Quarenta isolados de Echinococcus provenientes de ovinos e bovinos do sul do Brasil foram analisados geneticamente com o objetivo de obter dados a respeito das diferentes cepas dentro do gênero Echinococcus granulosus. A diferenciação foi feita empregando-se a técnica de PCR a o seqüenciamento da subunidade 1 da citocromo c oxidase (CO1). A maior parte das amostras (38) pôde ser alocada na cepa ovina (G1) enquanto duas amostras pertenceram ao gênero E. ortleppi, anteriormente conhecido como cepa bovina (G5) do E. granulosus. Devido ao menor período pré-patente em cães deste último gênero ressalta-se a importância do presente registro devido às implicações no delineamento de medidas de controle nesta região endêmica.
