Este estudo avaliou o efeito de métodos de desinfecção [desinfecção química (imersão em solução clorada 100 ppm) ou desinfecção por microondas (690 W por 6 min)] na adaptação interna de bases de próteses totais e na rugosidade superficial da resina. Para o teste de adaptação, 18 bases superiores foram duplicadas a partir de um modelo-mestre metálico e submetidas aos seguintes tratamentos: 1) controle (sem desinfecção), 2) desinfecção química ou 3) desinfecção por microondas. Os procedimentos de desinfecção foram realizados duas vezes (T1, T2) com intervalo de 7 dias. A adaptação interna foi medida no baseline (T0), após T1 e T2 por pesagem de um filme de silicona de adição que reproduzia o espaço entre base de resina e modelo-mestre. Para a rugosidade superficial, 60 espécimes retangulares (5x10x40 mm) receberam polimento mecânico ou químico e foram submetidos aos tratamentos de desinfecção. A rugosidade superficial (Ra) foi registrada após o polimento (T0) e após T1 e T2. Os dados foram analisados por ANOVA GLM para medições repetidas e teste de Bonferroni com nível de significância de 5%. As bases submetidas à desinfecção por microondas tiveram aumento gradual de desadaptação, enquanto que as bases imersas em solução clorada não diferiram do grupo controle. A rugosidade superficial aumentou nos grupos de polimento mecânico e desinfecção por microondas e diminuiu nos grupos de polimento químico.
