Todos os animais vivem em íntima associação com micro-organismos que desempenham importantes funções em seu desenvolvimento normal. Nos vertebrados, a mais populosa e complexa comunidade de micro-organismos reside no trato intestinal. O intuito do estudo foi quantificar, classificar e verificar morfologicamente a população microbiana intestinal de duas importantes espécies de peixes de água doce, o curimbatá (Prochilodus lineatus) e o cascudo cinza (Pterygoplichthys anisitsi). As amostras foram coletadas por meio de raspagens da mucosa intestinal, diluídas seriadamente até 10-4, semeadas em placas contendo ágar soja tripticaseína (TSA) e ágar chocolate (AC) para contagem de bactérias totais e identificação morfológica por Gram, em aerobiose e em anaerobiose facultativa, respectivamente. As contagens de bactérias totais mostraram resultados que variaram entre 10³ e 10(4)ufc.mL-1. Os tipos morfológicos encontrados foram cocos, leveduras e bastonetes Gram negativos e positivos. Estudos adicionais sobre os padrões de colonização microbiana e a morfologia dos micro-organismos aderidos à mucosa intestinal foram possíveis com o uso da microscopia eletrônica de varredura (MEV), sendo encontradas formas variadas de micro-organismos, tais como leveduras, formas cocoides e bacilares flageladas e não flageladas. A microbiota intestinal do curimbatá e a do cascudo cinza provaram ser bastante diversas e populosas, com o predomínio de micro-organismos Gram negativos.

All animals exist in intimate associations with microorganisms that play important roles in the hosts' normal development. In vertebrates, the most populous and complex community of microbes resides in the digestive tract.The aim of this research was to morphologically quantify, classify and verify the composition of intestinal microbiota of two species of freshwater fish, the Prochilodus lineatus and the Pterygoplichthys anisitsi. The samples were collected by scrapings of intestinal mucosa, serially diluted to 10-4, plated on tryptic soy agar (TSA) and chocolate agar (CA) for total bacterial counting and morphological identification by Gram, in aerobiosis and facultative anaerobiosis conditions, respectively. In the total bacterial counting results ranged between 10³ to 10(4) cfu.mL-1. The morphological types found were cocci, yeasts and Gram negative and positive rods. Additional studies about patterns of microbial colonization and the morphology of the adhered microorganisms to the intestinal mucosa were possible using the scanning electron microscopy (SEM) and several forms of microorganisms, such as yeasts, cocci and bacillary shapes flagellated and non-flagellated were found. The intestinal microbiota of P. lineatus and P. anisitsi was diverse and populous, with a predominance of Gram negative microorganisms.