Abstract in Portuguese:
RESUMO A criptococose é micose sistêmica potencialmente grave causada por duas espécies do gêneroCryptococcus que acometem tanto homens como animais:Cryptococcus neoformans e C. gattii. São infecções cosmopolitas e emergentes, resultantes da interação do hospedeiro - humano e animalversus meio ambiente. A proposta deste trabalho foi avaliar a ocorrência de C. neoformans em 122 amostras de excretas secas de pombos coletadas em 49 locais na cidade de Cuiabá, Estado do Mato Grosso, Brasil, incluindo: praças públicas (n = 5), igrejas (n = 4), instituições de ensino (n = 3), unidades de saúde (n = 8), áreas abertas exibindo cobertura de amianto (n = 4), conjuntos residenciais domiciliares (n = 23), uma fábrica (n = 1) e um presídio (n = 1). Semeadura de suspensão de amostras em meio ágar niger (NSA), identificação fenotípica por provas bioquímicas e teste em meio de canavanina-glicina-azul de bromotimol, das colônias isoladas com pigmentação marrom escura. Foi também utilizada a técnica da reação em cadeia da polimerase com pares de iniciadores específicos para identificação de C. neoformans. As amostras foram coletadas de julho a dezembro de 2010. Cryptococcus neoformans foi isolado em oito (6,6%) de 122 amostras correspondendo a seis (12,2%) dos 49 sítios analisados.Cryptococcus neoformans associado a excretas de pombos ocorre em áreas de Cuiabá, predominando em residências nas amostras analisadas, constituindo fator de risco potencial para aquisição da doença tanto para indivíduos imunocomprometidos como imunocompetentes.Abstract in English:
SUMMARY Cryptococcosis is a severe systemic mycosis caused by two species of Cryptococcus that affect humans and animals: C. neoformans and C. gattii. Cosmopolitan and emergent, the mycosis results from the interaction between a susceptible host and the environment. The occurrence of C. neoformanswas evaluated in 122 samples of dried pigeon excreta collected in 49 locations in the City of Cuiabá, State of Mato Grosso, Brazil, including public squares (n = 5), churches (n = 4), educational institutions (n = 3), health units (n = 8), open areas covered with asbestos (n = 4), residences (n = 23), factory (n = 1) and a prison (n = 1). Samples collected from July to December of 2010 were seeded on Niger seed agar (NSA). Dark brown colonies were identified by urease test, carbon source assimilation tests and canavanine-glycine-bromothymol blue medium. Polymerase chain reaction primer pairs specific for C. neoformans were also used for identification. Cryptococcus neoformans associated to pigeon excreta was isolated from eight (6.6%) samples corresponding to six (12.2%) locations.Cryptococcus neoformans was isolated from urban areas, predominantly in residences, constituting a risk of acquiring the disease by immunocompromised and immunocompetent individuals.Abstract in Portuguese:
RESUMO Os dermatófitos, fungos queratinofílicos, representam importantes microrganismos da microbiota do solo, onde existem espécies cosmopolitas e outras de distribuição geográfica restrita. Este estudo teve como objetivo ampliar o conhecimento da distribuição de dermatófitos do solo proveniente de áreas urbanas (terrenos baldios, escolas, favelas, praças, praias e residências) e rurais de quatro mesorregiões paraibanas e da influência do pH na adaptação desse grupo de fungos. Amostras de solos urbanos e rurais foram coletadas de 31 cidades do estado da Paraíba, Brasil. De 212 amostras 62% apresentaram crescimento fúngico, destacando-se a Mesorregião da Mata Paraibana (43.5%), a qual apresenta clima tropical, quente e úmido. O pH das amostras de solo variou de 4.65 a 9.06, com crescimento de 71% dos dermatófitos em pH alcalino (7.02 - 9.06) (ρ = 0.000). Das 131 cepas isoladas 57.3% eram espécies geofílicas, destacando-seTrichophyton terrestre (31.3%) eMicrosporum gypseum (21.4%).M. nanum e T. ajelloi foram isolados pela primeira vez no estado da Paraíba. Entre as espécies zoofílicas foram identificadas T. mentagrophytesvar. mentagrophytes (31.3%) e T. verrucosum (7.6%) e como espécie antropofílica foi isolada T. tonsurans. Os solos de terrenos baldios, escolas, favelas e praças de cidades paraibanas são os reservatórios mais adequados dos dermatófitos, cujo crescimento pode ter sido influenciado por fatores ambientais, solos com resíduos de queratina humana e ou animal e pH alcalino.Abstract in English:
