Marcadores de RAPD são utilizados para a análise de diferenciação genética de Aedes aegypti, pois permitem o estudo do relacionamento genético entre populações. Este estudo procurou identificar populações em diferentes regiões geográficas do Estado de São Paulo visando entender o padrão de infestação do A. aegypti. O dendrograma construído com os dados combinados dos padrões de RAPD mostrou que os mosquitos foram separados em dois grupos principais. Mosquitos da região oeste do Estado de São Paulo constituíram um grupo e o outro grupo foi composto de mosquitos de uma cepa de laboratório juntamente com mosquitos de uma cidade litorânea onde se localiza o maior porto da América Latina. Estes dados concordam com o relato de infestação do Estado de São Paulo. A proximidade genética foi maior entre mosquitos cuja origem geográfica foi mais próxima, entretanto, mosquitos da cidade litorânea foram geneticamente mais próximos aos mosquitos criados em laboratório que àqueles coletados no Estado de São Paulo. A origem da infestação deste local permanece obscura mas certamente está relacionada a mosquitos de origens diferentes daqueles que infestaram a região oeste e norte do Estado na década de 80.
