Os lisotipos e os perfis de resistência a antimicrobianos e plasmidial foram caracterizados em 111 amostras de Salmonella Typhimurium isoladas de fezes e sangue de crianças atendidas nas cidades do Rio de Janeiro e Salvador. A lisotipia evidenciou seis tipos fágicos distintos (19, 41, 97, 105, 120 e 193) com uma predominância do lisotipo 193 (59,7%) na primeira cidade e do fagotipo 105 (38,4) na segunda. Cerca de 86,7% das amostras do lisotipo 193 apresentaram resistência múltipla para mais de seis antimicrobianos, enquanto que 93,3% de 105 foram totalmente sensíveis. Em mais de 90% das amostras, verificou-se a presença de plasmídios, distribuídos em 39 perfis diferentes nas do Rio de Janeiro e 10 nas de Salvador. Predominou o plasmídio de 40 MDa nas amostras do Rio de Janeiro (47%), enquanto o de 61 MDa (14,4%) prevaleceu em Salvador. A associação da análise do perfil plasmidial com a fagotipagem, principalmente naqueles pertencentes aos lisotipos 105 e 193, comprovou ser mais discriminatória que os outros métodos aplicados.