SUMMARY The dermatophytes, keratinophilic fungi, represent important microorganisms of the soil microbiota, where there are cosmopolitan species and others with restricted geographic distribution. The aim of this study was to broaden the knowledge about the presence of dermatophytes in soils of urban (empty lots, schools, slums, squares, beaches and homes) and rural areas and about the evolution of their prevalence in soils of varying pH in cities of the four mesoregions of Paraiba State, Brazil. Soil samples were collected from 31 cities of Paraiba State. Of 212 samples, 62% showed fungal growth, particularly those from the Mata Paraibana mesoregion (43.5%), which has a tropical climate, hot and humid. Soil pH varied from 4.65 to 9.06, with 71% of the growth of dermatophytes occurring at alkaline pH (7.02 - 9.06) (ρ = 0.000). Of 131 strains isolated, 57.3% were geophilic species, particularly Trichophyton terrestre(31.3%) and Mycrosporum gypseum(21.4%). M. nanum and T. ajelloi were isolated for the first time in Paraiba State. The zoophilic species identified were T. mentagrophytes var.mentagrophytes (31.3 %) and T. verrucosum (7.6 %), and T. tonsurans was isolated as an anthropophilic species. The soils of urban areas including empty lots, schools, slums and squares of cities in the mesoregions of Paraiba State were found to be the most suitable reservoirs for almost all dermatophytes; their growth may have been influenced by environmental factors, soils with residues of human and/or animal keratin and alkaline pH.Abstract in Portuguese:
RESUMO Introdução: A maioria das infecções fúngicas hospitalares são causadas por Candida spp. e C. albicans é a espécie mais comumente identificada. Métodos moleculares são ferramentas importantes para a avaliação da origem das leveduras isoladas em hospitais. Métodos: Este é um estudo sobre o perfil genético de 39 isolados clínicos nosocomiais de C. albicans através das técnicas de RAPD e microssatélite, foram usados dois diferentes iniciadores para cada técnica. Resultados: RAPD forneceu 10 e 11 diferentes perfis com valores de SAB 0,84 ± 0,126 e 0,88 ± 0,08 para os primers M2 e P4, respectivamente. A análise de microssatélites, usando os marcadores CDC3 e HIS3 permitiu a observação de seis e sete diferentes alelos respectivamente, com poder discriminatório combinado de 0,91. Conclusões: Embora seja clara a variabilidade genética, foi possível identificar alta similaridade, sugerindo origem comum para pelo menos parte deles. É importante enfatizar que foi comprovada origem comum de leveduras isoladas de colonização (urina, cateter ou secreção orotraqueal) e hemocultura do mesmo paciente, indicando que a candidemia deve ter iniciado a partir de um sítio de colonização. A combinação das técnicas RAPD e microssatélites fornece uma análise rápida e eficiente para investigação de similaridade entre isolados nosocomiais de C. albicans.Abstract in English:
SUMMARY Introduction: The majority of nosocomial fungal infections are caused by Candida spp. where C. albicans is the species most commonly identified. Molecular methods are important tools for assessing the origin of the yeasts isolated in hospitals. Methods: This is a study on the genetic profifiles of 39 nosocomial clinical isolates of C. albicans using two typing methods: random amplifified polymorphic DNA (RAPD) and microsatellite, two different primers for each technique were used. Results: RAPD provided 10 and 11 different profiles with values for SAB of 0.84 ± 0.126 and 0.88 ± 0.08 for primers M2 and P4, respectively. Microsatellite using two