Abstract By the end of 2021, the Omicron variant of SARS-CoV-2, the coronavirus responsible for COVID-19, emerges, causing immediate concern, due to the explosive increase in cases in South Africa and a large number of mutations. This study describes the characteristic mutations of the Omicron variant in the Spike protein, and the behavior of the successive epidemic waves associated to the sub-lineages throughout the world. The mutations in the Spike protein described are related to the virus ability to evade the protection elicited by current vaccines, as well as with possible reduced susceptibility to host proteases for priming of the fusion process, and how this might be related to changes in tropism, a replication enhanced in nasal epithelial cells, and reduced in pulmonary tissue; traits probably associated with the apparent reduced severity of Omicron compared to other variants.

Resumen A finales de 2021 surge la variante Omicron del SARS-CoV-2, el coronavirus responsable de la COVID-19, causando preocupación inmediata, debido al aumento explosivo de casos en Suráfrica, y a su gran cantidad de mutaciones. Este estudio describe las mutaciones características de la variante Ómicron en la proteína de la Espiga (S) y el comportamiento de las sucesivas olas epidémicas asociadas a la circulación de sus sub-linajes en todo el mundo. Las mutaciones en la proteína S descritas están relacionadas con su capacidad para evadir la protección provocada por las vacunas actuales, así como su posible susceptibilidad reducida a las proteasas del hospedero para la preparación del proceso de fusión. Se infiere cómo esto podría estar relacionado con su cambio en el tropismo, con una replicación mayor en las células epiteliales nasales y menor en el tejido pulmonar, rasgos probablemente asociados a su aparente menor gravedad en comparación con otras variantes.

Abstract By the end of 2021, the Omicron variant of concern (VOC) emerges in South Africa. This variant caused immediate concern, due to the explosive increase in cases associated with it and the large number of mutations it exhibits. In this study, the restriction sites that allow detecting the mutations K417N and N440K in the Spike gene are described. This analysis allows us to propose a rapid method for the identification of cases infected with the Omicron variant. We show that the proposed methodology can contribute to provide more information on the prevalence and rapid detection of cases of this new VOC.

Resumen Para finales de 2021 surge la variante de preocupación (VOC por sus siglas en inglés) Ómicron en Sudáfrica. Esta variante causó de forma inmediata preocupación, debido al aumento explosivo de casos asociados a ella y al gran número de mutaciones que exhibe. En este estudio, se describen los sitios de restricción que permiten detectar dos de estas mutaciones en el gen de la espiga, las mutaciones K417N y N440K. Este análisis permite proponer un método rápido para la identificación de casos infectados con la variante Ómicron. Mostramos que la metodología propuesta puede contribuir a proporcionar más información sobre la prevalencia y a detectar rápidamente los casos de esta nueva VOC.

Mundialmente, alrededor del 50% del cáncer de hígado se origina como consecuencia de la infección a largo plazo con el virus de la hepatitis B (VHB), y algunos genotipos y mutaciones han sido asociados con severidad incrementada de la infección. El objetivo de este estudio fue evaluar la diversidad genética del VHB en pacientes de Venezuela con infección crónica, cirrosis y carcinoma hepatocelular (CHC) y comparar la ocurrencia de mutaciones en los tres grupos de pacientes. Se reunieron muestras de pacientes con diferentes patologías de la enfermedad del hígado asociada a la infección por VHB. La región S del VHB fue analizada para la determinación del genotipo y cuando estuvo disponible, la secuencia del genoma completo fue examinada para análisis de mutaciones. El genotipo F de VHB fue el más frecuente (87%). Mientras que el F3 fue el subgenotipo más encontrado en el grupo completo de muestras (44%), el F2 fue predominante en pacientes con CHC (56%). Las mutaciones fueron más comunes en casos de pacientes con cirrosis y CHC (p=0,01). La mutación A1762T estuvo asociada significativamente con estado avanzado de la enfermedad del hígado (p=0,008). Adicionalmente, las mutaciones fueron más comunes en estados tempranos de la enfermedad del hígado en pacientes infectados con el subgenotipo F2, encontrándose una asociación significativa entre este subgenotipo y la ocurrencia de las mutaciones T1753C, A1762T, A1762T/ G1764A (p=0,04) y C1773T (p=0,001) en pacientes crónicos, en comparación con el subgenotipo F3. Por otro lado, al comparar F2 con los demás subgenotipos de VHB, se encontró una asociación positiva para las tres mutantes del promotor basal de la cápside (PBC) (A1762T, A1762T/G1764A p=0,01, G1764A p=0,04). Estos resultados sugieren que el subgenotipo F2 de VHB puede estar asociado a formas más severas de la enfermedad del hígado en comparación al subgenotipo F3.

