Scielo RSS <![CDATA[Brazilian Journal of Microbiology]]> http://www.scielo.br/rss.php?pid=1517-838220030004&lang= vol. 34 num. 4 lang. <![CDATA[SciELO Logo]]> http://www.scielo.br/img/en/fbpelogp.gif http://www.scielo.br <![CDATA[<b>The application of PCR in the detection of mycotoxigenic fungi in foods</b>]]> http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822003000400001&lng=&nrm=iso&tlng= It is estimated that 25 to 50% of the crops harvested worldwide are contaminated with mycotoxins. Because of the toxic and carcinogenic potential of mycotoxins, there is an urgent need to develop detection methods that are rapid and highly specific. The highly advanced physico-chemical methods for the analysis of mycotoxins in use, have the disadvantage that highly sophisticated clean-up and/or derivatization procedures must be applied. An alternative could be the detection of the mycotoxigenic moulds themselves, especially as molecular techniques have been introduced recently as powerful tools for detecting and identifying fungi. PCR methods for the detection of aflatoxigenic Aspergilli, patulin-producing Penicillum and trichothecene- as well as fumonisin-producing Fusaria strains have been described. The usefulness of the PCR methods developed so far to monitor quality and safety in the food an feed industry was already demonstrated. Thus, PCR may be applied to the screening of agricultural commodities for the absence of mycotoxin producers prior to or even after processing. Negative results in this assay indicate that a sample should be virtually free of mycotoxins. Only the positive samples left must be analyzed for the presence of mycotoxins using physico-chemical standard methods. This review does not only summarize the so far developed qualitative and quantitative PCR assays for the detection of mycotoxigenic fungi in agricultural commodities, foods and animal feeds, but describes also strategies to develop new specific PCR assays for such a detection. <![CDATA[<b>Evaluation of Petrifilm™ EC and HS for total coliforms and <i>Escherichia coli</i> enumeration in water</b>]]> http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822003000400002&lng=&nrm=iso&tlng= Petrifilm™ EC and HS were compared to the MPN method to determine their efficacy to enumerate total coliforms and E. coli in 145 samples of water (76 water in natura, 69 drinking water). For water in natura, Petrifilm™ HS and EC showed good correlation with MPN method. In chlorinated water (< 20 col/100 mL and negatives) the agreement was low. For E.coli enumeration, Petrifilm™ EC showed a good correlation with MPN method. The results indicated that Petrifilm™ EC and HS are accurate to enumerate coliforms and E. coli in water when the expected counts are higher than 20/100 mL.<hr/>Petrifilm™ EC e HS foram comparados ao método do Número Mais Provável (NMP) para determinar sua eficiência na enumeração de coliformes totais e E. coli em 145 amostras de água (76 de água in natura e 69 de água de abastecimento). Em água in natura, Petrifilm™ HS e EC mostraram boa correlação com o método de NMP. Em água clorada (< 20 col/100 mL e negativas) a concordância foi baixa. Para enumeração de E. coli, Petrifilm™ EC mostrou boa correlação com o método de NMP. Os resultados indicaram que Petrifilm™ EC e HS podem ser usados com segurança para enumeração de coliformes totais e E. coli em água, desde que as contagens esperadas sejam maiores que 20/100 mL. <![CDATA[<b>PCR and bioassays screening of <i>Bacillus thuringiensis</i> isolates from rice-fields of </b><b>Rio Grande</b><b> do Sul, specific to lepidopterans and coleopterans</b>]]> http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822003000400003&lng=&nrm=iso&tlng= Bacillus thuringiensis (Bt) isolates from soil samples of rice-fields in Rio Grande do Sul (RS) were tested through PCR, aiming at the screening of six groups of Bt cry genes, which codify active proteins for coleopterans and lepidopterans rice pests, and their bioinsecticide potential regarding their use in IPM system, as well. Forty six Bt isolates were grown in Agar Nutrient for 12 h and submitted to total DNA extraction. The amplified fragments were analyzed in agarose gel (1-1.5%). The screening isolates showed that 56.51% were potentially lepidopterans specific (cry1, cry2 and cry9) and 21.73% were coleopteran specific (cry3 and cry7/8), with a homogeneous distribution in the rice-field areas in Rio Grande do Sul. Cry2 genes were found just once and in the Litoral area. Bioassays against Spodoptera frugiperda larvae showed the highest corrected mortality (25%) with Bt 2027-1 isolate selected by the presence of cry9 genes. The toxicity bioassays carried out with S. frugiperda using purified proteins of Bt aizawai HD68 indicated a LD50 of 0.95 µg/larvae. Two Bt isolates carrying the cry3 genes (PCR detection) caused a 100% mortality to Oryzophagus oryzae larvae. Bioassay results confirmed the prediction of Bt activity by PCR, which must have a straight relationship with the cry genes that codify those specific insecticidal proteins.