Onze amostras de sistema nervoso central de cães coletados entre 2000 e 2004 foram positivas pela RT-PCR, a qual amplificou um fragmento de 480pb do gene N do vírus da cinomose canina (VCC). A análise filogenética baseada na seqüência parcial do gene N mostrou quatro principais agrupamentos genéticos. Todas as amostras de cães segregaram no agrupamento I, com identidade média de nucleotídeos de 95,8% e 95,6% com as amostras vacinais Onderstepoort e Lederle, respectivamente. O agrupamento II agregou todas as amostras relacionadas aos guaxinins. O agrupamento III agregou amostras orientais e o agrupamento IV agregou as amostras vacinais Onderstepoort e Lederle, com identidade média de nucleotídeos de 99,7% entre elas. Este é o primeiro relato de análise filogenética de amostras de VCC no Brasil.

Eleven central-nervous-system samples collected from stray dogs between 2000 and 2004 were found positive by RT-PCR, which amplified a 480bp fragment of the N gene of canine distemper virus (CDV). Phylogenetic analysis based on partial N-gene sequences showed four major clusters. All dog strains segregated into cluster I, with a mean nucleotide identity of 95.8% and 95.6% with the Onderstepoort and Lederle vaccine strains, respectively. Cluster II contained all the raccoon-related strains, cluster III Orient strains and Cluster IV the Onderstepoort and Lederle vaccine strains, with a mean nucleotide identity of 99.7% between them. This is the first report of phylogenetic analysis of CDV strains in Brazil.