Perfil de beta talassemia heterozigota obtido a partir de análise data mining em banco de dados

The profile of beta thalassemia obtained by data mining analysis in a database

Data mining; beta thalassemia trait; bioinformatics; genetic diversity

CARTA AO EDITOR LETTER TO EDITOR

Perfil de beta talassemia heterozigota obtido a partir de análise data mining em banco de dados

The profile of beta thalassemia obtained by data mining analysis in a database

Ana L. B. Domingos^I; Lucas A. Granzotto^II; Edis Belini Junior^III; Thiago Y. K. Oliveira^III; Ana C. B. Domingos^IV; Claudia R. Bonini-Domingos^V

^IIniciação Científica - Depto. de Química, Unesp, São José do Rio Preto-SP

^IIIniciação Cientifica - Depto. de Ciências da Computação, Unesp, São José do Rio Preto-SP

^IIIBiólogo, Hemocentro USP – Ribeirão Preto-SP

^IVFarmacêutica bioquímica. Programa de Pós-Graduação em Genética, Unesp, São José do Rio Preto-SP

^VProfessora. Depto. de Biologia, Unesp, São José do Rio Preto-SP

Unesp, Departamento de Biologia, Laboratório de Hemoglobinas e Genética das Doenças Hematológicas - LHGDH, Unesp/Ibilce

^{Correspondência}

ABSTRACT

Variations in the phenotypic expression of heterozygous beta thalassemia reflect the formation of different populations. To better understand the profile of heterozygous beta-thalassemia of the Brazilian population, we aimed at establishing parameters to direct the diagnosis of carriers and calculate the frequency from information stored in an electronic database. Using a Data Mining tool, we evaluated information on 10,960 blood samples deposited in a relational database. Over the years, improved diagnostic technology has facilitated the elucidation of suspected beta thalassemia heterozygote cases with an average frequency of 3.5% of referred cases. We also found that the Brazilian beta thalassemia trait has classic increases of Hb A2 and Hb F (60%), mainly caused by mutations in beta zero thalassemia, especially in the southeast of the country.

Key words: Data mining; beta thalassemia trait; bioinformatics; genetic diversity.

Sr. Editor

As doenças causadas por hemoglobinas variantes são responsáveis por cerca de 3,4% das mortes ocorridas antes dos cinco anos de idade,^1,2,3 e no Brasil, em especial, com as migrações e miscigenação da população, uma gama de hemoglobinas está presente. Por esse motivo torna-se necessário a associação de análise laboratorial clássica e molecular, a fim de se desenvolverem perfis para os casos mais graves e facilitar a criação de uma política de saúde específica para as regiões em que ocorrem com maior frequência.^3,4,5 A beta talassemia na forma heterozigota é caracterizada pela elevação dos valores de Hb A₂ e/ou Hb Fetal nos casos clássicos.^5,6,7 O acréscimo dos valores da Hb A₂ pode sugerir o genótipo do indivíduo. Variações na expressão fenotípica são observadas, refletindo a formação da nossa população.^6-9 Para se conhecer o perfil da beta talassemia heterozigota na população brasileira objetivou-se estabelecer parâmetros de norteamento de diagnóstico e a frequência de portadores a partir das informações depositadas em um banco de dados.

Foram avaliadas as informações referentes a 10.960 laudos de diagnóstico, depositados em uma base de dados, entre o período de janeiro de 2002 e julho de 2008. Os resultados de testes laboratoriais foram incluídos em banco de dados em modelo relacional e na linguagem SQL. As informações foram analisadas pela ferramenta data mining CLIBIA (Clinical Bioinformatic Analysis).^10,11,12 Formularam-se as seguintes faixas de corte e classificação dos grupos, para estabelecer os perfis de beta talassemia heterozigota, segundo os padrões estabelecidos para as condições laboratoriais e população em estudo:

• Hb A₂ aumentada: com valores acima de 3,99%;

• Hb A₂ discretamente aumentada: com valores entre 3,51% até 3,98%;

• Hb A₂ e Hb F aumentadas: Hb A₂ acima de 3,99% e Hb F acima de 1,51%;

• Hb A₂ e Hb F discretamente aumentadas: Hb A₂ entre 3,51% até 3,98% e Hb F entre 1,01% até 1,5%.

Do total de amostras avaliadas, provenientes de todas as regiões do País, 868 (7,92%) apresentaram valores dentro dos perfis inicialmente estabelecidos, como critérios de corte. A frequência observada para cada região, no período de sete anos foi: 3,50% para a região Sul; 21,05% para a região Centro-oeste; 3,95% para o Nordeste; 1,20% para o Norte e 8,66% para a região Sudeste. Não houve diferença significativa entre os sexos. Os valores encontrados para a região centro-oeste refletem a dificuldade diagnóstica enfrentada pelos serviços de diagnóstico e a necessidade da busca por serviços de referência no auxilio diagnóstico.

A avaliação refinada pelo instrumento de prospecção mostrou que, no ano de 2002, início dessa pesquisa, o número de casos avaliados foi insuficiente para uma análise global. Em 2003, destacou-se o perfil de Hb A₂ aumentada + Hb F como o mais frequente, conforme mostra a Figura 1. Em 2004 houve um aumento do perfil caracterizado como Hb A₂ aumentada, que prevaleceu sobre os outros e se manteve constante até o período atual, resultado evidenciado na Figura 2.

Os perfis mais brandos foram pouco significativos na análise global, sendo o perfil de Hb A₂ discretamente aumentada,o mais evidente a partir de 2005.

O maior número de registros de suspeitas de beta talassemia ocorreu em 2006 e representaram cerca de 15,70% do total de amostras avaliadas, correspondendo a 474 casos. Neste mesmo ano, houve um acréscimo na identificação de casos com o perfil de Hb A₂ aumentada + Hb F e do perfil de Hb A₂ discretamente aumentada, decorrentes principalmente da implantação de metodologias mais precisas e para a quantificação das frações de hemoglobinas, como a HPLC. Ressaltamos que as suspeitas laboratoriais, obtidas por metodologias clássicas, só podem ser confirmadas por meio de análise molecular. Nesse estudo evidenciamos que 60% das amostras com perfis de Hb A₂ aumentada e Hb A₂ aumentada + Hb F foram de casos de beta zero talassemia, principalmente da mutação CD 39.

Assim, a análise dos perfis de beta talassêmicos heterozigotos, obtido por meio de instrumento Data Mining, mostrou que a grande maioria dos casos representou um perfil de beta zero talassemia, com aumento de Hb A₂ acima de 3,99%, refletindo a formação da população brasileira, principalmente da região Sudeste. O aumento na solicitação dos exames e a melhoria e precisão das metodologias de análise destacaram a importância do diagnóstico para essa forma hereditária de anemia e refletiram a preocupação e a importância que os profissionais de saúde apresentam em propor melhorias no diagnóstico laboratorial.

Recebido: 03/07/2009

Aceito após modificações: 24/09/2009

Avaliação: Editor e dois revisores externos

Conflito de interesse: sem conflito de interesse

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Datas de Publicação

• Publicação nesta coleção
  26 Abr 2010
• Data do Fascículo
  Fev 2010

Histórico

• Recebido
  03 Jul 2009
• Aceito
  24 Set 2009