Locos de microssatélites são úteis como marcadores genéticos pois são numerosos, ocorrem em todos os cromossomos e possuem um alto nível de polimorfismo. Além disso, podem ser amplificados por meio da PCR e resolvidos em géis de agarose. O maior problema, no entanto, reside no fato de que os primers utilizados em sua amplificação apresentam diferentes comprimentos e composição de nucleotídeos, o que gera a necessidade de otimizar programas de PCR para cada loco. Este trabalho descreve programas de PCR "touchdown" utilizados com sucesso na amplificação de um conjunto de 125 locos de microssatélites de milho escolhidos por serem representativos de todos os cromossomos. Os programas variaram tanto em relação à temperatura de anelamento (Tm), como na concentração dos primers. Assim, os primers puderam ser agrupados em quatro grupos: um grupo maior, constituído por primers que mostraram boa amplificação quando utilizados em um programa básico já publicado porém com concentrações diferentes de primers; um segundo grupo que amplificou em programas alternativos, nos quais as Tm foram modificadas de modo a incluir as Tm de ambos os primers ou a maior Tm do par de primers, estimadas em base da composição nucleotídica dos primers; um terceiro grupo foi composto por primers que amplificaram em programas com Tm mais elevadas que as estimadas, e um quarto grupo, com apenas dois pares de primers, em que a situação oposta ocorreu.
Maize (Zea mays L.) microsatellite loci are useful as genetic markers because they are numerous, occur in every chromosome, and have a high content of polymorphism information. Furthermore, they can be amplified by PCR and the resulting fragments resolved on agarose gels. A major problem, however, is that the primers used in their amplification often have different length and nucleic acid content, requiring optimization of PCR amplification programs for each locus. We developed "touchdown" PCR programs successfully used in the amplification of a set of 125-maize microsatellite loci, chosen as representative of all chromosomes. The programs varied both in relation to the annealing temperature (Tm) and primer concentration. Primers could be divided into four groups. A large group included primers that amplified well in a basic previously published amplification program but with different primer concentrations. A second group amplified in alternative programs in which the annealing temperatures were changed so as to include the Tm of either both primers or the highest Tm of the primer pair estimated based on their nucleotide composition. A third group included primers that amplified in programs with Tm higher than those estimated, and in a fourth group, with just two pairs of primers, the opposite situation prevailed.