Serological and Molecular Detection of Latent Viruses in the Apple Germplasm Bank of Santa Catarina

Conflicts of Interest:

The authors declare no conflict of interest. The funders had no role in the design of the study; in the collection, analyses, or interpretation of data; in the writing of the manuscript, or in the decision to publish the results.

Primer name	Sequence (5' - 3')	Position in genome	Fragment size	Annealing temperature
ASGV 6396 r	CTG CAA GAC CGC GAC CAA GTT T	6373 - 6396	524 bp⁹	60 °C
ASGV 5873 f	CCC GTC GTT GGA TTT GAT ACA CCT C	5873 - 5898	524 bp⁹	60 °C
ASGV 6396 r	CTG CAA GAC CGC GAC CAA GTT T	6373 - 6396	755 bp¹⁰	54 °C
ASGV 5641 f	ATG AGT TTG GAA GAC GTG CTT C	5641 - 5663	755 bp¹⁰	54 °C
ACLSV 7233 r	CAG ACC CTT ATT GAA GTC GAA	7213 - 7233	358 bp¹¹	54 °C
ACLSV 6875 f	GGC AAC CCT GGA ACA GA	6875 - 6891	358 bp¹¹	54 °C
ACLSV 7365 r	CTA AAT GCA AAG ATC AGT CGA C	7343 - 7365	581 bp²	55 °C
ACLSV 6784 f	ATG GCA GCA GTT CTG AAT TTG	6784 - 6805	581 bp²	55 °C
ASPV 3770 r	GTC AGG TCA AAG ATG CTG AAA	3750 - 3770	291 bp¹²	50 °C
ASPV 3480 f	AGC GGT TGC CTA TTT TTG CTC C	3480 - 3501	291 bp¹²	50 °C
ASPV 9262 r	ATA GCC GCC CCG GTT AGG TT	3750 - 3770	269 bp¹²	52 °C
ASPV 8993 f	CTC TTG AAC CAG CTG ATG GC	3480 - 3501	269 bp¹²	52 °C

Accession (Origin)	ASGV		ASPV		ACLSV
Accession (Origin)	2015	2016	2015	2016	2015	2016
21-361-75 (Argentina)	0,556 (+)	0,349 (+)	0,286 (-)	0,765 (+)	0,558 (+)	0,241 (-)
21-373-58 (Argentina)	0,951 (+)	0,457 (+)	0,348 (-)	0,521 (+)	0,387 (+)	0,335 (-)
21-555-13 (Argentina)	0,489 (+)	0,402 (+)	0,695 (+)	0,312 (-)	0,579 (+)	0,854 (+)
21-300-13 (Argentina)	0,576 (+)	0,421 (+)	0,795 (+)	0,688 (+)	0,309 (-)	0,347 (-)
21-300-21(Argentina)	1,616 (+)	0,627 (+)	0,620 (+)	0,496 (+)	0,976 (+)	3,062 (+)
21-379-64 (Argentina)	0,809 (+)	0,912 (+)	0,493 (-)	0,550 (+)	0,447 (+)	2,840 (+)
21-502-1 (Argentina)	1,156 (+)	0,746 (+)	0,915 (+)	0,634 (+)	1,219 (+)	1,984 (+)
Akane (Japan)	0,975 (+)	0,460 (+)	0,498 (-)	0,765 (+)	0,836 (+)	0,248 (-)
Baronesa (Brazil/Epagri)	0,203 (-)	0,181 (-)	0,300 (-)	0,742 (+)	0,295 (-)	0,192 (-)
Catarina (Brazil/Epagri)	1,361 (+)	0,405 (+)	0,204 (-)	0,817 (+)	0,310 (-)	0,207 (-)
Co-op 8 (U.S)	0,195 (-)	0,190 (-)	0,282 (-)	0,702 (+)	0,308 (-)	0,203 (-)
Co-op 14 (U.S)	0,839 (+)	0,320 (-)	0,555 (+)	0,778 (+)	0,667 (+)	0,252 (-)
Co-op 16 (U.S)	0,192 (-)	0,215 (-)	0,341 (-)	0,250 (-)	0,630 (+)	0,828 (+)
Co-op 24 (U.S)	1,860 (+)	0,413 (+)	0,387 (-)	0,832 (+)	0,832 (+)	0,217 (-)
D1R102T116 (U.S)	1,412 (+)	1,854 (+)	0,369 (-)	0,448 (-)	0,706 (+)	9,999 (+)
D1R103T245 (U.S)	1,185 (+)	0,595 (+)	0,239 (-)	0,764 (+)	0,526 (+)	1,419 (+)
Florina (France)	1,606 (+)	0,428 (+)	0,547 (+)	0,445 (-)	1,448 (+)	1,859 (+)
Fred Hough (Brazil/Epagri)	1,302 (+)	0,582 (+)	0,269 (-)	0,880 (+)	0,457 (+)	0,424 (+)
Imperatriz (Brazil/Epagri)	0,860 (+)	0,243 (-)	0,261 (-)	1,372 (+)	0,441 (+)	0,199 (-)
Liberty (U.S)	0,885 (+)	0,402 (+)	0,323 (-)	0,467 (+)	0,777 (+)	1,421 (+)
Mac Free (U.S)	0,694 (+)	0,366 (+)	0,470 (-)	0,856 (+)	0,647 (+)	0,225 (-)
Malus floribunda (Japan)	0,449 (+)	0,206 (-)	0,570 (+)	0,453 (-)	0,542 (+)	0,267 (-)
Nova Easygro (Canada)	0,756 (+)	0,321 (-)	1,153 (+)	0,991 (+)	0,803 (+)	0,467 (+)
Priam (U.S)	0,189 (-)	0,196 (-)	0,244 (-)	0,459 (+)	0,513 (+)	9,999 (+)
Priscilla (U.S)	0,182 (-)	0,171 (-)	0,321 (-)	0,828 (+)	0,849 (+)	0,509 (+)
Red Free (U.S)	0,786 (+)	0,311 (-)	0,457 (-)	0,711 (+)	0,755 (+)	0,533 (+)
Sansa (Japan)	1,865 (+)	0,363 (+)	0,281 (-)	0,959 (+)	0,789 (+)	0,366 (-)
Monalisa (Brazil/Epagri) Negative Control (Bioreba^®)	0,457 (+) 0,183	0,492 (+) 0,168	0,773 (+) 0,273	1,166 (+) 0,229	0,585 (+) 0,169	0,796 (+) 0,206

