Há pouco conhecimento sobre a reprodução do gênero Alphestes. A reprodução do sapé Alphestes afer coletado nos recifes de Pernambuco (Brasil) foi estudada baseada em análises macroscópicas durante o período reprodutivo e análises histológicas das gônadas de março de 2008 a outubro de 2009. Esse estudo mostrou que Alphestes afer é uma espécie hermafrodita diândrica. A mudança de sexo seguiu o modo protogínico em dois caminhos: machos primários transformados de fêmeas imaturas ou machos secundários transformados de fêmeas em repouso, maduras ou esgotados. A distribuição numérica por classe de tamanho indicou que fêmeas de 11-18 cm L T foram imaturas; fêmeas de 16-25 cm L T e machos de 12-22 cm L T foram de vários estádios de desenvolvimento gonadal. Indivíduos identificados como imaturos bissexuais e transicionais (ambos apresentando tecido ovariano e espermático) foram de 16-24 cm L T de comprimento. O tamanho de primeira maturação da fêmea foi 18 cm L T e do macho foi 12 cm L T. Alphestes afer mostrou desova múltipla, com período de desova de agosto a dezembro de 2008 e de agosto a outubro de 2009. A proporção sexual (fêmeas: machos) em 2008 e 2009 foi 0,94:1 durante os meses de desova. Machos foram menores que as fêmeas, alcançando o tamanho máximo de 22 cm L T comparados ao tamanho máximo de 25 cm L T das fêmeas observadas. Machos tiveram o rank de competição espermática alto (3,8) sugerindo intensa competição espermática, o que é uma possível indicação da mudança na estrutura do grupo de acasalamento de desova em pares para desova em grupo. A presença de machos pequenos com alto índice de competição espermática sugere que esta espécie, enquanto retém o padrão protogínico, possui uma estratégia reprodutiva similar aos epinefelídeos gonocoristas.