<hr/>Visando a seleção de seis grupos de genes cry de Bacillus thuringiensis (Bt), que codificam proteínas ativas para coleópteros e lepidópteros pragas do arroz, 46 isolados de Bt provenientes de amostras de solos das regiões orizícolas do Rio Grande do Sul (RS), foram testados por PCR. Os isolados de Bt foram crescidos em Ágar Nutriente durante 12 h e submetidos a extração de DNA total. Os fragmentos amplificados foram analisados em géis de agarose (1-1,5%). Os resultados referentes ao total de isolados selecionados mostraram que 56,51% foram potencialmente específicos a lepidópteros (cry1, cry2 e cry9) e 21,73% a coleópteros (cry3 e cry7/8), tendo sua distribuição homogênea entre as regiões orizícolas do RS. Apenas os genes cry2 foram localizados somente na região Litoral. Nos bioensaios com lagartas de Spodoptera frugiperda o isolado Bt 2027-1 obteve a maior mortalidade corrigida (25%), o qual havia sido pré-selecionado pela presença de genes cry9. Para a mesma espécie, os testes de toxicidade através de proteínas purificadas de Bt aizawai HD68 revelaram uma DL50 de 0,95 mg/larva. Dois isolados de Bt causaram 100% de mortalidade às larvas de Oryzophagus oryzae, tendo esses sido pré-selecionados pela presença de genes cry3. Os resultados dos bioensaios confirmam a predição da atividade de Bt por PCR, a qual deve estar diretamente relacionada aos genes cry que codificam as proteínas inseticidas específicas. <![CDATA[<b>Enhancement of soil DNA extraction by the use of a hand held mixer</b>]]> http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822003000400004&lng=&nrm=iso&tlng= The efficiency of soil DNA extraction using a bead beater homogenizer (Biospec Products - Germany) was compared to that obtained with a hand held mixer (Moulinex - Brazil). The hand held mixer costs 100 times less and extracted seven times more crude DNA than the bead beater.<hr/>A eficiência da extração de DNA do solo utilizando um homogeneizador bead beater (Biospec Products - Alemanha) foi comparada àquela obtida utilizando um homogeneizador manual (Moulinex - Brasil). O homogeneizador manual tem custo 100 vezes menor e revelou-se mais eficiente que o bead beater extraindo sete vezes mais DNA. <![CDATA[<b>Application of the antibiotic disk diffusion method to multivariate profiling of soil bacterial community</b>: <b>comparing the power to discriminate different soils and dimension of the discrimination with that of the Biolog method</b>]]> http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822003000400005&lng=&nrm=iso&tlng= The antibiotic disk diffution (ADD) method was compared with the Biolog method in terms of power to discriminate soils and dimension of the discrimination. Soils from a forest and a citrus field in Thailand were profiled with these methods. These methods differentiated the soils in the principal component score plots. Then, Wilk's lambda statistic was determined to estimate power of these methods to discriminate the soils. The ADD method scored Wilk's lambda of 0.003 (p = 0.144) and 0.000 (p=0.020), for direct and ratio-transformed calculation, respectively. The Biolog method recorded Wilk's lambda of 0.001 (p=0.067), 0.003 (p=0.144) and 0.035 (p=0.440), at 0.25, 0.50 and 0.75 average well color developments (AWCDs), respectively. The ADD method showed high discrimination power, or at least comparable to that of the Biolog method. Redundancy analysis (RDA) resulted in ordination diagrams, which revealed a difference in dimension of the soil discrimination among the methods and the AWCDs. The soil environmental factors significantly related to the bacterial profiles at p=0.05 were: available phosphorus (ADD method and Biolog 0.25 AWCD), and pH (Biolog 0.50 and 0.75 AWCD). These results indicated that the profiling methods and the AWCDs revealed the multidimensionality of the discrimination. The possibility of the application of the ADD method to extraction of such pieces of information for effective land management was suggested.