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ABSTRACT Background: Regional information regarding the characteristics of patients with coronavirus disease (COVID)-19 is needed for a better understanding of the pandemic. Objective: The objective of the study to describe the clinical features of COVID-19 patients diagnosed in a tertiary-care center in Mexico City and to assess differences according to the treatment setting (ambulatory vs. hospital) and to the need of intensive care (IC). Methods: We conducted a prospective cohort, including consecutive patients with COVID-19 from February 26, 2020 to April 11, 2020. Results: We identified 309 patients (140 inpatients and 169 outpatients). The median age was 43 years (interquartile range, 33-54), 59.2% men, and 18.6% healthcare workers (12.3% from our center). The median body mass index (BMI) was 29.00 kg/m2 and 39.6% had obesity. Compared to outpatients, inpatients were older, had comorbidities, cough, and dyspnea more frequently. Twenty-nine (20.7%) inpatients required treatment in the IC unit (ICU). History of diabetes (type 1 or 2) and abdominal pain were more common in ICU patients compared to non-ICU patients. ICU patients had higher BMIs, higher respiratory rates, and lower room-air capillary oxygen saturations. ICU patients showed a more severe inflammatory response as assessed by white blood cell count, neutrophil and platelet count, C-reactive protein, ferritin, procalcitonin, and albumin levels. By the end of the study period, 65 inpatients had been discharged because of improvement, 70 continued hospitalized, and five had died. Conclusions: Patients with comorbidities, either middle-age obese or elderly complaining of fever, cough, or dyspnea, were more likely to be admitted. At admission, patients with diabetes, high BMI, and clinical or laboratory findings consistent with a severe inflammatory state were more likely to require IC.

https://doi.org/10.24875/ric.20000211 533 downloads

Production of polyclonal antiserum against Cowpea mild mottle virus coat protein and its application in virus detection
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Carvalho, Silvia L. de

; Silva, Fábio N. da

; Zanardo, Larissa G.

; Almeida, Álvaro M.R.

; Zerbini, F. Murilo

; Carvalho, Claudine M.

Tropical Plant Pathology

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Fev 2013, Volume 38 Nº 1 Páginas 49 - 54

Resumo: En | Texto: En | PDF: En

Cowpea mild mottle virus (CpMMV), the causal agent of stem necrosis disease, has drawn attention of soybean producers in recent years due to yield losses in the main producing regions of Brazil. Serological methods for viral detection require the use of an antiserum of good quality to achieve specificity and sensitivity. The entire coat protein gene of a Brazilian CpMMV isolate was cloned into a bacterial expression vector and transformed into Escherichia coli BL21::DE3 for in vitro expression. The coat protein, fused to a His-tag, was purified under denaturing conditions by affinity chromatography using a Ni-NTA resin. After renaturation, the integrity and identity of the purified recombinant protein was confirmed by SDS-Page and MALDI-ToF/ToF mass spectrometer analyses. A rabbit was immunized with increasing amounts of the recombinant protein. The specificity and sensitivity of the antiserum was demonstrated by Western blot and indirect ELISA assays. The polyclonal antisera raised against recombinant coat protein proved to be a reliable tool for CpMMV detection.

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Fluxometria da artéria torácica interna esquerda na revascularização da artéria descendente anterior com e sem circulação extracorpórea
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Cerqueira Neto, Filinto Marques de

; Guedes, Marco Antonio Vieira

; Soares, Leonardo Eugênio Fonseca

; Almeida, Gustavo Santiago

; Guimarães, André Raimundo F.

; Barreto, Mauricio Alves

; Porto, Emerson Costa

; Rabelo Júnior, Álvaro

Brazilian Journal of Cardiovascular Surgery

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Jun 2012, Volume 27 Nº 2 Páginas 283 - 289

