A análise citogenética dos dois endemismos de Leuciscus atualmente descritos na Península Ibérica foi efetuada em amostras obtidas ao longo da sua área de distribuição. Apresentaram um valor diplóide de 2n = 50, com exceção de dois exemplares de L. carolitertii, os quais exibiam um cromossomo supranumerário em algumas metáfases. Caracterizaram-se por um padrão cariológico idêntico ao dos restantes táxons do mesmo gênero, igualmente partilhado pelos Leuciscinae europeus: um elevado número de cromossomos metacêntricos e submetacêntricos e um número reduzido de acrocêntricos (três a quatro pares), incluindo-se neste último grupo o maior par do complemento. As NORs localizaram-se tipicamente num par de submetacêntricos de reduzidas dimensões, existindo também evidências de um sistema cromossômico de determinação sexual do tipo ZW/ZZ. Porém, os espécimes do norte, L. carolitertii, aparentaram possuir um cariótipo mais estável em termos estruturais (12M:30S:8A) do que os do sul, pertencentes a L. pyrenaicus (12M:32S:6A). Esta espécie exibiu, nas suas populações mais meridionais que se localizam nas bacias do Mira, Aljezur, Bordeira e Arade, alterações da referida fórmula cromossômica, fato que vem em apoio da recente descoberta de dois taxóns de Leuciscus geneticamente diferenciados no sul da Península Ibérica, sugerindo a fixação de rearranjos cromossômicos estruturais nestas pequenas e isoladas bacias hidrográficas, com grandes variações dos seus regimes hidrológicos produzindo os chamados" efeitos de gargalo".
