Este artigo analisa a instituição da microbiologia e suas conseqüências para a saúde pública brasileira durante o último quarto do século XIX e o começo do atual. O autor examina o trabalho realizado pela Escola Tropicalista Baiana, a trajetória de outra geração de médicos que, no Rio de Janeiro e em São Paulo, investigaram a febre amarela e outras doenças à luz da teoria dos germes, procurando descobrir tanto o seu micróbio específico como imunobiológicos e tratamentos eficazes. O artigo examina também a transição da problemática etiológica para a do meio de transmissão da febre amarela e da malária, correlacionando-as com o amadurecimento do pasteurianismo e da Medicina Tropical. A adoção da teoria de Finlay no Brasil e as campanhas sanitárias bem-sucedidas que Oswaldo Cruz empreendeu no Rio de Janeiro, enquanto a cidade era remodelada de acordo com o molde "haussmaniano", inauguram um nova era em que o Instituto Oswaldo Cruz e outras instituições biomédicas logram desenvolver dinâmicos programas de pesquisa em estreita sintonia com a bacteriologia e medicina tropical européia e norte-americana.
Bacteriologia; Medicina Tropical; Febre Amarela; História da Saúde Pública; Instituto Oswaldo Cruz