Resumo Os mamíferos são organismos carismáticos que desempenham um papel fundamental na função ecológica e nos serviços ecossistêmicos, como polinização, dispersão de sementes, ciclagem de nutrientes e controle de pragas. O Estado de São Paulo representa apenas 3% do território brasileiro, mas detém 33% da diversidade de mamíferos. A maior parte de seu território é dominado pela agricultura, pastagens e áreas urbanas que afetam diretamente a diversidade e a persistência dos mamíferos na paisagem. Além disso, São Paulo possui o maior porto da América Latina e o maior reservatório de petróleo costeiro do Brasil, com 600 km de extensão de litoral com diversas espécies de mamíferos marinhos. Essas infraestruturas afetam a diversidade, distribuição, ecologia e o futuro dos mamíferos no estado. Aqui, respondemos cinco perguntas principais: 1) Qual é a diversidade de mamíferos silvestres no Estado de São Paulo? 2) Onde eles ocorrem? 3) Qual é o seu impacto positivo e negativo no bem-estar humano? 4) Como os mamíferos persistem em paisagens modificadas pelo homem? 5) Qual é o futuro dos mamíferos no estado? O estado de São Paulo possui 255 espécies de mamíferos nativos, com quatro espécies endêmicas, duas delas globalmente ameaçadas de extinção. Pelo menos seis espécies (dois marsupiais, ariranha, veado-campeiro, veado-cambuta e tatu-canastra) foram extirpadas do estado devido à caça e perda de habitat. O intenso uso humano da terra no estado forçou muitas espécies de mamíferos a mudar sua dieta para lidar com a intensa fragmentação e agricultura. A monocultura em larga escala facilitou a invasão de espécies exóticas, como porcos selvagens (javaporco) e a lebre europeia. Várias espécies de áreas abertas estão expandindo suas áreas de distribuição (lobo-guará, veado-catingueiro) sobre áreas desmatadas e provavelmente refletem mudanças em direção a um clima mais seco. Como o estado possui o maior sistema rodoviário do Brasil, cerca de 40 mil mamíferos de 33 espécies são mortos por ano em colisões, causando um prejuízo econômico de 12 milhões de dólares/ano. A diversidade de mamíferos está concentrada nos maiores remanescentes florestais da Serra do Mar e no interior do Estado, principalmente nas regiões de Ribeirão Preto e Jundiaí. As lacunas amostrais estão concentradas em todo o interior do estado, principalmente na região noroeste. Os mamíferos silvestres desempenham um papel fundamental em muitos serviços ecossistêmicos, mas também podem ser uma preocupação em trazer novas doenças emergentes para as populações humanas. Embora a taxonomia de mamíferos pareça ser bem conhecida, mostramos que novas espécies estão sendo continuamente descobertas no estado. Portanto, pesquisas usando tecnologias tradicionais e novas (eDNA, iDNA, drones), monitoramento populacional de longo prazo, a investigação da interface do conflito homem-vida selvagem e a compreensão do papel único no ecossistema desempenhado pelos mamíferos são um caminho futuro para promover uma paisagem verde sustentável aliada ao bem-estar humano no estado. O plantio de corredores florestais ou de cerrado, principalmente junto aos principais sistemas fluviais, no planalto, o controle da caça ilegal nas áreas costeiras, o manejo dos regimes de fogo no Cerrado e a mitigação dos atropelamentos devem ser uma prioridade para proteger essa notável diversidade de mamíferos.

Abstract Mammals are charismatic organisms that play a fundamental role in ecological functions and ecosystem services, such as pollination, seed dispersal, nutrient cycling, and pest control. The state of São Paulo represents only 3% of the Brazilian territory but holds 33% of its mammalian diversity. Most of its territory is dominated by agriculture, pastures, and urban areas which directly affect the diversity and persistence of mammals in the landscape. In addition, São Paulo has the largest port in Latin America and the largest offshore oil reservoir in Brazil, with a 600 km stretch of coastline with several marine mammal species. These human-made infrastructures affect the diversity, distribution, ecology, and the future of mammals in the state. Here, we answer five main questions: 1) What is the diversity of wild mammals in São Paulo state? 2) Where are they? 3) What is their positive and negative impact on human well-being? 4) How do mammals thrive in human-modified landscapes? 5) What is the future of mammals in the state? The state of São Paulo holds 255 species of native mammals, with four endemic species, two of them globally endangered. At least six species (two marsupials, Giant otter, Pampas deer, Brazilian dwarf brocket deer, and Giant armadillo) were extirpated from the state due to hunting and habitat loss. The intense human land use in the state forced many mammalian species to change their diet to cope with the intense fragmentation and agriculture. Large-scale monoculture has facilitated the invasion of exotic species such as wild boars (javali) and the European hare. Several “savanna-dwelling” species are expanding their ranges (Maned wolf, Brocket deer) over deforested areas and probably reflect changes towards a drier climate. Because the state has the largest road system, about 40,000 mammals from 33 species are killed per year in collisions causing an economic loss of 12 million dollars/year. The diversity of mammals is concentrated in the largest forest remnants of Serra do Mar and in the interior of the State, mainly in the regions of Ribeirão Preto and Jundiaí. Sampling gaps are concentrated throughout the interior of the state, particularly in the northwest region. Wild mammals play a fundamental role in many ecosystem services, but they can also be a concern in bringing new emergent diseases to humans. Although the taxonomy of mammals seems to be well known, we show that new species are continuously being discovered in the state. Therefore, continuous surveys using traditional and new technologies (eDNA, iDNA, drones), long-term population monitoring, investigation of the interface of human-wildlife conflict, and understanding of the unique ecosystem role played by mammals are future avenues for promoting sustainable green landscapes allied to human well-being in the state. The planting of forest or savanna corridors, particularly along with major river systems, in the plateau, controlling illegal hunting in the coastal areas, managing fire regimes in the Cerrado, and mitigating roadkill must be prioritized to protect this outstanding mammal diversity.

