Os estudos embriológicos indicam que Eupatorium pauciflorum apresenta diplosporia com desenvolvimento autônomo do endosperma. O saco embrionário é do tipo polygonum e os núcleos polares se fundem antes da antese. A ocorrência de embrionia precoce e desenvolvimento do endosperma em flores fechadas, e a total ausência de grãos de pólen germinados em estigmas expostos, bem como a ausência de tubos polínicos nos óvulos, indicam que agamospermia é obrigatória e o desenvolvimento do embrião e do endosperma é autônomo. O estudo da microsporogênese revelou completa ausência de produção de pólen, em razão da degeneração dos microsporócitos antes do início da meiose, o que resulta em absoluta esterilidade masculina. E. pauciflorum demonstrou ser autotriplóide com um conjunto básico de 10 cromossomos repetidos três vezes. Os estudos embriológicos mostraram que E. intermedium sofre meiose reducional, com formação de tétrades durante a megasporogênese, seguida pelo desenvolvimento monospórico do saco embrionário do tipo polygonum. Os núcleos polares se fundem antes da antese. A oosfera invariavelmente permanece até a antese sem se dividir, impedindo a ocorrência de embrionia precoce. A meiose da microsporogênese resulta na formação regular de 10 bivalentes; os estágios subseqüentes da microsporogênese são normais e a análise da superfície estigmática indica a ocorrência regular de polinização, com grãos de pólen viáveis e funcionais. Estudos de cariótipo revelaram um complemento de 20 cromossomos separados em 10 pares. É possível concluir que E. pauciflorum, como representada pelo material estudado, é apomítica, enquanto E. intermedium é sexuada.
