Técnicas de Random amplified polymorphic DNA (RAPD), Inter simple sequence repeat (ISSR) e Amplified Fragment Length Polymorphism markers (AFLP) foram utilizadas para verificar a segregação do gênero Cassia L. senso lato em três diferentes gêneros, Chamaecrista Moench., Senna P. Mill. e Cassia L. senso stricto Dezoito representantes dos três táxons foram caracterizados com o uso de marcadores moleculares: 25 RAPD, seis iniciadores ("primers") ISSR e seis AFLP combinações de iniciadores, resultando na amplificação de 612, 115 e 622 bandas (loci), respectivamente. A maioria dos loci apresentou-se como polimórfico, mostrando um alto grau de diversidade genética entre os táxons estudados. O dendrograma construído com base nos dados de RAPD, ISSR e AFLP e agrupamento com procedimentos SHAN dividiu Cassia L. senso lato em três diferentes agrupamentos, chamados de Chamaecrista Moench., Senna P. Mill. e Cassia L. senso stricto Valores altos de bootstrap revelaram que todos os agrupamentos foram estáveis e robustos. Foi observado pela presente investigação que estes gêneros possuem identidade ao nível molecular, o que sustenta a elevação do genero Cassia L. senso lato para o nível de subtribo e a segregação dos três gêneros ao invés de formarem categorias infra-genéricas.
AFLP; Cassia; filogenia molecular; ISSR; RAPD