As técnicas de amplificação de DNA estão sendo cada vez mais utilizadas em laboratórios clínicos para a confirmação da identificação de bactérias que têm importância médica. Um método de identificação de Burkholderia pseudomallei baseado em PCR tem sido usado em nosso centro há 10 anos e foi utilizado para confirmar a identificação de bactérias isoladas de casos de melioidose no Ceará desde 2003. Este método particular tem sido usado como padrão ouro para métodos menos discriminatórios. Nesse estudo, avaliamos três métodos de identificação de B. pseudomallei baseados em PCR e usamos seqüenciamento de DNA para solucionar discrepâncias entre os resultados baseados em PCR e os métodos de identificação fenotípica. O estabelecido protocolo de PCR semi-nested para a região espacial 16-23s da B. pseudomallei produziu um consistente resultado negativo para um de nossos 100 isolados testados (BCC#99), mas identificou corretamente todos os outros 71 isolados de B. pseudomallei. Uma variação anômala da seqüência foi detectada na região interna do sítio de ligação do primer reverso para este método. Métodos de PCR foram desenvolvidos para a detecção de outros dois genes bacterianos metabólicos de B. pseudomallei. O protocolo de PCR IpxO convencional teve sensibilidade de 0,89 e especificidade de 1,0, enquanto que o PCR em tempo real mostrou-se ainda melhor, com sensibilidade de 1,0 e especificidade de 1,0. Este método identificou todos os isolados de B. pseudomallei, incluindo o isolado discrepante que teve o PCR negativo. O protocolo de PCR phaC detectou o gene de todos os B. pseudomallei e em todos exceto três isolados de B. cepacia, tornando este método de identificação de B. pseudomallei baseado em PCR inadequado. Esta experiência com métodos de identificação de B. pseudomallei baseados em PCR indica que devemos ter precaução quando estes forem utilizados sozinhos para identificação dessa bactéria e que eles necessitam ser interpretados em conjunto com métodos fenotípicos e moleculares alternativos, tais como seqüenciamento genético.
