A ordem Phyllachorales foi avaliada do ponto de vista molecular visando esclarecer a sua relação filogenética com outras ordens. Um fragmento do gene 18S rRNA de diversos representantes dos Phyllachorales, incluindo espécies de Glomerella, Phyllachora, Coccodiella (=Coccostroma), Sphaerodothis, Ophiodothella, como também Magnaporthe foi sequenciado. Análise de parsimônia máxima revelou que a ordem Phyllacholares é polifilética. Nenhum dos outros representantes dos Phyllachorales, que produzem um clipeu ou estroma, se agruparam com Glomerella. Dos taxa estudados, Coccodiella é o mais próximo de Phyllachora. Esses dois gêneros formam um grupo irmão dos Sordariales, que juntos são um grupo irmão dos Diaporthales. Sphaerodothis e Ophiodothella se agruparam dentro dos Hypocreales/Clavicipitales e Xylariales, respectivamente. Magnaporthe é o mais próximo de Diaporthales. Nossos dados de 18S rDNA fortemente suportam Glomerella ser acomodado em uma família distinta.