Globally, about 50% of liver cancer originates as a result of long term infection with hepatitis B virus (HBV), and some genotypes and mutations have been associated with an increased severity of infection. The aim of this study was to evaluate the genetic diversity of HBV in patients from Venezuela, with chronic infection, cirrhosis and hepatocellular carcinoma (HCC) and to compare the occurrence of mutations in all patient groups. Samples from patients with different pathologies of the liver, associated with HBV infection, were collected. The HBV S region was analyzed for genotype determination and, when available, the whole genome sequence was examined for mutations analysis. Genotype F was the most common genotype (87%). While the HBV subgenotype F3 was the most frequent genotype in the whole group of samples (44%), the subgenotype F2 predominated in HCC patients (56%). Mutations were more common in HCC and cirrhosis cases (p=0.01). The A1762T mutation was significantly associated with the advanced stage of liver disease (p=0.008). Additionally, mutations were more common in early stages of liver disease in HBV subgenotype F2- infected patients, and a significant association between this subgenotype and the emergence of T1753C, A1762T, A1762T/G1764A (p=0.04) and C1773T (p=0.001) mutations in chronic patients was found, when compared to the HBV subgenotype F3. By comparing F2 with all other HBV subgenotypes, a positive association for the three basal core promoter (BCP) mutants (A1762T, A1762T/G1764A p=0.01, G1764A p=0.04) was found. These results suggest that the HBV subgenotype F2 might be associated to more severe forms of liver disease in comparison with the HBV subgenotype F3.

Un 3% de la población mundial está infectado por el virus de la hepatitis C (VHC). Un 70-80% de los individuos infectados desarrollan una infección crónica. No se dispone de una vacuna contra la hepatitis C y aproximadamente 50% de los pacientes infectados no responden a la terapia estándar basada en la combinación de interferón-alfa (IFN-α) y ribavirina. Recientemente se han hecho disponibles drogas antivirales de acción directa contra el VHC, que representan una mejora significativa en el éxito terapéutico. En el 2014, la agencia reguladora de drogas y alimentos de Estados Unidos (de sus siglas en inglés FDA), aprobó el uso de ledipasvir más sofosbuvir para el tratamiento crónico de la infección, siendo el primer régimen aprobado que no requiere la administración de IFN-α ó ribavirina. Estos avances hacen esperar la erradicación de esta enfermedad, si no fuera por los altos costos asociados al tratamiento. Una alternativa emergente es la terapia enfocada a la inhibición de blancos celulares que intervienen en la infección por el VHC. Esta terapia podría aumentar tanto el número de opciones para la terapia como la barrera genética para la selección de variantes virales resistentes. El tratamiento de la hepatitis C podría llevar al uso de la terapia enfocada en blancos celulares en combinación con la terapia tradicional, esperando un posible efecto sinérgico.

Around 3% of the human population is infected with hepatitis C virus (HCV) and 70-80% of these individuals develop a chronic infection. There is no vaccine available against HCV and up to 50% of the infected patients do not respond to standard therapy, based on the combination of interferon-alpha (IFN-α) and ribavirin. Recently, direct acting antiviral drugs against HCV have been made available for treatment, leading to a significant improvement in therapeutic success. In 2014, the U.S. Food and Drug Administration approved ledipasvir plus sofosbuvir to treat the chronic infection, the first IFN- and ribavirin-free approved treatment. With such treatment, the eradication of the disease would be feasible, although drug costs are high. Host target therapy represents an emerging alternative, based on the understanding of host factors involved in the HCV infection. This therapy might show at least two theoretical benefits, increasing the number of options for therapy and raising the genetic barrier for selection of resistant variants. New treatment regimens may consist of classical therapy combined with host target-based therapy, hopefully in a synergistic manner.

The human immunodeficiency virus (HIV) infection is one of the most important problems in public health. It is estimated that 3 3 million people are infected around the world. HIV and GBV-C share the same transmission route, being frequent the co-infection. Since both viruses replicate in CD4+ lymphocytes, recent studies have described an interaction. Decreasing of HIV viral load and higher CD4 counts have been observed in co-infected patients, leading a better clinical outcome. Nevertheless, some epidemiological studies have shown contradictory results. Additionally, in vitro models report inhibition of HIV by E1, E2, NS3 and NS5A GBV-C proteins, resulting in a decreasing of p24 antigen. This review summarizes the principal findings about co-infection and mechanisms that have been proposed for HIV-1 inhibition.