Resumo As atividades antropogênicas modificaram as paisagens levando a danos ambientais e a uma biodiversidade ameaçada. Como resultado, as áreas protegidas se tornaram o último refúgio para muitas espécies. Áreas protegidas cercadas por uma paisagem altamente modificada podem acumular espécies, especialmente grandes mamíferos, o que pode alterar o uso de seu habitat habitual. Neste trabalho, usamos análise de DNA não-invasivo, identificação molecular de espécies e análises de paisagem para avaliar o uso de habitat de carnívoros em uma área protegida isolada, o Parque Nacional de Itatiaia (PNI). Duas espécies foram de longe as mais amostradas dentro do PNI, Chrysocyon brachyurus e Leopardus guttulus. A distribuição espacial de cada espécie foi avaliada com as seguintes variáveis paisagísticas: altitude; uso e cobertura do solo; declividade e distâncias euclidianas da água e de construções urbanas. O uso de C. brachyurus e L. guttulus no habitat estava relacionado à altitude e ao uso e cobertura do solo. Testamos se existiam diferenças nos indicadores ambientais considerando ambas as espécies, o que mostrou que altitudes mais elevadas, formação de florestas e/ou campestres estavam de fato associadas a elas. Destacamos a presença incomum de ambas as espécies em altitudes de até 2.631 metros. Nossos resultados sugerem uma extensão do uso do habitat conhecido para ambas as espécies como possível consequência da paisagem altamente modificada onde o PNI está inserido. Portanto, os resultados podem ser úteis para entender melhor a dinâmica das espécies e sua conservação diante das mudanças na paisagem. Além disso, este estudo pode ser útil para as políticas de manejo e conservação desta emblemática área protegida.

Abstract Anthropogenic activities have modified landscapes leading to environmental damages and to a threatened biodiversity. As a result, protected areas have become the last refuge for many species. Protected areas surrounded by a highly modified landscape may accumulate species, especially large mammals, which may alter their habitual habitat use. Here we used non-invasive DNA analysis, molecular species identification, and landscape analyses to assess the habitat use of carnivore species in an isolated protected area, Itatiaia National Park (PNI). Two species were by far the most sampled within PNI, Chrysocyon brachyurus and Leopardus guttulus. The spatial distribution of each species was assessed to the following landscape variables: altitude; land use/land cover; slope and Euclidean distances from water and from urban buildings. The habitat use of C. brachyurus and L. guttulus was related to altitude and land use/land cover. We tested whether there were differences in the environmental indicators considering both species, which showed that higher altitudes, forest and/or grassland formation were indeed associated with them. We highlighted the unprecedented presence of both species at altitudes up to 2,631 meters. Our results suggest a habitat use extension for both species inside the PNI that could be a consequence of the highly modified landscape where PNI is inserted. Therefore, the results can be helpful for better understanding the species dynamics and their conservation in the face of landscape changes. Further, this study may be of help for management and conservation policies of this emblematic protected area.

Resumo Apesar de seus impactos ambientais negativos, ambientes modificados pelo homem, como paisagens agrícolas e urbanas, podem ter um papel relevante na conservação da biodiversidade como complementos de áreas protegidas. Tais paisagens antropizadas podem ter espécies ameaçadas, valiosas e incômodas, embora a maioria delas não se enquadre em nenhuma dessas categorias. Portanto, em tais ambientes devemos lidar com o mesmo processo de tomada de decisão sobre as mesmas possíveis intervenções propostas por Caughley (1994) para o manejo da vida selvagem, que estão relacionadas à conservação biológica, uso sustentável, controle/coexistência e monitoramento. Esse processo de tomada de decisão deve ser baseado em boa ciência e boa governança. Neste contexto, o primeiro passo deverá ser a implementação de paisagens multifuncionais, que mantenham a sua missão primordial de uso humano, mas que incorporem uma segunda, mas fundamental missão de conservação biológica. Neste estudo apresentamos um resumo das pesquisas realizadas no Programa Biota da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) neste campo desde o final da década de 1990 e propomos prioridades para pesquisa e governança da biodiversidade em paisagens multifuncionais para o futuro próximo.

