A doença de Chagas causada pelo Trypanosoma cruzi afeta cerca de oito milhões de pessoas em países em desenvolvimento, sendo classificada como uma doença tropical negligenciada pela Organização Mundial da Saúde. A quimioterapia disponível para esta doença é baseada em dois nitro-heterocíclicos, nifurtimox e benznidazol, ambos com graves efeitos colaterais e eficácia variável, e assim novos medicamentos visando um tratamento mais eficiente são necessários com urgência. Nos últimos 20 anos, temos desenvolvido em colaboração com grupos focados em química medicinal, um programa de quimioterapia experimental da doença de Chagas, investigando a eficácia, seletividade, toxicidade, alvos celulares e mecanismos de ação de diferentes classes de compostos sobre T. cruzi. Neste artigo, apresentamos uma visão geral desses estudos, enfocando protótipos naftoquinoidais e derivados, examinando a sua síntese, a atividade e mecanismo de ação, o que foi realizado e o que precisa ser abordado, avaliando e discutindo possíveis melhorias. Esta mini-revisão discute nosso esforço continuado visando a caracterização biológica e a síntese de compostos naftoquinoidais, auxiliando no desenvolvimento de um novo arsenal de drogas candidatas com eficácia contra o T. cruzi.