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

INTRODUÇÃO: A cirurgia de revascularização do miocárdio (RM) sem circulação extracorpórea (CEC) é uma técnica amplamente utilizada. A fluxometria coronariana é a técnica mais usada para avaliação dos enxertos, porém, poucos estudos comparam os dados fluxométricos na RM com e sem CEC. O objetivo deste estudo foi comparar as variáveis fluxométricas dos enxertos de artéria torácica interna esquerda para a artéria descendente anterior em pacientes submetidos à RM com e sem CEC. MÉTODOS: Entre março e setembro de 2010, foram analisados retrospectivamente 35 pacientes consecutivos, não randomizados, submetidos à RM. Foram alocados 10 pacientes no grupo A (com CEC) e 25 no grupo B (sem CEC). O fluxo médio do enxerto (FME), o índice pulsátil (PI) e a porcentagem de enchimento diastólico (ED) foram obtidos por meio da fluxometria por tempo de trânsito. Foi utilizado o teste exato de Fisher e Mann-Whitney, sendo considerado estatisticamente significante P<0,05. RESULTADOS: Não houve óbito, infarto agudo do miocárdio ou necessidade de angioplastia em 30 dias de pós-operatório. O número médio de anastomoses distais foi 2,3 ± 0,8 por paciente no grupo sem CEC, e de 2,2 ± 0,6 no grupo com CEC (P=0,10). A mediana do fluxo médio do enxerto foi 23 ml/min, no grupo A, e 25 ml/min, no grupo B (P=0,34). A percentagem de enchimento diastólico foi 56%, no grupo A, e 59,5%, no grupo B (P=0,86). O índice pulsátil foi 2,3, no grupo A, e 2,2, no grupo B (P=0,82). CONCLUSÃO: Não houve diferença nos parâmetros fluxométricos (FME, ED e PI) encontrados nos pacientes submetidos à revascularização do miocárdio com e sem CEC.

BACKGROUND: Off-pump coronary bypass grafting (OPCAB) has become a widely used technique. Coronary flowmetry is the most common method employed to assess graft patency, nevertheless, few studies compare flow patterns between ONCAB and OPCAB surgery. The objective of this study was to compare flowmetry data in left internal mammary artery grafts bypasses to the left anterior descendent artery. METHODS: From March to September of 2010, thirtyfive consecutive, non-randomized patients underwent CABG and were retrospectively evaluated. Ten patients were located on group A (On Pump), and twenty-five on group B (Off Pump). The mean graft flow (MGF), pulsatile index (PI) and diastolic filling (DF) were obtained using Transit Time Flowmetry (TTFM). The Fisher exact test, and Mann Whitney test were used, and a P value of < 0.05 was considered to indicate statistical significance. RESULTS: There were no deaths, AMI, re-interventions or PTCA in a 30-day period. The number of bypasses performed per patient was 2.3 ± 0.8 in the OPCAB group, and 2.2 ± 0.6 in the ONCAB group, with no significant difference (P=0.10). The median of mean flow was 23 ml/min on group A, and 25 ml/min on group B (P=0.34). Diastolic filling percentage was 56% on group A, and 56.9% on group B (P=0.86). Pulsatile Index was 2.3 on group A, and 2.2 on group B (P=0.82). CONCLUSIONS: There was no difference between TTFM values (MF, PI and DF) in patients operated with or without cardiopulmonary bypass.

https://doi.org/10.5935/1678-9741.20120045 7363 downloads

Characterization of powdery mildews strains from soybean, bean, sunflower, and weeds in Brazil using rDNA-ITS sequences
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Almeida, Álvaro M.R.

; Binneck, Eliseu

; Piuga, Fernanda F.

; Marin, Silvana R.R.

; Valle, Paula R.Z. Ribeiro do

; Silveira, Cesar A.

Tropical Plant Pathology

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Fev 2008, Volume 33 Nº 1 Páginas 20 - 26

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

O oídio da soja, causado por Erysiphe diffusa, foi considerado uma doença de menor importância, desde a sua identificação no Brasil. Entretanto, após o surto na safra de 1996/97, em todas as áreas cultivadas, a doença tornou-se uma ameaça constante para os agricultores, com perdas relatadas de até 25%. A identificação de uma nova espécie (E. glycines) no Japão e a ocorrência em outras espécies de plantas comumente encontradas próximas a campos de soja (Phaseolus vulgaris,Helianthus annuus,Sonchus oleraceus,Hypochaeris brasiliensis e Bidens pilosa) levantou questões em relação à taxonomia dos oídios encontrados nas lavouras. Análises moleculares da região espaçadora interna transcrita (ITS) do rDNA foi utilizada para a identificação molecular das espécies presentes em cada planta hospedeira. Oídios isolados de soja (Glycine max) foram identificados como E. diffusa. Isolados de feijão (P. vulgaris) foram similares a E. diffusa, com 4 nt diferentes, e diferiram de E. poligony em 11 nt. Isolados de H. annuus e S. oleraceus agruparam-se com a espécie Golovinomyces cichoracearum, enquanto isolados de H. brasiliensis e B. pilosa foram similares a Podosphaera fusca e Neoerysiphe cumminsiana, respectivamente. Ao nosso conhecimento esta é a primeira identificação molecular de oídios no Brasil, através da comparação de seqüências de rDNA. Esta também é uma evidência da ocorrência de N. cumminsiana na América.

