Muito tem sido investido para entender a dinâmica do plâncton da Baía de Guanabara (Brasil), estuário tropical com sérios problemas ambientais, mas pouco se sabe sobre o protozooplâncton. Preenchendo esta lacuna, a composição e abundância do protozooplâncton (ciliados, flagelados heterotróficos) foram investigadas em 2000, por meio de amostragens subsuperficiais, quinzenais, em dois locais com qualidade distinta de água (Urca - entrada da baía, águas mais salinas e limpas; Ramos - região mais interna, águas hipereutróficas e menos salinas). A densidade na Urca (10³-10(5) cel.L-1) foi inferior à de Ramos (10(4)-10(5) cel.L-1), com sazonalidade para o nanoplâncton e protozooplâncton mais evidente, menores valores durante o período mais frio (abril a agosto). Pequenos dinoflagelados (20-30 mm) dominaram mais de 50% das amostras. A abundância e composição refletiram o distinto estado trófico na baía (análise fatorial de correspondência: 56%). Ciliados não oligotríqueos (Vorticellidae, Dysteriidae, Didiniidae) e Gymnodiniaceae foram representativos de Ramos na estação quente-úmida (outubro - março), enquanto tintinídeos (Codonellopsidae, Metacyclididae, Tintinnidae, Undellidae) e dinoflagelados (Oxyphysaceae, Ebriidae, Protoperidiniaceae, Noctilucaceae) representativos da Urca, principalmente na estação fria-seca (abril - setembro). Este primeiro estudo descritivo, fundamental para o entendimento das relações na teia alimentar microbiana, revelou o protozooplâncton como bom indicador das condições da qualidade da água da baía.
Protozooplâncton; Ciliados; Flagelados heterotróficos; Ecossistema tropical; Baía de Guanabara