Abstract This study aimed to assess the impact of the implementation of a rapid multiplex molecular FilmArray Respiratory Panel (FRP) on the medical management of immunocompromised patients from a community general hospital. We conducted a single-center, retrospective, and before-after study. Two periods were evaluated: before the implementation of the FRP (pre-FRP) from April 2017 to May 2018 and after the implementation of the FRP (post-FRP) from January to July 2019. The inclusion criteria were immunocompromised patients over 18 years of age with suspected acute respiratory illness tested by conventional diagnostic meth-ods (pre-FRP) or the FilmArray™ Respiratory Panel v1.7 (post-FRP). A total of 142 patients were included, 64 patients in the pre-FRP and 78 patients in the post-FRP. The positive detec-tion rate was significantly higher in the post-FRP (63% vs. 10%, p <0.01). There were more patients receiving antimicrobial treatment in the pre-FRP compared with the post-FRP period (94% vs. 68%, p <0.01). A decrease in beta-lactam (89% vs. 61%, p <0.01) and macrolide (44% vs. 13%, p < 0.01) prescriptions were observed in the post-FRP. No differences were observed in oseltamivir use (22% vs. 13%, p = 0.14), changes in antimicrobial treatment, hospital admission rate, days-reduction in droplet isolation precautions, hospital length of stay (LOS), admission to intensive care unit (ICU), LOS in ICU, treatment failure and 30-day mortality. The implementa-tion of the FRP impacted patient care by improving diagnostic yield and optimizing antimicrobial treatment in immunocompromised adult patients.

Resumen El objetivo de este estudio fue evaluar el impacto de la implementación del panel respiratorio FilmArray® (FRP), un sistema automatizado de PCR multiplex, en el estándar de cuidado de pacientes adultos inmunocomprometidos en un hospital general. Es un estudio retrospectivo de un único centro con diseno antes/después. Los periodos evaluados fueron abril 2017-mayo 2018, previo a la implementación del FRP (pre-FRP), y enero 2019-julio 2019, luego de la implementación (post-FRP). Los criterios de inclusión fueron pacientes mayores de 18 años inmunocomprometidos con sospecha de infección respiratoria aguda a los que se les realizó, en pre-FRP, diagnóstico por métodos convencionales, y en post-FRP, el panel respiratorio FRP versión 1.7. Se incluyeron un total de 142 pacientes, 64 en pre-FRP y 78 en post-FRP. La tasa de positividad fue significativamente mayor en post-FRP frente a pre-FRP (63 vs. 10%, p<0,01). Hubo más pacientes con tratamiento antimicrobiano en pre-FRP que en post-FRP (94 vs. 68%, p <0,01). En pre-FRP hubo más pacientes tratados con betalactámicos (89 vs. 61%, p <0,01) y macrólidos (44 vs. 13%, p < 0,01). No se observaron diferencias significativas en el uso de oseltamivir (22 vs. 13%, p = 0,14), cambios en los tratamientos, número de hospitalizaciones, uso de aislamientos, duración de la estadía hospitalaria, ingreso a la unidad de cuidados intensivos, estadía en dicha unidad, falla de tratamiento y mortalidad a 30 días. El uso de FRP contribuyó a la atención del paciente mejorando el rendimiento diagnóstico y optimizando la terapia antimicrobiana en pacientes adultos inmunocomprometidos.

Resumen Trichophyton benhamiae es un dermatofito zoofílico. Puede causar tinea corporis, tinea faciei y tinea capitis. Se caracteriza por producir lesiones inflamatorias, sobre todo en niños. El objetivo de esta publicación es describir 7 casos clínicos de pacientes pediátricos atendidos entre julio del 2019 y enero del 2020 en nuestra institución. A los pacientes se les solicitó estudio micológico convencional, con posterior confirmación con MALDI-TOF MS y secuencia-ción del ADN ribosomal. Se aisló e identificó T. benhamiae como agente etiológico; el nexo epidemiológico fue el contacto con cobayos. Estas son las primeras descripciones de infecciones causadas por T. benhamiae en Argentina. Al realizar estudios micológicos convencionales, este agente puede confundirse con otros dermatofitos, por lo tanto, se requieren herramientas como MALDI-TOF MS o la secuenciación para llegar a un diagnóstico definitivo. Es importante contar con datos epidemiológicos, como el contacto con mascotas no tradicionales, para una presunción diagnóstica adecuada.