Soybean powdery mildew (Erysiphe diffusa) was considered a minor disease in Brazil in the decades immediately after its identification. However, since the outbreak in 1996/97 in all cultivated areas the disease has become a constant threat to farmers and losses of up to 25% have been reported. The report of a new species, E. glycines, infecting soybean in Japan, and the occurrence of the disease in other plant species (Phaseolus vulgaris, Helianthus annuus,Sonchus oleraceus,Hypochaeris brasiliensis, and Bidens pilosa) commonly found growing nearby soybean fields, raised questions in relation to the taxonomy of the powdery mildew strains found in or around soybean fields in Brazil. Analysis of the internal transcribed sequence (ITS) of the rDNA was undertaken to ascertain the pathogen species associated to each of the hosts. Powdery mildew strains isolated from Glycine max were identified as E. diffusa. Strains from P. vulgaris were very similar to E. diffusa, with 4 nt differences, and differed from Erysiphe poligony by 11 nt. Strains from H. annuus and S. oleraceus grouped with the species Golovinomyces cichoracearum, while strains from H. brasiliensis and B. pilosa were similar to Podosphaera fusca and Neoerysiphe cumminsiana, respectively. To our knowledge this is the first molecular identification of powdery mildew in Brazil based on rDNA sequence comparison. In addition, this study presented evidence for the occurrence of N. cumminsiana in America.

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Pathogenicity, molecular characterization, and cercosporin content of Brazilian isolates of Cercospora kikuchii
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Almeida, Álvaro M. R.

; Piuga, Fernanda F.

; Marin, Silvana R. R.

; Binneck, Eliseu

; Sartori, Fábio

; Costamilan, Leila M.

; Teixeira, Maria R. O.

; Lopes, Marcelo

Fitopatologia Brasileira

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Dez 2005, Volume 30 Nº 6 Páginas 594 - 602

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

Cercospora kikuchii está envolvido na desfolha da soja (Glycine max), normalmente em associação com Septoria glycines, no final do ciclo da cultura. Setenta e dois isolados, obtidos principalmente de sementes com mancha púrpura e oriundas de diferentes regiões do Brasil, mostraram variabilidade fenotípica. O teor de cercosporina e a velocidade de crescimento de colônias foram bastante variáveis entre os isolados. Uma forte correlação foi identificada entre o teor de cercosporina e virulência. Diferenças genéticas, entre e dentro da população analisada, foram observadas por RAPD com a análise de 86 loci. As análises de RAPD permitiram agrupar os isolados em sete grupos. Nenhuma relação foi identificada entre os grupos de RAPD e a origem geográfica ou teor de cercosporina. A sequência da região espaçadora do DNA ribossomal (ITS1-5,8S-ITS2) foi determinada em 13 isolados escolhidos nos diferentes agrupamentos. A similaridade das sequências obtidas comparadas às sequências de C. kikuchii depositadas no GenBank (AY266160, AY266262, AY152577 e AF291708) variou de 97 a 100%. Este trabalho demonstrou que os isolados brasileiros de C. kikuchii de diferentes origens são variáveis quanto à virulência, aos padrões de RAPD e ao teor de cercosporina. O teor de cercosporina pode ser um bom parâmetro na escolha de um isolado adequado para seleção de cultivares tolerantes ou resistentes a esse patógeno. Considerando que ele é facilmente transmitido por sementes não é surpresa encontrar os mesmos haplotipos em diferentes regiões. A migração poderia ser favorecida por sementes infetadas como demonstrado na análise de RAPD.

Cercospora kikuchii, involved with the defoliation of soybean (Glycine max) plants, is normally associated with Septoria glycines in late season. Seventy-two isolates from different regions in Brazil, obtained mainly from purple stained seeds, showed phenotypic variation. Cercosporin content and rate of colony growth was higly variable among isolates. A strong correlation between cercosporin content and virulence was identified. Genetic variation among and within populations was evaluated based on 86 RAPD loci. The RAPD analysis clustered all isolates into seven groups. No relationship was observed between RAPD groups and geographic origin or cercosporin content. The sequence of the internal spacer regions (ITS1-5.8S-ITS2) from 13 isolates chosen according to the previous RAPD and clustering analysis showed high similarity (97%-100%) to the GenBank sequences of C. kikuchii (AY266160, AY266161, AY152577 and AF291708). It is clear from this work that Brazilian isolates of C. kikuchii from different geographic regions, are variable in relation to virulence, RAPD profiles and cercosporin content. Cercosporin content could be a good parameter for choosing an adequate isolate for screening resistant or tolerant cultivars. Considering that this pathogen is easily seed-borne, findings are expected to show the same haplotypes in different regions. Migration could be favoured by infected seeds as demonstrated by RAPD analysis.