Abstract: Despite their negative environmental impacts, human-modified environments such as agricultural and urban landscapes can have a relevant role on biodiversity conservation as complements of protected areas. Such anthropized landscapes may have endangered, valuable, and nuisance species, although most of them do not fit in any of these categories. Therefore, in such environments we must deal with the same decision-making process concerning the same possible interventions proposed by Caughley (1994) to wildlife management, which are related to biological conservation, sustainable use, control/coexistence, and monitoring. Such decision-making process should be based on good science and good governance. On such context, the first step should be to implement multifunctional landscapes, which keep their primary mission of human use, but incorporate a second but fundamental mission of biological conservation. In this study we present a summary of the research carried out at the Biota Program of Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) in this field since the late 1990's and propose priorities for biodiversity research and governance in multifunctional landscapes for the near future.

Resumo Schizodon engloba aproximadamente 15 espécies de peixes neotropicais. A taxonomia integrativa, combinando análises moleculares e morfométricas com métodos taxonômicos tradicionais, foi utilizada para investigar Schizodon vittatus e sua potencial espécie irmã. As diferenças moleculares (DNA barcoding) entre as duas espécies são maiores do que a variação intraespecífica observada em espécies congêneres, e as duas espécies representam linhagens distintas por aproximadamente um milhão de anos. As duas espécies são morfologicamente muito similares e os dados merísticos mostram grande sobreposição. As análises morfométricas também mostraram sobreposição entre as duas espécies, mas indicaram diferenças na altura do pedúnculo caudal, no diâmetro interorbital, e no comprimento dos raios da nadadeira anal. O padrão de colorido parece fornecer uma característica diagnóstica clara para as duas espécies. Schizodon vittatus normalmente possui quatro faixas escuras transversais no corpo e sua espécie irmã tem três faixas, com a quarta, se presente, inconspícua e dorsal à linha lateral. Schizodon vittatus é redescrita com base no tipo e em espécimes coletados recentemente; sua localidade tipo é revisitada e a sua distribuição conhecida é restringida às drenagens do Araguaia e Tocantins. A nova espécie, irmã de S. vittatus e distribuída nas drenagens do Xingu e Tapajós, é descrita. Uma chave para a identificação das espécies do clado amazônico de Schizodon é apresentada.

Abstract Schizodon encompasses approximately 15 species of Neotropical headstanding fishes. Integrative taxonomy, combining molecular and morphometric analyses with traditional taxonomic methods, was used to investigate Schizodon vittatus and its potential new sister species. Molecular differences between the two species in the barcode are greater than intra-specific variation recovered in species of Schizodon, and the two species represent distinct lineages for approximately one million years. The two species are morphologically very similar, and the meristic data showed great overlap. Morphometric analyses also showed overlap among the putative species but indicated differences in caudal-peduncle depth, orbital diameter, and length of anal-fin rays. Color pattern seems to provide a clear diagnostic feature for the two species. Schizodon vittatus usually has four dark brown transversal bars on body, and its sister species has three conspicuous bars, with the fourth, if present, inconspicuous and dorsal to the lateral line. Schizodon vittatus is redescribed based on the type and recently collected specimens, its type locality is revisited, and its known distribution restricted to the Araguaia and Tocantins drainages. The new species, sister to S. vittatus, distributed in the Xingu and Tapajós drainages, is described. A key for the identification of the Amazon clade species of Schizodon is provided.

ABSTRACT Identification of the predators of bird nests is essential to test ecological and evolutionary hypotheses and to make practical management decisions. A variety of nest monitoring devices have been proposed but many remain difficult to set up in the field. The aim of this study was to test camera traps as a potential tool to study predation of natural nests in a tropical rainforest environment. Specifically, we registered the predators, assessed their size range, and we compared the use of one and two cameras per nest. Of 122 nests from 24 bird species, 45 (37%) were depredated, and the cameras recorded the predator species in 29 of the total of depredated nests (64%). We identified predators in eight of 16 depredated nests (50%) in which we used one camera trap per nest, and we identified predators in 21 of 29 depredated nests (72%) when we used two camera traps per nest. The predators included six species of birds and six species of mammals, with body masses varying from 20 g to 16.5 kg. Causes for 10 of the 16 detection failures were identified and are discussed. These results suggest that camera traps are viable tools to investigate nest predation in a tropical rainforest area.