La infección por el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) continúa siendo uno de los principales problemas en salud pública; se estima que existen actualmente más de 33 millones de personas infectadas en el mundo. El VIH y el virus GB tipo C (GBV-C) comparten la misma vía de transmisión, por lo que es frecuente encontrar individuos co-infectados. Estudios recientes han descrito un efecto inhibitorio asociado a disminución en la carga viral de VIH, altos recuentos de CD4 y mayor tiempo de sobrevida en pacientes co-infectados, resultando en un mejor pronóstico y menor progreso a SIDA; adicionalmente, estudios in vitro indican que las proteínas virales E1, E2, NS3 y NS5A del GBV-C estarían implicadas en la inhibición del VIH-1. En el presente artículo se revisan los principales aspectos de la co-infección, y se describen los mecanismos propuestos para la inhibición de la replicación del VIH-1 mediada por las proteínas virales del GBV-C.

Alrededor de 3 millones de personas están infectadas con el virus de inmunodeficiencia humana (VIH) en las Américas y unas 110000 en Venezuela, donde la distribución de subtipos es bastante homogénea, representada principalmente por el subtipo B y una escasa representación de subtipos no B y/o formas recombinantes. El predominio del subtipo B en las Américas quizá se deba al efecto fundador de esta variante viral en los años 1960-1970, siendo Haití uno de los países donde pudo haberse iniciado la epidemia para luego diseminarse hacia otros países. El incremento en la frecuencia de subtipos no B en las Américas ha sido asociado a varios comportamientos de riesgo: el uso de drogas endovenosas, el comercio sexual y movilizaciones sanitarias o militares. En países como Cuba, Brasil y en países del Cono Sur la presencia de subtipos no B y de formas recombinantes es mayor que en el resto de la región. Esta situación pudiera ser el espejo de lo que encontremos en todo el continente americano en décadas futuras.

Around 3 million people are thought to be infected with human immunodeficiency virus (HIV) in the Americas, and around 110000 in Venezuela, where HIV subtype distribution is quite homogenous, with mainly subtype B and few cases of non B subtypes or recombinant forms. The high frequency of subtype B in the Americas is probably due to a founder effect of this viral variant around 1960-1970. The epidemic might have started in Haiti and then was disseminated to other countries. The increase in frequency of non B subtypes in the Americas has been associated to several risk factors: intravenous drug abuse, commercial sex and sanitary and military movilizations. In countries like Cuba, Brasil and countries from the Southern Cone, the presence of non B subtype and recombinant forms is more frequent than in the rest of the region. This situation might mirror what we will find in all the Americas in the next decades.

É estimado em mais de 3 milhões de pessoas infectadas com o vírus da imunodeficiência humana tipo 1 (HIV-1) nas Américas e cerca de 110000 na Venezuela, onde a distribuição dos subtipos é bastante homogênea, representada principalmente pelo subtipo B e uma baixa representação de subtipos não-B e / ou formas recombinates. O predomínio do subtipo B nas Américas pode ser devido ao efeito fundador desta variante viral nos anos 1960-1970, sendo o Haiti um dos países onde a epidemia pode ter começado, disseminando-se para outros países. O aumento na freqüência de subtipos não-B nas Américas tem sido associada a vários comportamentos de risco: uso de drogas endovenosas, comércio sexual e sanitário e mobilizações militares. Em países como Cuba, Brasil e países do Cone Sul, a presença de subtipos não B e formas recombinates é maior do que nas demais regiões. Esta situação poderá ser o espelho do que encontraremos em todo o continente americano nas futuras décadas.

