RESUMO Os marsupiais estão envolvidos no ciclo de vida de vários patógenos de interesse médico e veterinário. O objetivo deste estudo foi relatar a ocorrência de parasitos gastrointestinais em marsupiais capturados em fragmentos da Mata Atlântica, estado de Sergipe, nordeste do Brasil. De junho de 2017 a janeiro de 2018, marsupiais foram capturados usando-se armadilhas, e foram obtidas amostras fecais frescas após defecação espontânea. Os animais foram identificados morfometricamente e as fezes analisadas pela técnica FLOTAC. Foram capturados 88 animais, sendo 37 Marmosops incanus, 30 Marmosa demerarae, 20 Didelphis albiventris e 01 Marmosa murina. A espécie mais parasitada foi D. albiventris (45,95%) seguida de M. incanus (43,24%) e M. demerarae (23,3%). No geral, ovos de helmintos foram detectados em 47,72% (42/88) das amostras, enquanto oocistos de protozoários em 32,95% (29/88). Ovos de Ancylostoma sp. predominaram sobre outros parasitos. Este estudo aponta para a ocorrência de parasitos gastrointestinais e contribui para um melhor entendimento do parasitismo em marsupiais que vivem em fragmentos florestais da Mata Atlântica.