<hr/>O método de Difusão de Disco de Antibiótico (ADD) foi comparado ao método Biolog quanto ao seu poder de discriminar solos e quanto à dimensão da discriminação, analisando-se os solos de uma floresta e de um campo de cítricos na Tailândia. A diferenciação dos solos por esses métodos foi feita de acordo com o score plot do componente principal.Em seguida, determinou-se o valor de lambda de Wilk para estimar o poder discriminatório desses métodos. O método ADD resultou em lambda de Wilk de 0,003 (p=0,144) e 0,035 (p=0,440) para os valores diretos e transformados, respectivamente. Enquanto o método Biolog resultou em valores de lambda de Wilk de 0,001 (p=0,067), 0,003 (p=0,144) e 0,035 (p=0,440) para os valores médios de desenvolvimento de cor (AWCDs) 0,25, 0,50 e 0,75 respectivamente, o método ADD apresentou poder discriminatório elevado, ou, no mínimo semelhante ao do método Biolog. A análise de redundância resultou em diagramas que revelaram uma diferença na dimensão da discriminação entre os métodos e os valores de AWCD. Os fatores ambientais do solo que estiveram significativamente relacionados com os perfis bacterianos (p=0,0) foram: fósforo disponível (método ADD e Biolog 0,25 AWCD) e pH (Biolog 0,50 e 0,75 AWCD). Esses resultados indicaram que os dois métodos e as AWCDs revelaram a multidimensionalidade da discriminação. A aplicação do método ADD para obtenção dessas informações para um gerenciamento eficiente do solo foi sugerida. <![CDATA[<b>Evaluation of paraffins biodegradation and biosurfactant production by <i>Bacillus subtilis</i> in the presence of crude oil</b>]]> http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822003000400006&lng=&nrm=iso&tlng= Bacillus subtilis experiments for surface tension evaluation were accomplished with culture medium containing 0.4% nitrate ions and 4% glucose basic nutrient in the presence of crude oil. Surfactin production was observed by surface tension reduction of the culture broth. Surfactin was isolated from Bacillus subtilis fermented broth, by acid-precipitation followed by extraction with chloroform-methanol. Evaluation of the linear alkanes composition was performed by capillary gas chromatography. We observed a significant reduction of the surface tension of the fermented broth indicating that the biosurfactant production was not inhibited by the crude oil presence, and that the light paraffins might have been consumed.<hr/>Os experimentos com Bacillus subtilis para avaliação da tensão superficial foram realizados com meio de cultivo contendo como nutrientes básicos 0,4% de ions nitrato e 4% de glicose, na presença de petróleo. A produção de surfactina foi observada pela redução da tensão superficial do meio de cultura fermentado. Surfactina foi isolada a partir do meio de cultura fermentado por B. subtilis, por precipitação ácida seguida de extração com clorofórmio-metanol. A avaliação da composição dos alcanos lineares (parafinas) foi realizada por cromatografia gasosa. Observamos uma significativa redução da tensão superficial do meio de cultura indicando que a produção de biosurfactante não foi inibida pela presença de parafina, e que as parafinas leves podem ter sido consumidas. <![CDATA[<b>Screening of filamentous fungi for production of xylitol from D-xylose</b>]]> http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822003000400007&lng=&nrm=iso&tlng= Eleven filamentous fungi were screened for xylitol production in batch cultures. Production was generally low under the growth conditions used in this study. Penicillium crustosum presented the highest production, 0.52 g L-1 from 11.50 g L-1 of D-xylose, representing consumption of 76% of the original D-xylose.<hr/>Foram avaliados onze fungos filamentosos para a produção de xilitol em batelada. A produção foi baixa nas condições de cultivo utilizadas. A máxima, 0,52 g L-1 de xilitol a partir de 11,50 g L-1 de xilose, foi obtida com Penicillium crustosum, com consumo de 76% da xilose inicial. <![CDATA[<b>Activity of glucose-fructose oxidoreductase in fresh and permeabilised cells of <i>Zymomonas</i><i> mobilis</i> grown in different glucose concentrations</b>]]> http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822003000400008&lng=&nrm=iso&tlng= Previously grown cells of the ethanologenic bacterium Zymomonas mobilis produce sorbitol and gluconic acid, in reactions catalysed by the periplasmic enzymes glucose-fructose oxidoreductase (GFOR) and glucono-delta-lactonase (GL). The GFOR/GL system activity, in cells to be used in this bioconversion, depends on growth conditions. In batch runs, with initial glucose concentrations (S0) from 42 to 230 g/L, the highest specific and total GFOR/GL activities were obtained with S0 = 153 g/L (12.6 U/g cells and 62 U/L). Higher S0 led to decreasing activities in fresh cells. With S0 = 209 g/L, the final specific activity was only 7.0 U/g. After disruption of cells, however, an activity over 15 U/g was revealed. Since growth inhibition with S0 over 153 g/L was observed in batch mode, fed-batch runs, equivalent to a batch of 230 g/L, were done. Although no growth inhibition occurred in fed-batch cultivation, enzyme activity remained low (5.2 U/g). A further fed-batch experiment, carried out under low pressure to remove ethanol from the medium, resulted in a specific activity of 9.8 U/g and a total activity of 68.7 U/L. These results indicate that the low GFOR/GL activities in Z. mobilis cells grown on higher S0 were due to changes in the cell wall, caused by high concentration of ethanol, that hindered the transport of the substrate to the intracellular enzymes in biconversion runs. This conclusion was confirmed by bioconversion runs with cells cultivated under different conditions.