Trinta amostras de sedimento foram coletadas na Baía de Guanabara em agosto, novembro e dezembro de 2005. Foram analisados matéria orgânica, coliformes totais e fecais, bactéria heterotrófica, atividade respiratória bacteriana, atividade de esterase e do sistema transportador de elétrons. A matéria orgânica no sedimento superficial variou entre 4 e 6%. O maior nível de coliformes totais e fecais foi 1.7 x 10(5) MPN/g e 1.1 x 10³ MPN/g, respectivamente. Bactérias heterótrofas mostraram o maior valor na estação 7 (4.1 x 10(6) CFU/g) e o menor na estação 3 (7 x 10(4) CFU/g) (nordeste da Baía de Guanabara). A enzima esterase mostrou atividade em todos os sedimentos das 30 estações. A atividade do sistema transportador de elétrons variou entre 0.047 miL O2/h/g e 0.366 miL O2/h/g em seis estações. A cadeia microbiana bêntica é anaeróbia. Os processos como fermentação, desnitrificação e sulfato redução são responsáveis pelos ciclos biogeoquímicos no sedimento da Baía de Guanabara. O despejo de esgoto não tratado no Canal do Mangue da Baía de Guanabara tem favorecido o aumento da carga orgânica e a manutenção de coliformes totais e fecais no sedimento. Os coliformes fecais são bons indicadores de poluição e contaminação orgânica na coluna de água, mas os coliformes totais também poderão ser um grupo candidato para testes de qualidade de sedimento.
Indicadores microbiológicos; Matéria orgânica; Atividade respiratória bacteriana; Atividade do sistema transportador de elétrons; Atividade de esterase; Baia de Guanabara