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Detection and partial characterization of a carlavirus causing stem necrosis of soybean in Brazil
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Almeida, Álvaro M. R.

; Piuga, Fernanda F.

; Marin, Silvana R.R.

; Kitajima, Elliot W.

; Gaspar, José O.

; Oliveira, Thalita G. de

; Moraes, Tanara G. de

Fitopatologia Brasileira

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Abr 2005, Volume 30 Nº 2 Páginas 191 - 194

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

No ano agrícola de 2000/2001, ocorreu um surto de nanismo e necrose da haste em soja (Glycine max) plantada em duas áreas do Brasil Central e na safra seguinte, esta anomalia foi constatada em outras regiões produtoras, mesmo distantes mais de 2.000 km de onde fora inicialmente constatada. Estudos envolvendo ensaios de transmissão (enxertia, mecânica e insetos vetores), microscopia eletrônica, purificação, sorologia e ensaios moleculares indicaram que a enfermidade foi causada por um carlavirus transmitido por mosca branca, possivelmente relacionado ao Cowpea mild mottle virus (CpMMV).

Stunting and stem necrosis were noticed in soybeans (Glycine max) grown in 2000/2001 in West Central Brazil the same condition was also observed in the following year in plantations as far as 2,000 km from the initial area. Based on transmission (mechanical, graft, insect vector), purification and serology, electron microscopy and molecular studies the causal agent was determined to be a whitefly-borne carlavirus which is possibly related to Cowpea mild mottle virus (CpMMV).

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Avaliação de danos causados por duas estirpes do Soybean mosaic virus em duas cultivares de soja
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Silva, Marcia F.

; Almeida, Álvaro M. R.

; Arias, Carlos A. A.

Fitopatologia Brasileira

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Dez 2003, Volume 28 Nº 6 Páginas 597 - 601

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

Este estudo objetivou determinar os efeitos, em duas cultivares de soja (Glycine max), causados por duas estirpes do Soybean mosaic virus (SMV) e da idade das plantas na inoculação em relação a parâmetros ligados ao rendimento. Dois experimentos foram conduzidos em casa de vegetação, nos quais as cultivares BRS 183 e UFV-16 Capinópolis foram inoculadas, mecânica e isoladamente, com as estirpes G1 e G5 do SMV, em três diferentes idades após a emergência. Os experimentos foram instalados segundo um delineamento inteiramente casualizado com cinco repetições. Foram avaliados diferentes características relacionadas à produção e qualidade de grãos e constatou-se que: (i) as duas estirpes causam danos sobre diferentes características ligadas ao rendimento e manchas nas sementes; (ii) a estirpe G1 é mais severa que a estirpe G5; (iii) a idade da planta na inoculação do SMV afeta o nível de danos; (iv) a porcentagem de sementes manchadas e o grau de mancha ocorrem com diferentes intensidades de acordo com o ambiente, cultivar, estirpe e idade da planta na inoculação. As características em cada combinação de peso de matéria seca e peso de grãos, peso de raiz e volume de raiz, porcentagem de sementes manchadas e grau de manchas, apresentaram correlações significativas nas duas cultivares, permitindo que se faça opção por apenas uma característica de cada combinação, para avaliar as perdas em plantas infetadas.

The objective of this study was to determine the effects on the yield of two soybean cultivars caused by two strains of Soybean mosaic virus (SMV) and of the age of plants at the moment of inoculation. Two experiments were conducted in a greenhouse. Plants of the cultivars BRS 183 and UFV-16 Capinópolis were mechanically inoculated with strains G1 or G5, at three different ages. The experiments were conducted in a completely randomized design, with five replications. Differents characteristics related to yield and seed quality were evaluated. The conclusions were: (i) the two SMV strains cause significant losses in soybean yield and seed quality; (ii) the SMV G1 strain causes more losses than the G5 strain; (iii) plant age at inoculation affects the level of losses; (iv) the percentage of mottled seeds and the level of mottle in seeds were affected by the environment, cultivar, virus strain and age of plants at the moment of inoculation. The characteristics of each combination, plant dry weight and seed weight, root weight and volume, percentage of mottle seeds and level of mottling, showed a significant correlation in both cultivars, thus allowing the use of one characteristic from each pair to evaluate losses.