<hr/>Sorbitol e ácido glucônico são produzidos por células previamente cultivadas da bactéria produtora de etanol Zymomonas mobilis pela ação das enzimas periplasmáticas glicose-frutose oxidorredutase (GFOR) e glucono-delta-lactonase (GL). A atividade de GFOR/GL em células a serem empregadas nesta bioconversão depende das condições de crescimento. Em cultivo em regime descontínuo, com concentrações iniciais de glicose (S0) entre 42 e 230 g/L, as maiores atividades específica e total de GFOR/GL foram obtidas com S0 = 153 g/L (12,6 U/g de células e 62 U/L), enquanto maiores S0 levaram a atividades decrescentes em células não tratadas. Com S0 = 209 g/L, a atividade específica final foi de 7 U/g, mas, após a ruptura das células, atividade superior a 15 U/g foi medida. Uma vez que em descontínuo observou-se inibição por substrato com S0 a partir de 153 g/L, ensaios em regime descontínuo alimentado, com glicose equivalente a 230 g/L em descontínuo, foram realizados. Embora a inibição pelo substrato tenha sido superada, a atividade permaneceu baixa (5,2 U/g). Um novo ensaio em descontínuo alimentado, conduzido sob baixa pressão para remover o etanol do meio, resultou em atividade específica de 9,8 U/g e total de 68,7 U/L. Estes resultados indicam que as baixas atividades em células de Z. mobilis cultivadas com maiores S0 se deveram a mudanças na parede celular, provocadas por concentrações elevadas de etanol, que dificultaram o transporte de substrato para as enzimas intracelulares durante a bioconversão. Esta conclusão foi confirmada em ensaios de bioconversão com células provenientes de cultivos em diferentes condições. <![CDATA[<b>The NADP<sup>+</sup>-dependent glutamate dehydrogenase of the yeast <i>Kluyveromyces marxianus</i> responds to nitrogen repression similarly to <i>Saccharomyces cerevisiae</i></b>]]> http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822003000400009&lng=&nrm=iso&tlng= NADP+-dependent glutamate dehydrogenase (NADP+-Gdh) is the first step in ammonia assimilation pathway in Saccharomyces cerevisiae and the knowledge of its regulation is the key for many biotechnological purposes such as single cell protein production. The regulation of NADP+-Gdh activity in Kluyveromyces marxianus cells was evaluated under different ammonia supply in batch cultivations. The results showed that K. marxianus NADP+-Gdh activity is induced over a narrow range of extracellular ammonia supply, being repressed by both high ammonia concentration and the glutamate formed. This activity is not growth-associated and may function mainly to trace low amounts of ammonia after growth cessation. The results demonstrated that NADP+-Gdh may not be the main enzyme for ammonia assimilation in K. marxianus, as it has been postulated for K. lactis, instead is subjected to the same regulatory mechanism described for S. cerevisiae.<hr/>Glutamato desidrogenase dependente de NADP+ (NADP+-Gdh) constitui o primeiro passo enzimático no mecanismo de assimilação de nitrogênio em Saccharomyces cerevisiae e o conhecimento de sua regulação é chave na iniciativa de vários propósitos biotecnológicos, tais como a produção de proteína microbiana. A regulação da atividade NADP+-Gdh em células de Kluyveromyces marxianus foi avaliada a partir de diferentes condições de suprimento de amonia em cultivo em batelada. Os resultados mostraram que a atividade NADP+-Gdh de K. marxianus foi induzida em uma estreita faixa de concentração de amonia no meio, sendo reprimida tanto por altas concentrações deste composto quanto pelo produto glutamato. Esta atividade não está associada ao crescimento celular e deve funcionar principalmente no rastreamento de pequenas quantidades de amonia após a parada do crescimento celular. Isto demonstra que NADP+-Gdh não deve ser a principal enzima de assimilação de amonia em K. marxianus, como tem sido postulado para K. lactis, contudo deve estar submetida ao mesmo mecanismo regulatório encontrado em S. cerevisiae. <![CDATA[<b>Evaluation of the <i>in vitro</i> antimicrobial activity of crude extracts of three <i>Miconia</i> species</b>]]> http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822003000400010&lng=&nrm=iso&tlng= The antimicrobial activity of nine crude extracts of three Miconia species (M. albicans, M. rubiginosa and M. stenostachya) was tested against eleven selected microorganisms: Staphylococcus aureus, Staphylococcus saprophyticus, Proteus mirabilis, Escherichia coli, Enterococcus faecalis, Shigella flexneri, Klebsiella pneumoniae, Salmonella sp, Pseudomonas aeruginosa, Streptococcus agalactiae and Candida albicans. The results of the test showed that three extracts had some antimicrobial activity by well diffusion method. The ethanol extracts of Miconia albicans and Miconia rubiginosa were the most active.