Desde 2000, vem sendo observada a expansão da febre amarela (FA) no Sudeste do Brasil, sendo detectados casos em áreas consideradas silenciosas por décadas. Epizootias em primatas não humanos (NHPs) são considerados eventos sentinela para a detecção de casos humanos. É importante relatar eventos epizoóticos que podem ter impacto sobre o estado de conservação de espécies sensíveis. Descrevemos as epizootias, notificadas em NHPs no estado de São Paulo, Brasil, entre setembro de 2008 a agosto de 2009. Noventa e um eventos epizoóticos, envolvendo 147 animais, foram notificados em 36 municípios. As amostras foram obtidas a partir de 65 animais (44,2%). A maioria das epizootias (46,6%) foram registradas entre março e abril, no mesmo período no qual YF em que casos humanos ocorreram no estado. As amostras biológicas foram coletadas de animais encontrados mortos e enviadas ao Instituto Adolfo Lutz, em São Paulo. Duas amostras, coletadas em dois municípios, sem indicação para a vacinação de febre amarela, foram positivos para o vírus. Outros 48 animais foram associados com FA por vínculo clínico-epidemiológico com casos confirmados laboratorialmente. Devido a doença em humanos e NHPs terem ocorrido no mesmo período, a detecção do vírus em NHPs não funcionou como sentinela, mas ajudou no processo de delimitação de novas áreas de risco.
