Estrutura e organização das assembléias de peixes de águas rasas (<1,5 m) foram estudadas em dois ecossistemas sul-brasileiros sob influências marinhas ou continentais, uma laguna e uma baía. Dados abióticos foram obtidos para definir a hidrologia dos locais, e descritores bióticos foram avaliados para caracterizar a estrutura das assembléias. Transparência, salinidade e matéria orgânica melhor distinguem os locais. Foram capturadas 69 espécies distribuídas em três guildas ecológicas. Descritores como densidade, diversidade e equitabilidade foram diferentes em cada local. Hidrodinamismo e geomorfologia determinaram a estrutura e a organização das assembléias de peixes nestas águas rasas. Observou-se que variações nos atributos hidrológicos gerados por aportes marinhos ou continentais podem alterar mais rapidamente, e em freqüências mais regulares, as condições na lagoa do que aquelas na baía.