<hr/>A atividade antimicrobiana de nove extratos de três espécies de Miconia (M. albicans, M. rubiginosa e M. stenostachya) foi avaliada frente a onze microrganismos: Staphylococcus aureus, Staphylococcus saprophyticus, Proteus mirabilis, Escherichia coli, Enterococcus faecalis, Shigella flexneri, Klebsiella pneumoniae, Salmonella sp, Pseudomonas aeruginosa, Streptococcus agalactiae e Candida albicans. Três destes extratos apresentaram atividade antimicrobiana pelo método de difusão de poço. Os extratos etanólicos de Miconia albicans e Miconia rubiginosa foram os mais ativos. <![CDATA[<b>Neonatal <i>Campylobacter coli</i> hemorrhagic enteritis and bacteraemia</b>]]> http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822003000400011&lng=&nrm=iso&tlng= A case of neonatal campylobacteriosis with hemorrhagic enteritis and bacteraemia due to Campylobacter coli is presented. The mother, from a rural area, had three febrile self-limited diarrheic episodes during pregnancy. The neonate probably acquired the infection during labor. The newborn's serum showed high levels of specific immunoglobulins which could explain the scarce symptoms in this newborn, despite the delay in establishing the gentamicin therapy.<hr/>Um caso de campylobacteriose neonatal com enterite hemorrágica e bacteremia produzido por Campylobacter coli é apresentado. A mãe, proveniente de uma região rural, apresentou durante a gravidez, três episódios de diarréia autolimitada. A infecção no recém nascido provavelmente foi adqüirida durante o parto. Os altos níveis séricos de immunoglobulinas específicas poderiam explicar a escassa sintomatologia, apesar da demorada prescrição do tratamento com gentamicina. <![CDATA[<b>Extended-spectrum <FONT FACE=Symbol>b</FONT>-lactamases in <i>Klebsiella </i>spp and <i>Escherichia coli</i> obtained in a Brazilian teaching hospital</b>: <b>detection, prevalence and molecular typing</b>]]> http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822003000400012&lng=&nrm=iso&tlng= His study was performed to compare the methods of detection and to estimate the prevalence of extended-spectrum beta-lactamases (ESBL) among Klebsiella spp and E.coli in a university hospital in southern Brazil. We also used a molecular typing method to evaluate the genetic correlation between isolates of ESBL K.pneumoniae. Production of ESBL was investigated in 95 clinical isolates of Klebsiella spp and Escherichia coli from Hospital de Clínicas de Porto Alegre, using Kirby-Bauer zone diameter (KB), double-disk diffusion (DD), breakpoint for ceftazidime (MIC CAZ), increased zone diameter with clavulanate (CAZ/CAC) and ratio of ceftazidime MIC/ceftazidime-clavulanate MIC (MIC CAZ/CAC). Molecular typing was performed by DNA macrorestriction analysis followed by pulsed-field gel electrophoresis. The KB method displayed the highest rates of ESBL (up to 70% of Klebsiella and 59% of E.coli), contrasting with all the other methods (p < 0.05). The confirmatory methods (DD, MIC CAZ, CAZ/CAC and MIC CAZ/CAC) showed a range of ESBL production from 8 to 13% for E.coli and from 33 to 40% for Klebsiella species. Therefore, the KB method was useful only as a screening method as it provided several false positive results. Molecular typing of 17 ESBL K.pneumoniae indicated that the isolates had no clonal relation. We found a good correlation among the confirmatory methods for ESBL detection although the methods which evaluate inhibition of the beta-lactamase by clavulanate appeared to be more specific. The high prevalence of ESBL Klebsiella in our hospital is probably due to individual selection of resistant strains rather than the transmission of a common strain.<hr/>Este estudo foi desenvolvido para comparar métodos de detecção e para estimar a prevalência de Klebsiella spp e E.coli produtoras de beta-lactamases de espetro ampliado (ESBL) em um Hospital Universitário no sul do Brasil. A correlação genética, determinada através de método molecular de tipagem, entre as amostras de K. pneumoniae também foi determinada. A produção de ESBL foi investigada em 95 amostras de Klebsiella spp e E.coli obtidas de pacientes no Hospital de Clínicas de Porto Alegre usando-se: medida do diâmetro a zona de inibição (KB), dupla-difusão de disco (DD), valores de concentração inibitória mínima da ceftazidima (MIC CAZ), aumento do diâmetro da zona de inibição com adição de clavulanato (CAZ/CAC) e a relação entre o MIC da ceftazidima/MIC