Accession	2015	2016	2016	2015	2016	2016	2015	2016	2016	2016
	ASGV	ASGV	ASGV	ASPV	ASPV	ASPV	ACLSV	ACLSV	ACLSV	ACLSV
	755 bp	755 bp	524 bp	269 bp	269 bp	291 bp	358 bp	358 bp	581 bp	581 bp
	IC*	RT-PCR	RT-PCR	IC	RT-PCR	RT-PCR	IC	IC	RT-PCR	RT-PCR
21-361-75	_**	+	+	+	+	_	+	+	_	+
21-373-58	+***	+	+	+	+	+	+	+	_	_
21-555-13	+	+	+	+	+	+	+	+	_	+
21-300-13	+	+	+	+	+	+	_	_	+	+
21-300-21	+	+	+	+	+	+	_	_	+	_
21-379-64	+	+	+	+	+	+	+	+	_	+
21-503-1	+	+	+	+	+	+	+	+	_	_
Akane	+	+	+	+	+	_	_	+	+	_
Baronesa	_	_	_	+	+	+	+	_	+	_
Catarina	_	+	+	+	+	+	_	_	+	_
Coop 8	+	+	_	+	+	+	_	_	_	_
Coop 14	+	+	+	+	+	+	+	+	_	_
Coop 16	+	+	_	+	+	+	_	_	+	+
Coop 24	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+
D1R102T116	+	+	+	+	+	+	+	+	+	_
D1R103T245	+	+	+	+	+	+	_	+	+	_
Florina	+	+	+	+	+	_	+	+	_	_
Fred Hough	+	+	+	+	+	+	_	_	+	_
Imperatriz	+	+	+	+	+	+	_	_	+	_
Liberty	+	+	+	+	+	+	+	+	_	_
Mac Free	+	+	+	+	+	+	_	_	+	_
Malus floribunda	+	+	+	+	+	_	_	+	_	+
Nova Easygro	+	+	+	+	+	+	+	+	+	_
Priam	_	_	+	+	+	_	+	+	+	_
Priscilla	_	_	_	+	+	+	+	_	+	+
Red Free	+	+	+	+	+	_	_	+	+	+
Sansa	+	+	+	+	+	_	_	_	+	_
Monalisa	+	+	+	+	+	_	+	_	+	_

[1] *Correspondence: ersouto@uem.br; Tel.: +55-44-3011-3892 (E.R.S)

Brasil

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Serological and Molecular Detection of Latent Viruses in the Apple Germplasm Bank of Santa Catarina

Abstract