Através de sondagens, fotointerpretação do relêvo e altimetria, foi estudada a formação duma bacia orgânica situada entre São José dos Campos e Caçapava. Esta bacia teve sua origem provável em um lento abatimento por acomodação de camadas no substrato terciário da planície aluvial. Êste fenômeno propiciou o acúmulo orgânico abaixo do nível atual do rio. A preservação da bacia, situada ao sul do rio, sem destruição pela oscilação meândrica, deve-se à tendência do leito em se deslocar para o norte, conforme comprovam os terraços. Estas condições devem prevalecer em outras áreas do mesmo rio e que possuam espêssas camadas orgânicas.