Uma hipótese de relações filogenéticas é proposta para as espécies de Cnesterodon. Uma série de caracteres derivados corrobora o monofiletismo do gênero e dos clados infragenéricos. O gênero Cnesterodon é revisado, com Gulapinnus considerado um sinônimo júnior. Um lectótipo para Poecilia decemmaculata Jenyns é designado. Nove espécies de Cnesterodon são reconhecidas: C. decemmaculatus, C. carnegiei, C. brevirostratus, C. septentrionalis, C. omorgmatos, C. hypselurus, C. raddai, uma nova espécie do rio Ribeira de Iguape, aqui descrita, e uma nova espécie do Rio Grande do Sul, sendo descrita em outro trabalho. Diagnoses e distribuição são apresentadas para cada espécies bem como uma chave para a identificação das espécies.
