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Genetics and Molecular Biology

Print version ISSN 1415-4757

Abstract

CARRARO, Dirce Maria; LAMBAIS, Marcio R.  and  CARRER, Helaine. In silico characterization and expression analyses of sugarcane putative sucrose non-fermenting-1 (SNF1) related kinases. Genet. Mol. Biol. [online]. 2001, vol.24, n.1-4, pp. 35-41. ISSN 1415-4757.  http://dx.doi.org/10.1590/S1415-47572001000100006.

Quinases de proteínas  relacionadas a SNF1 (SnRK) podem desempenhar um papel importante na regulação da expressão gênica em células vegetais. Essa família de proteínas regulatórias é representada pela quinase de proteínas SNF1 (sucrose non-fermenting -1) em Saccharomyces cerevisiae, AMPKs (quinase de proteínas ativadas por AMP) em células de mamíferos  e SnRKs (quinase de proteínas relacionadas a SNF1) em células vegetais. A família de SnRKs foi reorganizada em três subfamílias de acordo com suas relações filogenéticas com base nas seqüências de aminoácidos das proteínas. Membros das subfamílias de SnRKs foram identificados em diversas plantas. Existem evidências mostrando que essa família de proteínas está envolvida em resposta a estresses (nutricional  e ambiental), apesar de seu papel não ser totalmente compreendido. Nesse trabalho nós identificamos 22  contíguos de ESTs (expressed sequence tags) de cana-de-açúcar codificando SnRKs putativas. O alinhamento das seqüências de aminoácidos das  SnRKs putativas de cana-de-açúcar  com seqüências de aminoácidos de SnRKs  identificadas em outras plantas revelaram um  domínio catalítico N-terminal altamente conservado. Além disso, nossos resultados indicaram que em cana-de-açúcar há  pelo menos um membro de cada subfamília de SnRKs. Análise do padrão de expressão dos contíguos de  EST codificando para SnRK putativas nas 26 bibliotecas selecionadas do banco de dados do  Sucest, indicou que membros dessa família de quinases são expressos por toda planta. Membros de cada subfamília não  apresentaram padrões de expressão específicos, sugerindo que suas funções não estão correlacionadas com sua relação filogenética, com base nas seqüências de aminoácidos da região N-terminal.

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