BACKGROUND: New sequencing technologies have opened the way to the discovery and the characterization of pathogenic viruses in clinical samples. However, the use of these new methods can require an amplification of viral RNA prior to the sequencing. Among all the available methods, the procedure based on the use of Phi29 polymerase produces a huge amount of amplified DNA. However, its major disadvantage is to generate a large number of chimeric sequences which can affect the assembly step. The pre-process method proposed in this study strongly limits the negative impact of chimeric reads in order to obtain the full-length of viral genomes. FINDINGS: Three different assembly softwares (ABySS, Ray and SPAdes) were tested for their ability to correctly assemble the full-length of viral genomes. Although in all cases, our pre-processed method improved genome assembly, only its combination with the use of SPAdes allowed us to obtain the full-length of the viral genomes tested in one contig. CONCLUSIONS: The proposed pipeline is able to overcome drawbacks due to the generation of chimeric reads during the amplification of viral RNA which considerably improves the assembling of full-length viral genomes.

Os autores apresentam uma revisão dos estudos epidemiológicos realizados pelo seu grupo de pesquisa sobre a infecção pelos vírus T-linfotrópicos humanos tipo I (HTLV-I) e tipo II (HTLV-II) e doenças associadas na Guiana Francesa, desde 1984. A Guiana Francesa é um Departamento de Ultramar da França, situado entre o Brasil e o Suriname. A população é caracterizada por uma grande variedade de grupos étnicos, incluindo diversas comunidades de origem africana e outras de origem indígena. Diversos inquéritos epidemiológicos sobre gestantes e em aldeias remotas mostraram que o HTLV-I é altamente endêmico nessas áreas, mas que o vírus é restrito a grupos de origem africana, particularmente os Noir-Marrons. Nessa população endêmica, os resultados de uma análise de segregação num estudo epidemiológico genético eram coerentes com a presença de um gene maior dominante determinando a predisposição para a infecção pelo HTLV-I, especialmente em crianças. Por outro lado, a infecção pelo HTLV-II parece ser rara na Guiana Francesa, tendo sido encontrada apenas em alguns indivíduos de origem brasileira. Do ponto de vista molecular, as cepas de HTLV-I presentes entre os Noir-Marrons, Creoles e indígenas parecem ser originárias da África, uma vez que pertencem ao grande genótipo cosmopolita, ou sub-grupo molecular A.

We review here the epidemiological studies performed by our group on human retrovirus HTLV-I and HTLV-II infections and the associated diseases in French Guiana since 1984. French Guiana is an overseas French administrative district located between Brazil and Surinam. Its population is characterized by a large variety of ethnic groups, including several populations of African origin and various populations of Amerindian origin. Several epidemiological studies of large samples of pregnant women and in remote villages showed that HTLV-I is highly endemic in this area but is restricted to groups of African origin, especially the Noir-Marrons. In this endemic population, the results of segregation analysis in a genetic epidemiological study were consistent with the presence of a dominant major gene predisposing to HTLV-I infection, especially in children. In contrast, HTLV-II infection appears to be rare in French Guiana, having been found in only a few individuals of Brazilian origin. From a molecular point of view, the HTLV-I strains present in the Noir-Marrons, Creoles and Amerindians appear to originate from Africa, as they belong to the large cosmopolitan molecular subtype A.

Os autores apresentam uma revisão dos estudos epidemiológicos realizados pelo seu grupo de pesquisa sobre a infecção pelos vírus T-linfotrópicos humanos tipo I (HTLV-I) e tipo II (HTLV-II) e doenças associadas na Guiana Francesa, desde 1984. A Guiana Francesa é um Departamento de Ultramar da França, situado entre o Brasil e o Suriname. A população é caracterizada por uma grande variedade de grupos étnicos, incluindo diversas comunidades de origem africana e outras de origem indígena. Diversos inquéritos epidemiológicos sobre gestantes e em aldeias remotas mostraram que o HTLV-I é altamente endêmico nessas áreas, mas que o vírus é restrito a grupos de origem africana, particularmente os Noir-Marrons. Nessa população endêmica, os resultados de uma análise de segregação num estudo epidemiológico genético eram coerentes com a presença de um gene maior dominante determinando a predisposição para a infecção pelo HTLV-I, especialmente em crianças. Por outro lado, a infecção pelo HTLV-II parece ser rara na Guiana Francesa, tendo sido encontrada apenas em alguns indivíduos de origem brasileira. Do ponto de vista molecular, as cepas de HTLV-I presentes entre os Noir-Marrons, Creoles e indígenas parecem ser originárias da África, uma vez que pertencem ao grande genótipo cosmopolita, ou sub-grupo molecular A.

We review here the epidemiological studies performed by our group on human retrovirus HTLV-I and HTLV-II infections and the associated diseases in French Guiana since 1984. French Guiana is an overseas French administrative district located between Brazil and Surinam. Its population is characterized by a large variety of ethnic groups, including several populations of African origin and various populations of Amerindian origin. Several epidemiological studies of large samples of pregnant women and in remote villages showed that HTLV-I is highly endemic in this area but is restricted to groups of African origin, especially the Noir-Marrons. In this endemic population, the results of segregation analysis in a genetic epidemiological study were consistent with the presence of a dominant major gene predisposing to HTLV-I infection, especially in children. In contrast, HTLV-II infection appears to be rare in French Guiana, having been found in only a few individuals of Brazilian origin. From a molecular point of view, the HTLV-I strains present in the Noir-Marrons, Creoles and Amerindians appear to originate from Africa, as they belong to the large cosmopolitan molecular subtype A.