Resumen Se presenta un caso de histoplasmosis diseminada e infección por COVID-19 en un paciente trasplantado renal en Argentina. El paciente presentó un cuadro clínico respiratorio, y la tomografía computarizada (TC) de tórax mostró múltiples opacidades centrolobulillares bilaterales con patrón de árbol en brote. El paciente fue tratado inicialmente con antibióticos para agentes causantes de neumonía bacteriana adquirida en la comunidad y luego como tuberculosis. Un mes después se le diagnosticó una histoplasmosis diseminada y el hongo fue aislado del esputo, la piel y la mucosa oral. El hongo fue tipificado molecularmente como Histoplasma capsulatum clado LAmB. El paciente fue hospitalizado y se inició tratamiento con anfoteric-ina B liposomal vía intravenosa. Durante el transcurso de la terapia antifúngica los síntomas respiratorios del paciente empeoraron, una nueva TC de tórax mostró una lesión unilateral con apariencia de vidrio esmerilado y se detectó SARS-CoV-2 en el hisopado nasofaríngeo. El paciente fue tratado con plasmoterapia y se modificó el régimen de inmunosupresión (se interrumpió everolimus, se redujo micofenolato de mofetilo y se incrementó la meprednisona). La evolución del paciente fue favorable y fue dado de alta con tratamiento oral con itraconazol.

Abstract We report a case of disseminated histoplasmosis and COVID-19 infection in a renal transplant recipient in Argentina. The patient exhibited respiratory symptoms, and a chest computed tomography scan (CT) showed multiple bilateral centrilobular opacities with a tree-in-bud pattern in both lobes. The patient was initially treated as having bacterial community-acquired pneumonia, and then tuberculosis. A month later, histoplasmosis was diagnosed, and Histoplasma capsulatum LAmB clade was isolated from sputum, skin and oral lesions. The patient was hospitalized and treatment was started with intravenous liposomal amphotericin B. During the course of the antifungal therapy the respiratory symptoms worsened, a new chest CT showed a unilateral lesion with a ground glass appearance and SARS-CoV-2 was detected in a new nasopharyngeal sample. In addition, plasma therapy was administered, and the immunosuppressive regimen was adjusted (everolimus was interrupted, mycophenolate mofetil reduced, and meprednisone increased). Finally, the patient’s progress was favorable and was discharged after five days on oral itraconazole treatment for histoplasmosis.

Resumen Los parechovirus humanos (HPeV) son virus de la familia Picornaviridae, que se han asociado a diferentes cuadros clínicos, como fiebre de origen desconocido, gastroenteritis, sepsis, meningitis o encefalitis en ninos pequeños. Su detección no está disponible de rutina en la mayoría de los laboratorios de nuestro país, por lo que su prevalencia es desconocida. Reportamos 3 casos de infección del sistema nervioso central por HPeV con diferentes características clínicas, que se presentaron luego de la implementación de un panel molecular para el diagnóstico sindrómico de meningitis/encefalitis. Las técnicas de diagnóstico molecular podrían ayudar a mejorar el abordaje y el cuidado de estos pacientes, así como también a conocer la prevalencia de esta infección en Argentina.

Abstract Human parechovirus (HPeV) is one of the members of the family Picornaviridae that has been associated with fever of unknown origin, gastroenteritis, clinical sepsis, meningitis, orencephalitis in very young infants. HPeV detection is not routinely performed in most clinical microbiology laboratories in Argentina and, therefore, its real prevalence is unknown. We here report three cases of HPeV CNS infection that presented to our hospital with different clinical features after the implementation of a multiplex PCR meningitis/encephalitis panel. Molecular diagnostic techniques could help improve patient care and understand the real prevalence of this infection in Argentina.

