RESUMO Reação em cadeia da polimerase da transcrição reversa em tempo real (RT qPCR) é uma técnica importante para analisar a expressão diferencial dos genes, devido à sua sensibilidade, exatidão e especificidade. No entanto, antes da análise da expressão do gene alvo, é necessário identificar e avaliar a estabilidade dos genes candidatos a referência para a normalização apropriada. O objetivo deste trabalho foi avaliar a estabilidade de genes candidatos a genes de referência, a fim de identificar os genes mais adequados para normalização da transcrição em arroz e arroz-vermelho em competição, sob diferentes doses de nitrogênio, e demonstrar a eficácia do gene de referência selecionado pela expressão da ascorbato peroxidase citosólica (OsAPX2). Onze genes candidatos a referência foram avaliados usando o aplicativo online RefFinder, que integra os quatro principais programas de software: geNorm, NormFinder, BestKeeper e método comparativo delta Ct, bem como fez-se análise de variância para identificar genes com menores valores de desvio-padrão e coeficiente de variação. Dos 11 genes, oito apresentaram eficiência dentro do padrão desejado, e, destes, o gene UBC-E2 foi o mais estável. A expressão do gene OsAPX2 mostrou-se eficiente para validação do gene candidato a referência. Este estudo é o primeiro levantamento sobre a estabilidade de genes de referência em arroz e arroz-vermelho em competição, fornecendo informações para obtenção de resultados mais precisos em RT-qPCR.

ABSTRACT Real time reverse transcription polymerase chain reaction (RT-qPCR) is an important technique to analyze differences in gene expression due to its sensitivity, accuracy, and specificity. However, before analyzing the expression of the target gene, it is necessary to identify and evaluate the stability of candidate reference genes for the proper normalization. This study aimed at evaluating the stability of candidate reference genes in order to identify the most appropriate genes for the normalization of the transcription in rice and red rice in competition under different nitrogen levels, as well as to demonstrate the effectiveness of the reference gene selected for the expression of the cytosolic ascorbate peroxidase (OsAPX2). Eleven candidate reference genes were assessed using the RefFinder which integrates the four leading software: geNorm, NormFinder, Bestkeeper, and the comparative delta-Ct method in addition to the analysis of variance to identify genes with lower standard deviation and coefficient of variation values. Eight out of the eleven genes have shown the desired effectiveness and, among them, the gene UBC-E2 has the highest stability according to RefFinder and the analysis of variance. The expression of the gene OsAPX2 has proven to be effective in validating the candidate reference gene. This study is the first survey on the stability of candidate reference genes in rice and red rice in competition, providing information to obtain more accurate results in RT-qPCR.