadas algumas que não tinham evidência de efetividade. Os principais obstáculos citados foram: quantidade insuficiente de profissionais de saúde, baixa participação comunitária, desorganização das atividades preventivas e descontinuidade das ações após a resolução dos surtos. A discussão dos resultados encontrados promove a oportunidade de refletir sobre o trabalho preventivo realizado para o combate à dengue.

This is a qualitative study, aimed at describing community perceptions on dengue prevention in affected areas of Lima. A series of interviews were conducted in six of those areas using the health belief model approach. Respondents noted several factors about sanitation, behaviors and information that could increase their exposure to dengue. They expressed that this illness would affect their lives in different ways, in aspects related to work, family and economy. They recognized their share of responsibility on prevention, but also talked about the importance of health promoters work, media and community leaders. Among the preventive measures they mentioned, there were a few with no evidence of effectiveness. The main identified problems were lack of health professionals, community participation and preventive activities. They also noted that most activities were discontinued after outbreaks. The findings provide an opportunity to discuss and reflect on the preventive work done to face dengue.

Con el objetivo de describir las percepciones comunitarias para la prevención del dengue en las localidades afectadas de Lima, realizamos un estudio cualitativo a través de entrevistas desde el modelo de creencias en salud. Los entrevistados mencionaron diversos factores de saneamiento, conductas e información que incrementan su exposición al dengue, expresando que los afectaría en aspectos laborales, familiares y económicos, asumiendo parte de la responsabilidad en la prevención y recalcando la labor de los promotores de salud, medios de comunicación y líderes comunitarios. Entre las medidas preventivas mencionadas, se incluyeron medidas sin evidencia de efectividad. Las principales barreras expresadas fueron las siguientes, caraterizadas como insuficientes: cantidad de profesionales de salud, participación comunitaria, organización en las actividades preventivas y discontinuidad luego de los brotes. La discusión y reflexión sobre estos contextos promueve una oportunidad en el abordaje de la labor preventiva hacia el dengue.