The best laboratory diagnostic approach to detect Clostridioides |-#1;Clostridium|-#3; difficile infection (CDI) is a subject of ongoing debate. With the aim of evaluating four laboratory diagnostic methods, 250 unformed stools from patients with suspected CDI submitted to nine medical center laboratories from November 2010 to December 2011, were studied using: (1) an immunochromatographic rapid assay test that combines the qualitative determination of glutamate dehydrogenase (GDH) plus toxins A and B (QAB), the CDIFF QUIK CHEK COMPLETE assay; (2) an enzyme immunoassay for qualitative determination of toxins A and B, the RIDASCREENTC. difficile Toxin A/B assay (RAB); (3) a PCR for the toxin B gene assay (PCR); and (4) the toxigenic culture (TC).C. difficile isolates from direct toxin negative stools by QAB, RAB and PCR were evaluated for toxigenicity by the same direct tests, in order to assess the contribution of the TC (QAB-TC, RAB-TC, PCR-TC). A combination of the cell culture cytotoxicity neutralization assay (CCCNA) in stools, and the same assay on isolates from direct negative samples (CCCNA-TC) was considered the reference method (CCCNA/CCCNA-TC). Of the 250 stools tested, 107 (42.8%) were positive by CCCNA/CCCNA-TC. The GDH and PCR/PCR-TC assays were the most sensitive, 91.59% and 87.62%, respectively. The QAB, RAB, QAB/QAB-TC and RAB/RAB-TC had the highest specificities, ca. 95%. A negative GDH result would rule out CDI, however, its low positive likelihood ratio (PLR) of 3.97 indicates that a positive result should always be complemented with the detection of toxins. If the RAB, QAB, and PCR assays do not detect toxins from direct feces, the toxigenic culture should be performed. In view of our results, the most accurate and reliable methods to be applied in a clinical microbiology laboratory were the QAB/QAB-TC, and RAB/RAB-TC, with PLRs >10 and negative likelihood ratios <0.30.

El mejor procedimiento para realizar el diagnóstico de laboratorio de la infección causada por Clostridioides |-#1;Clostridium|-#3; difficile (ICD) es aún objeto de debate. Con el fin de evaluar cuatro métodos diagnósticos de laboratorio, se estudiaron 250 muestras de heces diarreicas provenientes de pacientes con sospecha de ICD remitidas a los laboratorios de nueve centros médicos entre noviembre de 2010 y diciembre de 2011. Dichas muestras se analizaron mediante los siguientes métodos:1) un ensayo rápido inmunocromatográfico que combina la detección cualitativa de la glutamato deshidrogenasa (GDH) y de las toxinas Ay B (QAB), CDIFF QUIK CHEK COMPLETE;2) un enzimoinmunoanálisis para la determinación cualitativa de las toxinas A/B, RIDASCREENTC. difficile Toxin A/B (RAB);3) un método molecular basado en PCR para la detección del gen que codifica la toxina B (PCR) y 4) el cultivo toxigénico (TC). Como método de referencia se utilizó la combinación del ensayo de citotoxicidad sobre cultivo de células con la neutralización de toxina mediante anticuerpo específico en los filtrados de las heces (CCCNA) y el mismo método en sobrenadantes de aislamientos de C. difficile (CCCNA-TC). La toxigenicidad de las cepas aisladas de muestras directas negativas con QAB, RAB y PCR se evaluó con los mismos métodos, con el propósito de detectar la contribución del TC (QAB-TC, RAB-TC, PCR-TC). De las 250 muestras estudiadas, 107 (42,8%) fueron positivas por CCCNA/CCCNA-TC. Los métodos GDH y PCR/PCR-TC fueron los más sensibles: 91,59 y 87,62%, respectivamente. Los métodos QAB, RAB, QAB/QAB-TC y RAB/RAB-TC mostraron las mayores especificidades, del 95%, aproximadamente. Un resultado negativo para GDH excluiría la ICD, pero su baja razón de verosimilitud positiva (PLR), que fue 3,97, indica que un resultado positivo debe complementarse con la detección de toxinas. Cuando no se detectan toxinas directas por RAB, QAB ni PCR, debería realizarse el TC. De acuerdo con nuestros resultados, los métodos más precisos y confiables para ser aplicados en un laboratorio de microbiología clínica son QAB/QAB-TC y RAB/RAB-TC, con una PLR> 10 y una razón de verosimilitud negativa < 0,30.