The levels of complement C3 and C4 components were determined in non-indigenous (creoles) and indigenous (Warao) populations, the latter with an extremely high tuberculosis (TB) rate. Serum samples from 209 adults were studied and classified in 4 groups taking into account tuberculin skin tests (TST): (1) the group of Warao patients (58 positive for the TST, WP TST+ and 9 negative for the TST, WP TST-), (2) the group of creole patients (34 positive for the TST, CP TST+ and 9 negative for the TST, CP TST-), (3) the group of healthy Warao controls (38 positive and 14 negative for TST, WC TST+ and WC TST-, respectively), (4) the creole controls (26 positive and 21 negative for the TST, CC TST+ and CC TST-, respectively). With respect to the results concerning the measurement of both complement C3 and C4 components with the exception of the WC TST and the CC groups, the WP TST+ and WP TST- as well as WC TST+ groups showed a significant frequency of individuals with decreased levels of complement C3 component (20.6, 33.3, and 26.3%, respectively) and also C4 component (12.0, 11.1, and 13.3%, respectively) in comparison to both creole patients (CP TST+, 8.82% and CP TST-, 0% and CP TST+, 5.88% and CP TST-, 0%) for C3 and C4, respectively. The study of these parameters carried out in 15 Warao subjects with active infection, before and after anti-TB chemotherapy,statisticallyconfirmedthat the effective chemotherapy did not restore normal levels of the complement C3 and C4 components among Warao patients. Aditional tests for hepatitis B or hepatitis C infection, and the profile of the hepatic proteins were not associated to the deficiency in production of the complement components.In conclusion, the results show that within the Warao population, a high percentage of subjects exhibit decreased levels of both complement C3 and C4 components independent of latent or active infection and the status of TST.

Resumen. En una población de niños Warao menores de 15 años con una tasa de prevalencia de tuberculosis (TBC) de 3190/100.000 se planteó como objetivo, estudiar ciertos parámetros de la respuesta inmunitaria en una población de 107 niños, de éstos, 32 presentaban TBC (27 PPD positivos y 5 PPD negativos) y 75 eran controles sin clínica de TBC (45 PPD positivos y 30 PPD negativos). Se evaluaron la inmunidad humoral, celular y algunos aspectos de la inmunidad innata. Entre los niños pacientes y controles, no se encontraron diferencias significativas en los componentes C3 y C4 del complemento. En cuanto a la inmunidad humoral, el grupo de pacientes presentó un alto porcentaje de niños con niveles totales de IgA e IgG elevados (13,8% y 79,3%, respectivamente) en comparación con los niños controles (0% y 69,2%). En el grupo control, un alto porcentaje de niños presentaron niveles totales de IgM e IgAs elevados (69,2% y 56,16%, respectivamente) en comparación con los pacientes (48,3% y 31,25%). El 100% de los niños presentó altos niveles séricos de IgE. Los estudios de la respuesta celular retardada mostraron que los niños de mayor edad presentaron las mayores medidas de induraciones. Los niños menores de 7 años presentaron similar reactividad positiva al PPD independientemente de la presencia o no de cicatriz de BCG. Un alto porcentaje de niños sin y con cicatriz (46,8% y 27,6% respectivamente) presentaron medidas de induraciones a la tuberculina de 0 mm. La reactividad a Candida mostró un 80% de niños con estados de anergia no específica. Sin embargo, el mayor porcentaje de niños con TBC estaba vacunado y presentaba positividad a la prueba de tuberculina. En conclusión, en los niños Warao se observó un aumento en los niveles de los componentes C3 y C4 del complemento y una hipergammaglobulinemia. Los resultados de los isotipos mostraron que, la disminución de IgAs podría ser un marcador de enfermedad activa, mientras que el aumento de IgM un marcador de infección reciente. La policlonalidad fue independiente de la reactividad al PPD.

Abstract. The present study was carried out in a Warao childhood population with extremely high tuberculosis (TB) rate of 3190/100,000 in 0-15 years old children. One hundred seven serum and saliva samples were tested, 32 from patients with active TB (27 positive and 5 negative for the tuberculin skin test, TST) and 75 apparently healthy contact children (45 positive and 30 negative for the TST). The innate, immunoglobulin and cellular responses were studied. The results showed that both, patients and controls, had a high percentage of children with increased levels of complement C3 and C4 components. A high percentage of children with increased total serum IgA and IgG (13.8% and 79.3% respectively) was observed in children with TB in comparison to control children (0% and 69.2%). A high percentage of control children had increased levels of IgM and sIgA (69.2% and 56.16%, respectively) in comparison to patients (48.3% and 31.25%). Both groups showed children with increased levels of IgE. The results concerning to the cellular immune response to PPD and the BCG vaccination status showed that there was a correlation between an increase in PPD reactivity and age. The PPD reactivity in children less than 7 years old was similar and also independent of the BCG vaccination status. A significant number of children without or with scars (46.8% and 27.6%, respectively) showed induration values of 0 mm to tuberculin skin test. The Candida reactivity showed a high percentage of children (80%) with anergy status. In conclusion, an increase in the levels of complement components C3 and C4 and hypergammaglobulinemia was observed in Warao children, and these results were independent from PPD reactivity and BCG vaccination. The isotype results showed that the decrease in sIgA could be and active disease marker, while the increase in IgM levels could represent a marker of recent disease.