ceftazidima com clavulanato (MIC CAZ/CAC). A tipagem molecular foi realizada utilizando-se o método de macrorestrição de DNA e eletroforese em campo pulsado (PFGE). O método KB apresentou as maiores taxas de produção de ESBL (> 70% para Klebsiella e 59% para E.coli) contrastando com os outros métodos (p< 0,05). Os métodos confirmatórios (DD, MIC CAZ e MIC CAZ/CAC) indicaram a produção de ESBL em 8 a 13% de E.coli e em 33 a 40% para as espécies de Klebsiella. Portanto, o método KB é útil apenas como método de triagem devido aos diversos resultados considerados falso-positivos. A tipagem molecular realizada em 17 amostras de K.pneumoniae ESBL indicou não existência de relação clonal. Este estudo encontrou uma boa correlação entre os métodos confirmatórios de detecção de ESBL embora os métodos que avaliam a inibição da enzima pelo clavulanato pareçam ser mais específicos. A alta prevalência de Klebsiella ESBL em nosso hospital provavelmente se deve a seleção individual de cepas resistentes do que a transmissão de uma cepa comum. <![CDATA[<b>Segmented double-stranded genomic RNA viruses in fecal samples from broiler chicken</b>]]> http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822003000400013&lng=&nrm=iso&tlng= Segmented double-stranded RNA (dsRNA) viruses were identified by polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) technique in fecal samples from broiler chicken. A total of 378 fecal samples from 1-7 weeks old chickens were analyzed. dsRNA with migration profile characteristic of avian rotavirus (AvRV), reovirus (ARV) or picobirnavirus (PBV) was identified in 32 (8.5%), 7 (1.8%) and 13 (3.4%) samples, respectively. AvRV and ARV occurred more frequently in chickens up to 1 month old and were related with enteritis signs. Considering only fecal samples of chickens with diarrhea, the AvRV was detected in 37.8% (14/37) and the ARV in 13.5% (5/37) of analyzed samples. AvRV was identified in only 1.5% (4/274) and ARV was not detected in normal feces collected from assymptomatic chickens (controls). PBV dsRNA was detected in broiler chickens from two to seven weeks old, more frequently in feces with pasty consistency. The AvRV showed great electrophoretic profile variability in the dsRNA segments and nine different electropherotypes were identified. Variation in genome pattern was not observed in either ARV or PBV.<hr/>A técnica de eletroforese em gel de poliacrilamida foi utilizada com o objetivo de identificar vírus com genoma contituído por RNA de fita dupla (dsRNA) segmentado, em material fecal de frangos de corte. Foram analisadas 378 amostras de fezes de aves, com idade entre a primeira e sétima semanas de vida, provenientes de granjas avícolas localizadas no Estado do Paraná, Brasil. dsRNA com perfil de migração característico de rotavírus (AvRV), reovírus (ARV) ou picobirnavírus (PBV), foi identificado em 32 (8,5%), 7 (1,8%) e 13 (3,4%) amostras, respectivamente. AvRV e ARV ocorreram com maior freqüência em aves com até um mês de idade e estiveram diretamente relacionados a fezes diarréicas e pastosas, provenientes de aves com sinais clínicos de enterite. Considerando-se apenas as amostras de fezes colhidas em aves com diarréia, o AvRV foi detectado em 37,8% (14/37) e o ARV em 13,5% (5/37) da amostragem analisada. Em fezes com aspectos normais (controle) obtidas de aves clinicamente sadias, o AvRV foi identificado em apenas 1,5% (4/274) e o ARV não foi detectado. O ácido nucléico do PBV foi detectado com maior freqüência em fezes pastosas colhidas de aves com duas a sete semanas de vida. O AvRV apresentou grande variabilidade eletroforética dos segmentos de dsRNA, tendo sido identificados nove eletroferotipos distintos. Não foram observadas variações no perfil genômico nas amostras de ARV e também de PBV. <![CDATA[<b>Comparison of experimental competitive-exclusion cultures for controlling <i>Salmonella</i> colonization in broiler chicks</b>]]> http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822003000400014&lng=&nrm=iso&tlng= The efficacy of three different types of experimental competitive exclusion (CE-A, CE-B and CE-C) cultures against Salmonella Kedougou (SK) NCTC 12173, resistant to nalidixic-acid resistant (NalR), in one-day-old broiler chicks, in four treatments with three replicates in each treatment, was evaluated. The mean logarithmic counts of Salmonella program of feces were 0.4 L in the group treated with CE-A, derived from the whole cecal contents of an adult bird with a mixture of aerobic and anaerobic bacterial cultures; 1.22 in the group treated with CE-B, containing aerobic bacterial culture; 1.00 in the group treated with CE-C, containing anaerobic bacterial culture; and 6.64 in the control group. The percentage of colonized birds varied from 10% to 26.66% in the treated groups and was 63.33% in the control group. A good protection (76.66% to 90%) was obtained in all treatments whereas lower protection was verified with experimental products containing only aerobic or anaerobic cultures. These results showed that a mixture of aerobic and anaerobic cultures can be effective for reducing SK colonization in broiler chicks.