In order to optimize the identification of molds with MALDI-TOF MS, three protein extraction-methodologies were evaluated against 44 isolates: water extraction (WE), zirconium extraction (ZE) and the provider's recommended method (PRM). Two data bases were compared, Bruker (BK) and Bruker + National Institutes of Health. Considering both databases, results were respectively as follows: correct identification (CI) at gender level, 10 and 16 by WE; 27 and 32 by ZE and 18 and 23 by PRM; CI at species level, 5 and 7 by WE; 17 and 20 by ZE and 11 and 14 by PRM; non-reliable identification, 18 and 12 by WE; 9 and 4 by ZE and by PRM. No peaks were observed in 16 by WE, 8 by ZE and 17 by PRM. ZE showed the best perfomance (p < 0.05).

Se evaluaron 3 metodologías de extracción de proteínas para la identificación de hongos miceliales por MALDI-TOF MS en 44 aislados: la extracción con agua-ácido fórmico (E. agua), la extracción con zirconio-etanol-acetonitrilo-ácido fórmico (E. zirconio) y la recomendada por el proveedor del equipo (E. tubo). Se compararon 2 bases de datos: Bruker (BK) y BK + National Institutes of Health. Los resultados obtenidos utilizando dichas bases fueron los siguientes (en el orden citado): identificación correcta (IC) a nivel de género, 10 y 16 con E. agua; 27 y 32 con E. zirconio y 18 y 23 con E. tubo; IC a nivel de especie, 5 y 7 con E. agua; 17 y 20 con E. zirconio y 11 y 14 con E. tubo; identificaciones no confiables, 18 y 12 con E. agua y 9 y 4, tanto con E. zirconio como con E. tubo; ausencia de pico, 16 con E. agua, 8 con E. zirconio y 17 con E. tubo. La extracción con zirconio mostró el mejor rendimiento (p < 0,05).

CMY-2 ß-lactamase is an important cause of ß-lactam resistance in Enterobacteriaceae and constitutes the most widespread pAmpC. Although CMY-2 has been previously recognized in our region, the real prevalence and epidemiology of this resistance marker was uncertain. During August-October 2009, we conducted a multicenter, prospective study to determine pAmpC prevalence and to characterize CMY-2 producing Escherichia coli associated plasmids. Plasmid-encoded AmpC prevalence was 0.9 % in enterobacteria in this period, being CMY- 2 prevalent and to a lesser extent DHA. Molecular typing of CMY-2- producing Escherichia coli isolates showed several lineages. Moreover, replicon typing of cmy-2- containing plasmids displayed a broad diversity in Inc/cmy- 2 links. Therefore, association of cmy-2 with specific transposon elements may be responsible for the spread of this resistance marker in Enterobacteriaceae.

La ß-lactamasa de tipo AmpC de codificación plasmídica CMY-2 es la de mayor diseminación a nivel mundial en Enterobacteriaceae. Esta ha sido comunicada esporádicamente en nuestro país. Entre agosto y octubre de 2009 se llevó a cabo un estudio prospectivo y multicéntrico con el objetivo de determinar la prevalencia de pAmpC en nuestro medio y de caracterizar a los microorganismos productores y a los plásmidos portadores de estos marcadores de resistencia. La prevalencia de pAmpC plasmídicas en enterobacterias en este período fue de 0,9 %. La ß-lactamasa CMY-2 fue la enzima prevalente y, en menor medida, la DHA. La tipificación molecular de los aislamientos de Escherichia coli productores de CMY-2 mostró la presencia de distintos linajes, y los plásmidos portadores de cmy-2 pertenecieron a una amplia diversidad de grupos de incompatibilidad. Se determinó la asociación corriente arriba de cmy-2 con ISEcp1, el cual podría ser responsable de la amplia diseminación de este marcador de resistencia en Enterobacteriaceae.