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Mamíferos não-voadores do campus "Luiz de Queiroz", Universidade de São Paulo, Piracicaba, Brasil
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Gheler-Costa, Carla

; Verdade, Luciano M.

; Almeida, Álvaro F. de

Revista Brasileira de Zoologia

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Dez 2002, Volume 19 Supl. 2 Páginas 203 - 214

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

The remaining portion of the Atlantic Forest within the State of Sao Paulo is highly fragmented and most of the remainders are wrapped up in an essentially agricultural mosaic. This study aims at the local surveying of non-volant mammals, including their distribution and relative abundance within the human-altered environments of campus "Luiz de Queiroz", University of Sao Paulo, Piracicaba, São Paulo State, Brazil, an urbanized area bordered by two highways and the Piracicaba River. The landscape of the study area is characterized by a mosaic of small forest fragments surrounded by pastures, agriculture, and planted forests. Small mammals were captured from February to October, 2001, with an effort of 7056 day-traps, sampling the most representative environments of the campus: planted Eucalyptus (L'Héritier) and Pinus (Shaw) forests, native forest fragment, meadow, rubber tree (Hevea sp.) plantation, agriculture and pasture area. Occurrence of medium and large frame mammals was recorded daily (morning and afternoon) from November of 2000 to October of 2001 along a trail set up to merge the studied environments. Sixteen species of non-volant mammals were recorded, ten of medium or big body-size, and six of small body-size. Capybara (Hydrochaeris hydrochaeris (Linnaeus, 1766)) and coati (Nasua nasua (Linnaeus, 1766)) were the most abundant species.

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Variabilidade genética em biotipos de leiteiro de Londrina/PR
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Vasconcelos, Maria José V. de

; Abdelnoor, Ricardo V.

; Karan, Décio

; Almeida, Álvaro M. R.

; Oliveira, Maurílio F. de

; Barros, Everaldo G.

; Moreira, Maurílio A.

Planta Daninha

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Ago 2000, Volume 18 Nº 2 Páginas 285 - 292

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

Euphorbia heterophylla, também conhecida como amendoim-bravo ou leiteira, é considerada planta invasora importante em mais de 56 países, inclusive no Brasil, tendo acarretado perdas de até 33 % na cultura da soja. Fenotipicamente, é uma espécie de características variáveis, especialmente em relação ao formato do limbo foliar. Esta variabilidade fenotípica tem sido utilizada para diferenciar e classificar as plantas, sugerindo a vários autores que a leiteira seria, de fato, constituída por diferentes espécies. Para estudar a variabilidade genética a nível de DNA entre plantas de Euphorbia heterophylla, que apresentam folhas morfologicamente diferentes, foram analisadas dez plantas diferentes coletadas em campos de soja, em Londrina/PR. As plantas foram transplantadas para casa-devegetação e o DNA das folhas foi extraído para análise pela técnica de RAPD. Vinte seis diferentes "primers", de dez nucleotídeos de sequência aleatória, geraram total de 102 bandas de DNA, sendo 38 delas polimórficas. A distância genética entre os indivíduos foi calculada em função da presença e da ausência das bandas, variando de 1 a 39% entre plantas. A análise de agrupamento dividiu as plantas em dois grupos, considerando limite de distância relativa de 22%. Os grupos gerados separaram nitidamente as plantas quanto ao formato do limbo foliar (estreito ou arredondado) e quanto á ramificação (densa ou normal).

Euphorbia heterophylla is an important weed affecting the performance of annual and perennial crops. It is native from tropical and subtropical regions in the American continent, and has been detected at high densities in 20 different countries worldwide, and at low densities in other 40 countries. In Brazil, it has been inclued among the ten most important weeds affecting different crops, causing yield losses up to 33% in soybean fields. Phenotypically, this species is extremely variable, especially in relation to leaf shape and size, which can vary among and within populations. This variability suggested to several authors that E. heterophylla was, in fact, formed by different species. To systematize the study of E. heterophylla and to determine if the phenotypic variability correspond to modifications at the DNA level, we analyzed 10 different plants collected in the soybean field in Londrina (Parana, Brazil). The plants were transplanted to the greenhouse and leaf DNA was extracted for RAPD technique analysis. Twenty-six RAPD "primers" different amplified 102 DNA bands, 38 of them being polymorphic. Genetic distances among the individuals were calculated based on the presence (1) or absence (0) of those bands. Cluster analyses divided the plants into two distinct groups considering an upper limit of 22% relative genetic distance. The genetic distances among the plants were between 1 and 39%, in agreement with the variability obseved at the morphological level.

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