<hr/>Esse estudo avaliou a eficácia de três diferentes tipos de culturas de exclusão competitiva (EC-A, EC-B e EC-C) contra Salmonella Kedougou (SK), amostra NCTC 12173, resistente ao ácido Nalidíxico (NalR), em pintos de um dia de idade, utilizando-se 4 tratamentos, em três repetições. A média logarítmica de Salmonella por gramas de fezes foi de 0,41 para o grupo tratado com a EC-A, contendo uma mistura de culturas bacterianas aeróbias e anaeróbias, derivada de conteúdo cecal de uma ave adulta; 1,22 no grupo tratado com a EC-B, contendo culturas bacterianas aeróbias; 1,00 no grupo tratado com a EC-C, contendo culturas bacterianas anaeróbias e 6,64 no grupo controle positivo. A porcentagem de aves colonizadas variou de 10 a 23,33% nos grupos tratados e foi de 63,33% no grupo controle. Uma boa proteção (76,66 a 90%) foi obtida em todos os tratamentos, sendo que a menor proteção foi verificada com os produtos experimentais contendo somente culturas de bactérias aeróbias ou anaeróbias. Os resultados sugerem que o uso de misturas de culturas aeróbias e anaeróbias pode ser efetivo para o uso na exclusão competitiva contra SK em frangos de corte. <![CDATA[<b>Evaluation of <i>Malassezia pachydermatis </i>antifungal susceptibility using two different methods</b>]]> http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822003000400015&lng=&nrm=iso&tlng= Malassezia pachydermatis is recognized as a normal inhabitant and an opportunistic pathogen of the external ear canal and skin of dogs and cats. In especial clinical conditions, and mainly in the cases of therapeutic failure related to external otitis and dermatitis complicated by this yeast, it is recommended test susceptibility to antifungal drugs. The purpose of this work was to evaluate the susceptibility of 44 isolates of M. pachydermatis from the external ear canal and skin of dogs and cats using two different in vitro antifungal susceptibility methods: the Etest® and the broth microdilution method. Thirty-five samples were tested using the Etest®, twenty-four samples were tested using the broth microdilution method and fifteen samples were tested using both tests. The antifungal agents used were ketoconazole (KTZ), fluconazole (FLZ) and itraconazole (ITZ). In the broth microdilution method the yeast was less susceptible to ITZ while KTZ had the strongest activity. On the other hand, the Etest® showed that M. pachydermatis was more susceptible to ITZ while the less active drug was FLZ. The simultaneous evaluation using both methods identified FLZ as the antifungal drug with the highest activity (64.3%), followed by KTZ (57.1%) and ITZ (28.6%). These results showed that there is an urgent need to standardize of the values considered as parameters for growth inhibition of this yeast so a simple and efficient method can be used routinely in the laboratory practice.<hr/>Malassezia pachydermatis é considerada um habitante normal e patógeno oportunista do meato acústico externo e tegumento cutâneo de cães e gatos. Em condições clínicas especiais e nos casos de fracasso terapêutico, comum em casos de otite externa ou dermatite complicadas por esta levedura, é recomendado testar a sensibilidade aos antifúngicos. O objetivo do trabalho foi avaliar a sensibilidade de 44 isolados de M. pachydermatis do meato acústico externo e do tegumento cutâneo de cães e gatos, através de duas técnicas de antifungigrama: ETEST e Microdiluição em Caldo (MC). Foram testadas 35 amostras pelo método ETEST (1994) e 24 pelo método de MC e 15 pelos dois testes. Os antifúngicos utilizados foram: cetoconazol (KTZ), fluconazol (FLZ) e itraconazol (ITZ). Através da MC, a levedura foi menos sensível ao ITZ, enquanto que o antifúngico com maior atividade foi o KTZ. M. pachydermatis foi mais sensível ao ITZ pelo ETEST, enquanto a droga menos ativa foi o FLZ. A avaliação simultanea através das duas técnicas aponta o FLZ como o antifúngico com maior concordância entre os resultados (64,3%), seguido pelo KTZ (57,1%) e ITZ (28,6%). Os resultados indicam que há uma necessidade urgente de padronização dos valores de inibição do crescimento desta levedura para que um método, simples e eficaz, possa ser amplamente utilizado na rotina laboratorial. <![CDATA[<b>Effects of phosphorus on polyphosphate accumulation by <i>Cunninghamella elegans</i></b>]]> http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822003000400016&lng=&nrm=iso&tlng= The content of inorganic polyphosphate and the polymeric