Reference methods E.Def 7.1 and M27-A3 detect in vitro resistance; however, they are expensive and very laborious. Thus, their actual use in hospital laboratories is limited. There are commercial techniques available, having easier accessibility and development, which would yield results comparable to those of the reference methods. The objectives of this study were: a) to compare the results of minimal inhibitory concentration of 82 Candida spp. clinic isolates according to reference method E.Def 7.1 and ATB® Fungus 3; b) to compare the results of fluconazole susceptibility testing by disk diffusion in agar with Neo-SensitabsTM tablets and Malbrán disks with those of the reference methods. Minimal inhibitory concentration for amphotericin B, 5-flucytosine, fluconazole and itraconazole was performed according to the E.Def 7.1 and the ATB Fungus 3 methods and diffusion was carried out with fluconazole disks and tablets. General concordance between the reference method and ATB Fungus 3 was 90.2 % and 96.3 and 92.7% for diffusion with disks and tablets. The ATB Fungus 3 method was effective to determine susceptibility against amphotericin B and 5-flucytosine; however, discrepancies were observed with azole drugs. Disk diffusion methods are useful to determine susceptibility to fluconazole; however, 3 very major, 1 major and 2 minor errors were observed with the tablets, whereas only 3 minor errors were observed with the disks.

Los métodos de referencia E. Def 7.1 y M27-A3, que detectan resistencia in vitro a los antifúngicos, son onerosos y muy laboriosos, por lo que su implementación en los laboratorios hospitalarios es limitada. Existen técnicas comerciales de simple realización, que permitirían obtener resultados comparables a los que se obtienen con los métodos estándares. Los objetivos de esta investigación fueron: a) comparar los resultados de concentración inhibitoria mínima obtenidos según el método de referencia E.Def 7.1 con los obtenidos mediante el empleo del equipo comercial ATB® Fungus 3 en un conjunto de 82 aislamientos clínicos de Candida spp. frente a los siguientes antifúngicos: anfotericina B, 5-fluorocitosina, fluconazol e itraconazol; b) comparar en ese mismo conjunto de aislamientos los resultados del estudio de sensibilidad al fluconazol por difusión en agar empleando tabletas Neo-SensitabsTM o discos Malbrán con los que se obtienen por el método de referencia. La concordancia general entre el método de referencia y el ATB® Fungus 3 fue del 90,2 %, mientras que la concordancia del método de referencia con los métodos por difusión con discos y con tabletas alcanzó el 96,3% y el 92,7 %, respectivamente. El ATB® Fungus 3 fue eficaz para determinar la sensibilidad a la anfotericina B y a la 5-fluorocitosina, pero se observaron discrepancias al evaluar la sensibilidad a los azoles. Los métodos por difusión resultaron útiles para determinar la sensibilidad al fluconazol; sin embargo, observamos 3 discrepancias muy mayores, 1 mayor y 2 menores con el método de difusión con tabletas, mientras que con los discos solo se produjeron 3 discrepancias menores.