markers, CDC3 and HIS3, allowed the observation of six and seven different alleles, respectively, with combined discriminatory power of 0.91. Conclusions: Although genetic variability is clear, it was possible to identify high similarity, suggesting a common origin for at least a part of isolates. It is important to emphasize that common origin was proven from yeasts isolated from colonization (urine, catheter or endotracheal secretions) and blood culture from the same patient, indicating that the candidemia must have started from a site of colonization. The combination of RAPD and microsatellite provides a quick and efficient analysis for investigation of similarity among nosocomial isolates of C. albicans.Abstract in Portuguese:
RESUMO Este estudo avaliou a aplicabilidade do kDNA-PCR como método de rotina para diagnóstico de leishmaniose tegumentar americana (ATL) no Instituto de Infectologia Emílio Ribas (IIER), São Paulo, SP, Brasil. O método kDNA-PCR detectou DNA de Leishmania em 87,5% (112/128) dos pacientes com suspeita de ter leishmaniose e, os métodos tradicionais apresentaram as seguintes porcentagens de positividade: 62,8% (49/78) para o teste de Montenegro, 61,8% (47/76) para a pesquisa direta e 19,3% (22/114) para cultura in vitro. O método molecular confirmou a doença em amostras negativas ou inconclusivas pelos métodos laboratoriais tradicionais e, mostrou-se capaz de auxiliar na identificação de infecções causadas pela espécie Leishmania (V.) braziliensis. Além disso, a revisão dos prontuários médicos confirmou a importância do método PCR-RFLP no diagnóstico final de ATL, prognóstico e escolha do tratamento. Assim, recomendamos a inclusão do PCR como método diagnóstico de ATL na rotina hospitalar, e sugerimos um fluxograma para solicitação de exames laboratoriais.Abstract in English:
SUMMARY This study evaluated the applicability of kDNA-PCR as a prospective routine diagnosis method for American tegumentary leishmaniasis (ATL) in patients from the Instituto de Infectologia Emílio Ribas (IIER), a reference center for infectious diseases in São Paulo - SP, Brazil. The kDNA-PCR method detected Leishmania DNA in 87.5% (112/128) of the clinically suspected ATL patients, while the traditional methods demonstrated the following percentages of positivity: 62.8% (49/78) for the Montenegro skin test, 61.8% (47/76) for direct investigation, and 19.3% (22/114) for in vitro culture. The molecular method was able to confirm the disease in samples considered negative or inconclusive by traditional laboratory methods, contributing to the final clinical diagnosis and therapy of ATL in this hospital. Thus, we strongly recommend the inclusion of kDNA-PCR amplification as an alternative diagnostic method for ATL, suggesting a new algorithm routine to be followed to help the diagnosis and treatment of ATL in IIER.Abstract in Portuguese:
RESUMO O propósito deste estudo foi avaliar 6 polimerases de DNA disponíveis comercialmente que são resistentes aos inibidores do PCR para uma amplificação potencial de DNA de amostras de sangue total. O DNA genômico do parasita humano da malária, Plasmodium falciparum, foi analisado sob condições que incluíram os componentes inibidores do sangue extraído de sangue ressacado em papel de filtro. Nossos resultados sugerem que a polimerase KOD FX DNA é superior a outras polimerases.Abstract in English:
SUMMARY The use of a “direct PCR” DNA polymerase enables PCR amplification without any prior DNA purification from blood samples due to the enzyme's resistance to inhibitors present in blood components. Such DNA polymerases are now commercially available. We compared the PCR performance of six direct PCR-type DNA polymerases (KOD FX, Mighty Amp, Hemo KlenTaq, Phusion Blood II, KAPA Blood, and BIOTAQ) in dried blood eluted from a filter paper with TE buffer. GoTaq Flexi was used as a standard DNA polymerase. PCR performance was evaluated by a nested PCR technique for detecting Plasmodium falciparum genomic DNA in