A composição e ocorrência dos rotíferos foi investigada during dois períodos hidrológicos distintos em dois ambientes (rio e lagoa). As coletas foram realizadas diariamente (14 dias) à superfície na região pelágica de cada ambiente. A similaridade faunística entre os ambientes foi avaliada através do índice de Jaccard. Foram identificados 143 táxons. O maior número de táxons foi registrado no rio. A similaridade faunística entre os ambientes foi maior no período de águas altas. Os táxons planctônicos predominaram, sendo que a diferença para os não planctônicos não foi expressiva. No rio, destacaram-se esses últimos táxons, enquanto que na lagoa prevaleceram tanto os táxons planctônicos como os não planctônicos. Verificou-se que ocorreu um maior número de táxons de menor tamanho (> 200µm a 600µm) nos dois ambientes. Esse fato está relacionado com a pequena profundidade dos ambientes e a velocidade de corrente no rio, o que permite o deslocamento dos táxons bentônicos e perifíticos do fundo e da região litorânea para a coluna de água.