degree of these compounds were evaluated during the growth of Cunninghamella elegans in medium containing varying orthophosphate (Pi) concentrations. For this purpose, a combination of chemical methods for polyphosphate extraction and ultrastructural cytochemistry were used. The orthophosphate and glucose consumption was also determined during the fungal cultivation. At Pi concentrations of 0.5, 2.5 and 0.0 g/L, the maximum amounts of biomass were 3.18, 3.29 and 0.24 g/L, respectively. During growth the cells accumulated Pi from the medium. At three days of growth the biomass consumed up to 100 and 95% of Pi from the media at initial concentrations of 0.5 and 2.5 g/L, respectively. Polyphosphate was observed at different Pi concentrations in medium and at different stages of growth. Polyphosphate was assayed by the content of labile phosphorus in water, acid-insoluble and alkali-soluble fractions. The content of fractions changed according to phosphorus concentration in the media and growth phase. During growth on all three media used, the cytochecmical behavior of polyphosphate changed considerably. The results obtained in this study reveal a potential of Cunninghamella elegans in the polyphosphate accumulation, and suggest a future application in the biotechnological processes.<hr/>O crescimento, consumo de fosfato e glicose, bem como o conteúdo de fósforo, a distribuição, estrutura e localização de polifosfato foram avaliados no micélio de Cunninghamella elegans cultivado em meios contendo diferentes concentrações de fosfato. Os resultados permitiram verificar a influência dessas concentrações de fosfato sobre o crescimento do fungo estudado. A maior concentração de fosfato proporcionou maior rendimento da biomassa ao longo do crescimento. Uma relação entre consumo de fosfato e glicose do meio foi observada em relação ao crescimento e a quantidade de polifosfato total nos micélios cultivados nos diferentes meios de cultivo. Distintos métodos de extração permitiram identificar e quantificar as diferentes frações do polifosfato celular de Cunninghamella elegans. A citoquímica ultrastrutural foi utilizada com sucesso para identificar a localização e a distribuição de polifosfato em Cunninghamella elegans. Os resultados revelaram diferenças no padrão de marcação citoquímica nas diferentes fases do crescimento e meios de cultivo. Uma marcação uniforme do polifosfato foi observada sobre a superfície celular, em especial, na parede celular e na membrana citoplasmática. Produtos de reação resultantes da marcação citoquímica foram também visualizados em estruturas trabeculares, vacuolares, vesiculares, sob a forma de corpos eletrondensos e grânulos dispersos no citoplasma. Os resultados demonstraram o potencial de Cunninghamella elegans na acumulação de polifosfato, sugerindo uma possível aplicação em processos biotecnológicos. <![CDATA[<b>Asparaginase</b><b> II-GFP fusion as a tool for studying the secretion of the enzyme under nitrogen starvation</b>]]> http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822003000400017&lng=&nrm=iso&tlng= Production of asparaginase II of Saccharomyces cerevisiae is regulated by nitrogen and can be used as a model system for studying other secreted proteins in yeast. Green fluorescent protein (GFP) from Aequorea victoria was fused to the carboxy-terminus of the enzyme by genomic integration to the locus ASP3 of S. cerevisiae. We determined asparaginase II activity, mRNA ASP3, mRNA ASP3-GFP and GFP fluorescence. Nitrogen starvation in cells carrying the chimera ASP3-GFP caused an increase in fluorescence and in the expression of ASP3. We have shown that cells producing the chimera Asp3-GFPp displayed the same response to nitrogen starvation as control cells. We demonstrated that Asp3-GFPp can be used for studying asparaginase II secretion under nitrogen starvation in vivo.<hr/>A produção de asparaginase II de Saccharomyces cerevisiae é regulada por nitrogênio e pode ser utilizada como um sistema modelo para estudar outras proteínas secretadas, em leveduras. A proteína "green fluorescent protein" (GFP) de Aequorea victoria foi fusionada à porção carboxi-terminal de Asp3p por integração genômica da sequência de GFP ao locus ASP3. Determinaram-se os níveis de atividade de asparaginase II, mRNA ASP3, mRNA ASP3-GFP e de fluorescência para GFP. A depleção para nitrogênio, em células portadoras do gene quimérico ASP3-GFP, fez aumentar a fluorescência, assim como a expressão de ASP3. Demonstramos que Asp3-GFPp pode ser utilizada para estudar a secreção de asparaginase II em células submetidas à privação de nitrogênio in vivo. <link>http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822003000400018&lng=&nrm=iso&tlng=</link> <description/> </item> </channel> </rss> <!--transformed by PHP 03:06:11 25-06-2019-->