the presence of the blood components. Although all six DNA polymerases showed resistance to blood components compared to the standard Taq polymerase, the KOD FX and BIOTAQ DNA polymerases were resistant to inhibitory blood components at concentrations of 40%, and their PCR performance was superior to that of other DNA polymerases. When the reaction mixture contained a mild detergent, only KOD FX DNA polymerase retained the original amount of amplified product. These results indicate that KOD FX DNA polymerase is the most resistant to inhibitory blood components and/or detergents. Thus, KOD FX DNA polymerase could be useful in serological studies to simultaneously detect antibodies and DNA in eluents for antibodies. KOD FX DNA polymerase is thus not limited to use in detecting malaria parasites, but could also be employed to detect other blood-borne pathogens.Abstract in Portuguese:
RESUMO Relatam-se, neste trabalho, a fauna e frequência de flebotomíneos em abrigos de animais domésticos, residências e outros ecótopos em áreas rurais do município de Bandeirantes, Estado do Paraná. Os flebotomíneos foram coletados em oito bairros rurais, com armadilhas de Falcão, duas vezes em cada bairro, das 20 às 6 horas, em 2008. No conjunto dos bairros coletaram-se 4.790 flebotomíneos, representados por dez espécies, com predomínio de Nyssomyia neivai e Nyssomyia whitmani. Os abrigos dos animais domésticos são os ecótopos onde há maior frequência desses insetos. As localidades onde as coletas foram realizadas têm características ambientais que permitem a persistência da transmissão de parasitos da leishmaniose tegumentar americana. Apesar da fauna e do comportamento das espécies de flebotomíneos serem semelhantes nas diversas localidades, o método de controle desses insetos deve ser ajustado às características ambientais de cada uma das mais diversas áreas endêmicas de leishmaniose tegumentar americana, nos municípios do Paraná.Abstract in English:
SUMMARY This study reports the fauna and frequency of sandflies in domestic animal shelters, residences and other ecotopes in rural areas of the municipality of Bandeirantes, Paraná State. Sandflies were collected twice in eight rural villages by using Falcon traps from 8pm to 6am in 2008. In these localities 4,790 sandflies were collected, which were represented by ten sandfly species, prevailing of Nyssomyia neivai and Nyssomyia whitmani species. It was observed that animal shelters are the domestic ecotopes where there is the greatest frequency of these insects. The localities where the collections were made had the environmental characteristics that allow the persistence of transmission of parasites from the American tegumentary leishmaniasis. Although the fauna and the behavior of sandflies species are similar in different localities, the method of controlling these insects should be adjusted to the environmental characteristics of each one of the most diverse endemic areas of American tegumentary leishmaniasis in the municipalities of Paraná State.Abstract in Portuguese:
RESUMO A pesquisa foi feita para investigar a presença de amebas de vida livre (FLA) durante a inundação em Chiang Mai, Tailândia, ano de 2011. A partir de diferentes áreas de inundação sete amostras de água foram coletadas e testadas para a presença de amebas usando métodos moleculares e de cultura. Através da cultura monoxênica, FLA foi detectada em todas as amostras após incubação a 37 °C. As FLA crescendo a 37 °C foram identificadas morfologicamente como Acanthamoeba spp, Naegleria spp e algumas amebas não determinadas. Somente três amostras (42,8%) definidas como FLA termotolerantes continuaram a crescer a 42 °C. Por métodos moleculares duas FLA termotolerantes tiveram 99% de identidade com a Acanthamoeba sp e 98% de identidade com Hartmannella vermiformis enquanto as duas FLA termotolerantes foram identificadas como Echinamoeba exundans (100% de identidade) e Hartmannella sp (99% de identidade). Este primeiro relato da ocorrência de FLA em águas durante inundações informa ao público que ele deve estar atento de FLA potencialmente patogênica.Abstract in English:
SUMMARY The survey was carried out to investigate the presence of potentially pathogenic free-living amoebae (FLA) during flood in Chiang Mai, Thailand in 2011. From different crisis flood areas, seven water samples were collected and tested for the presence of amoebae using culture and molecular methods. By monoxenic culture, FLA were detected from all samples at 37 °C incubation. The FLA growing at 37 °C were morphologically identified as Acanthamoeba spp., Naegleria spp. and some unidentified amoebae. Only three samples (42.8%), defined as thermotolerant FLA, continued to grow at 42 °C. By molecular methods, two non-thermotolerant FlA were shown to have 99% identity to Acanthamoeba sp. and 98% identity to Hartmannella vermiformis while the two thermotolerant FLA were identified as Echinamoeba exundans (100% identity) and Hartmannella sp. (99% identity). This first report of the occurrence of FLA in water during the flood disaster will provide information to the public to be aware of potentially pathogenic FLA.Abstract in Portuguese:
RESUMO S. maltophilia contem um novo gene qnr cromossômico denominado Smqnr que contribui para baixa resistência intrínseca a quinolonas. Descrevemos Smqnr em 13 isolados clínicos de S. maltophilia de dois hospitais brasileiros, ao longo do período de dois anos. Os isolados foram identificados pela API 20 NE (bioMérieux, França). Susceptibilidade pelo método de microdiluição dos seguintes antibióticos trimetroprim/sulfametoxazol, ciprofloxacina, levofloxacina, minociclina, ceftazidima, cloranfenicol e ticarcilina/clavulanato foi realizada segundo o CLSI. Detecção do gene de Smqnr foi realizada por PCR. A sequência de Smqnr foi comparada com aquelas depositadas no GenBank. Foi realizada eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE) de todos os isolados. Treze isolados contendo Smqnr foram sequenciados e identificados três variantes do gene Smqnr. Todos os 13 isolados de Smqnr apresentaram diferentes padrões por PFGE. Este é o primeiro relato de Smqnr em isolados de S. maltophilia no Brasil.Abstract in English:
SUMMARY Stenotrophomonas maltophilia contains a novel chromosomally-encoded qnr gene named Smqnr that contributes to low intrinsic resistance to quinolone. We described Smqnr in 13 clinical isolates of S. maltophilia from two Brazilian hospitals, over a 2-year period. The strains were identified by API 20 NE (bioMérieux, France). Susceptibility by microdilution method to trimetroprim/sulfamethoxazole, ciprofloxacin, levofloxacin, minocycline, ceftazidime, chloramphenicol and ticarcillin/clavulanate was performed according to CLSI. PCR detection of Smqnr gene was carried out. The sequence of Smqnr was compared with those deposited in GenBank. Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) of all strains was performed. Thirteen Smqnr positives isolates were sequenced and three novel variants of Smqnr were identified. All 13 Smqnr isolates had distinguishable patterns by PFGE. This is the first report of Smqnr in S. maltophilia isolated in Brazil.Abstract in Portuguese:
RESUMO A esquistossomose é uma doença negligenciada de importância para a saúde pública em regiões tropicais e subtropicais. Uma alternativa para o controle da doença é o uso de moluscicidas para eliminar ou reduzir a população de caramujo hospedeiro, acarretando uma redução da transmissão da doença nas regiões endemicas. Neste estudo, nove extratos vegetais provenientes de oito espécies de Piperaceae foram expostos a embriões de Biomphalaria glabrata no estágio de blástula. Os extratos foram avaliados em concentrações que variaram entre 100 e 10 mg/L, sendo Piper crassinervium e Piper tuberculatum os extratos mais ativos (100% de mortalidade a 20 mg/L e 30 mg/L respectivamente).Abstract in English:
SUMMARY Schistosomiasis is a neglected disease with public health importance in tropical and subtropical regions. An alternative to the disease control is the use of molluscicides to eliminate or reduce the intermediate host snail population causing a reduction of transmission in endemic regions. In this study nine extracts from eight Piperaceae species were evaluated against Biomphalaria glabrata embryos at blastula stage. The extracts were evaluated in concentrations ranging from 100 to 10 mg/L. Piper crassinervium and Piper tuberculatum extracts were the most active (100% of mortality at 20 mg/L and 30 mg/L respectively).Abstract in Portuguese:
RESUMO Relato de caso de paciente masculino de 45 anos, agricultor, residente na zona da mata do Estado de Pernambuco, diagnosticado com HIV em 1999 e em uso de ARV. Em 2005 foi registrada a primeira ocorrência de LV através do diagnóstico parasitológico a partir do aspirado da medula óssea. À admissão no hospital apresentava-se com febre, hepatoesplenomegalia, perda de peso e diarréia. Desde então houve a ocorrência de mais sete episódios de LV, tendo ocorrido em media, um evento a cada ano (2005-2012 exceto em 2008). O paciente apresentou, em 2011, um quadro cutâneo disseminado, sendo realizada biopsia de pele que evidenciou formas amastigotas de Leishmania no exame histopatológico. Em 2005, o tratamento foi realizado com antimoniato de N-metil-glucamina e anfotericina B desoxicolato, mas desde 2006, devido à toxicidade, o medicamento de escolha foi a anfotericina B lipossomal. Como recomendado pelo Ministério da Saúde, esse relato reforça a necessidade de que os casos de HIV residentes em área endêmica de LV deverão ter inserido em seu protocolo de acompanhamento essa parasitose, principalmente após o primeiro episódio.Abstract in English:
SUMMARY Report of a 45-year-old male farmer, a resident in the forest zone of Pernambuco, who was diagnosed with human immunodeficiency virus (HIV) in 1999 and treated using antiretroviral (ARV) drugs. In 2005, the first episode of visceral leishmaniasis (VL), as assessed by parasitological diagnosis of bone marrow aspirate, was recorded. When admitted to the hospital, the patient presented fever, hepatosplenomegaly, weight loss, and diarrhea. Since then, six additional episodes of VL occurred, with a frequency rate of one per year (2005-2012, except in 2008). In 2011, the patient presented a disseminated skin lesion caused by the amastigotes of Leishmania, as identified by histopathological assessment of skin biopsy samples. In 2005, he was treated with N-methyl-glucamine-antimony and amphotericin B deoxycholate. However, since 2006 because of a reported toxicity, the drug of choice was liposomal amphotericin B. As recommended by the Ministry of Health, this report emphasizes the need for HIV patients living in VL endemic areas to include this parasitosis in their follow-up protocol, particularly after the first infection of VL.Abstract in Portuguese:
RESUMO É importante a pesquisa de novos métodos laboratoriais para o diagnóstico de recidivas em casos de co-infecção leishmaniose visceral (LV) e vírus da imunodeficiência humana (HIV), que permitam o diagnóstico precoce das recidivas, utilizando métodos menos invasivos. Descrevemos aqui, o caso de paciente co-infectada que apresentou recidivas após o tratamento da LV e onde a PCR qualitativa demonstrou bom desempenho. A kDNA PCR parece ser ferramenta útil para o diagnóstico de recidivas de LV após o tratamento em pacientes co-infectados com sintomas clínicos da doença.Abstract in English:
SUMMARY It is important to develop new methods for diagnosing relapses in the co-infection of visceral leishmaniasis (VL) and HIV to enable earlier detection using less invasive methods. We report a case of a co-infected patient who had relapses after VL treatment, where the qualitative kDNA PCR showed a good performance. The kDNA PCR seems to be a useful tool for diagnosing VL and may be a good marker for predicting VL relapses after treatment of co-infected patients with clinical symptoms of the disease.