Through time, anaerobic bacteria have shown good susceptibility to clinically useful antianaerobic agents. Nevertheless, the antimicrobial resistance profile of most of the anaerobic species related to severe infections in humans has been modified in the last years and different kinds of resistance to the most active agents have emerged, making their effectiveness less predictable. With the aim of finding an answer and for the purpose of facilitating the detection of anaerobic antimicrobial resistance, the Anaerobic Subcommittee of the Asociación Argentina de Microbiología developed the First Argentine consensus guidelines for in vitro antimicrobial susceptibility testing of clinically relevant anaerobic bacteria in humans. This document resulted from the compatibilization of the Clinical and Laboratory Standards Institute recommendations, the international literature and the work and experience of the Subcommittee. The Consensus document provides a brief taxonomy review, and exposes why and when anaerobic antimicrobial susceptibility tests should be conducted, and which antimicrobial agents can be used according to the species involved. The recommendations on how to perform, read and interpret in vitro anaerobic antimicrobial susceptibility tests with each method are exposed. Finally, the antibiotic susceptibility profile, the classification of antibiotics according to their in vitro activities, the natural and acquired mechanisms of resistance, the emerging resistance and the regional antibiotic resistance profile of clinically relevant anaerobic species are shown.

Históricamente, las bacterias anaerobias se han caracterizado por presentar buena respuesta a los agentes antianaeróbicos de utilidad clínica. Sin embargo, los patrones de resistencia de muchas de las especies asociadas a infecciones graves en humanos se han modificado significativamente en los últimos años, y en la actualidad se advierte resistencia a los antimicrobianos primariamente activos, lo que hace poco predecible su efectividad. En respuesta a estos eventos, la Subcomisión de Bacterias Anaerobias de la Asociación Argentina de Microbiología decidió elaborar el primer consenso argentino para el estudio de la sensibilidad in vitro a los antimicrobianos de las bacterias anaerobias de importancia clínica en humanos. Este consenso se elaboró sobre la base de las pautas establecidas por el Clinical and Laboratory Standards Institute, los trabajos publicados y la experiencia de la subcomisión. El documento incluye una breve actualización taxonómica y explicita cuándo y por qué se deben realizar las pruebas de sensibilidad, qué antimicrobianos se deben probar según el microorganismo en estudio y cuáles son las recomendaciones para realizar el ensayo, la lectura y la interpretación de las pruebas de sensibilidad a los antimicrobianos. Además, se muestran los perfiles de sensibilidad, la categorización de los antibióticos según su actividad in vitro, las resistencias naturales y adquiridas, las resistencias emergentes y los patrones de resistencia locales de las especies clínicamente más relevantes.

Amoxicillin-sulbactam (AMX-SUL) is an aminopenicillin/ß-lactamase inhibitor combination currently available in 29 countries and may be a suitable option for treating infections caused by Acinetobacter spp. Thus, we sought to search the optimal dosing strategy for this formulation through an ex vivo pharmacodynamic human model against Acinetobacter baumanniii. Four volunteers were randomized to receive alternatively a single dose AMX-SUL infused both either over 30 min or 3h at the following ratios (g/g): 1/0.5; 1/1, and 0/2. Time-kill studies were performed with the 0-, 0.5-, 2-, 4-, 6- and 8-h sera after dose against a clinical isolate of A. baumannii (sulbactam MIC, 4µg/mL). Bactericidal activity (i.e. a mean decrease >3 log10 CFU/mL in the viable cell counts from the initial inoculum) was displayed by the 0.5- and the 2-h sera after dose for all formulations. The 4-h sera proved inhibitory with the AMX-SUL 1g/1g formulation, albeit a trend to regrowth was observed after 24-h incubation. With the AMX-SUL 0g/2g dose, the 4-h sera proved almost bactericidal activity (i.e. a mean decrease of 2.4 log10 CFU/mL in the viable cell counts from the initial inoculum), whereas the 6-h sera was inhibitory, with a trend to regrowth after 24-h incubation. When infused over 3h, AMX-SUL 1g/0.5g and 1g/1g, bactericidal activity was displayed by the 0.5-, 2- and the 4-h sera after dose and the 6-h sera proved inhibitory with the AMX-SUL 1g/1g formulation. The present study, albeit preliminary, might give a rationale for the dosing strategy to treat infections caused by A. baumannii with sulbactam, either alone or combined with amoxicillin. A 2-g sulbactam dose seems to be optimal to be infused over 30 min with a 6-h dosing interval. When infused over 3h, AMX-SUL 1g/1g given every 6h or 8h seems a suitable dosing schedule.