Epinephelidae forma um grupo de espécies de grande interesse biológico e econômico. Seus padrões filogeográficos são pouco conhecidos, principalmente nas populações distribuídas na região oeste do Oceano Atlântico. Entre seus representantes está a pequena espécie Cephalopholis fulva, Coney, a qual apresenta ampla distribuição geográfica, policromia e hermafroditismo, além de estar se tornando um alvo crescente da exploração pesqueira comercial. Os dados genéticos e histórico-demográficos foram obtidos através da análise de sequências parciais da Região Controle de seis localidades do litoral brasileiro, desde o Nordeste até o Sudeste do Brasil, incluindo as ilhas oceânicas do Atol das Rocas e do arquipélago Fernando de Noronha. As amostras analisadas revelaram uma alta variabilidade genética e um forte fluxo gênico entre as localidades amostradas. Além disso, os dados genéticos relevaram expansões populacionais provavelmente relacionadas às mudanças no nível do mar ocorridas durante o Pleistoceno. A ampla conectividade populacional presente em Coney constitui uma condição relevante para a sua conservação biológica.

The Epinephelidae form a group of species of high biological and economical interests. It´s phylogeographic patterns are not well known especially the distributed populations in the western region of the Atlantic Ocean. Among the representatives is a small species called Cephalopholis fulva, Coney, which presents a wide geographical distribution, polychromia, hermaphroditism and is quickly becoming a large target for the exploration of commercial fishing. The genetic and historical demography were obtained through the partial sequence analysis of Control Region from six locations on the coastline of Brazil from the northeast coast to the southwest coast, including the oceanic islands of Rocas Atoll and Fernando de Noronha Archipelago. The analyzed samples revealed a high genetic variability and a strong gene flow among the sampled locations. Additionally, the genetic data revealed that population expansions probably occurred due to the changes in the sea levels that occurred during the Pleistocene. The large population connectivity found in Coney constitutes relevant conditions for their biological conservation.

Prochilodus is one of the most important fish resources of South America, in addition to the important role it plays in nutrient cycling of Neotropical rivers. In the present study, we describe the isolation and characterization of nine novel microsatellite loci in Prochilodus argenteus. The number of alleles per polymorphic locus varied from 5 (Par76) to 21 (Par85), revealing a total of 116 alleles. The values of observed and expected heterozygosities ranged from 0.629 (Par69) to 0.926 (Par85 and Par86) and from 0.643 (Par66) to 0.931 (Par80), respectively. Furthermore, the ability of these and other previously described microsatellite markers to amplify orthologous loci was tested in two related species, Prochilodus costatus and Prochilodus lineatus. These loci will be useful for studies of population genetic structure in this group of fishes, and in aiding future genetic mapping studies of P. argenteus.

Curimbatá-pióa (Prochilodus costatus Valenciennes, 1850) is an endemic species from the São Francisco River Basin with migratory habits, important ecological role in the ecosystem and relevant fishing importance. The present study aimed to assess the genetic variation in P. costatus in order to investigate its population genetic structure. Genetic variation was studied at three sites downstream the Três Marias dam (Upper-middle São Francisco River, State of Minas Gerais) through six specific microsatellite loci. Fish from the three sites had quite similar genetic diversity levels and no genetic differentiation was detected, suggesting that P. costatus might represent a single reproductive unit in the studied area. Alternatively, the present study was not able to detect putative coexistent and comigrating populations along the main channel river. Our findings could be very helpful for the management and conservation of this fish.

Cytogenetic studies were done on three Pomacentridae species of the genus Chromis. The karyotype of C. multilineata consisted of 48 acrocentric chromosomes (FN = 48), C. insolata had 2n = 46-47 (3-4M+6SM+36-38A; FN = 56) and C. flavicauda had 2n = 39 (9M+6SM+24A; FN = 54). Robertsonian polymorphisms were detected in C. insolata and C. flavicauda. All three species had small heterochromatic blocks restricted to centromeric regions. Nucleolar organizer regions (NORs) were detected in the telomeric position of a medium acrocentric chromosome pair in C. multilineata and in non-homologous chromosomes in both C. flavicauda and C. insolata. FISH with a telomeric probe detected no internal telomeric sequences in C. flavicauda and C. insolata. 5S rRNA genes were observed in a pericentromeric region of two large metacentric chromosome pairs in C. flavicauda and two large acrocentric pairs in C. insolata. The karyotype structure and the number and location of the 5S rDNA loci in these two species indicated that the 5S rRNA-bearing acrocentric chromosomes were directly involved in the origin of the polymorphisms observed. These data reinforce the idea that Robertsonian rearrangements have been involved in molding the karyotype in the subfamily Chrominae.