En el presente estudio, se midió y se determinó la biodiversidad alfa (α), beta (β) y gamma (Γ) de la comunidad de peces en el Sistema Lagunar Chacmochuch, un Área Natural Protegida (ANP) localizada en la zona norte del Sistema Arrecifal Mesoamericano. El trabajo de campo se realizó en 13 sitios de muestreo durante los ciclos anuales 2004 y 2006, considerando los tres picos climáticos representativos de la región. Para la captura se utilizo un chinchorro de 70 m de largo. La matriz de información utilizada para el análisis se complemento con datos obtenidos a partir de un trabajo realizado durante el periodo 2002. Análisis multivariados fueron utilizados para la generación de resultados. Los resultados de la composición de peces se compararon con los reportados para otros ecosistemas similares de la región. Un total de 68 especies fueron registradas siendo periféricas (especies de alta salinidad y afinidad marina) la mayoría de ellas. Del registro, la mayoría de las especies se determinaron como especies raras, un número menor fueron especies comunes y dominantes. La salinidad, SDT, temperatura, oxigeno disuelto y otras variables fueron medidas para determinar su efecto sobre la comunidad de peces, encontrando cuatro agrupaciones de sitios. Los resultados indican una disminución gradual de las especies hacia el interior del sistema (al alejarse de la costa). La diversidad gamma es alta comparada a otros sistemas costeros de la región; sin embargo la taza de recambio beta es la que determina su alta heterogeneidad. Especies en estadios juveniles y de importancia económica fueron dominantes en el sistema, lo que determinan la zona como un área de crianza.
