Mudanças sazonais na comunidade fitoplanctônica e nas características limnológicas abióticas da lagoa do Caçó, Estado do Maranhão, Brasil, foram avaliadas a partir de duas coletas, nos períodos de chuva (Abril/1999) e seca (Novembro/1999). Medidas de quatorze variáveis físicas e químicas e coletas do fitoplâncton foram realizadas em oito estações de amostragem. Quantitativamente, os grupos Chlorophyceae e Cyanobacteria apresentaram maior contribuição nos períodos de chuva e seca, respectivamente. As variáveis limnológicas abióticas mostraram uma distribuição espacial homogênea em relação aos dois períodos amostrados. A análise de agrupamento a partir da distância de Bray-Curtis para comunidade fitoplanctônica distinguiu dois grandes grupos (estação seca e chuvosa), representados pelas espécies mais comuns e abundantes em ambos períodos. Os resultados deste estudo permitiram concluir que o regime climatológico foi determinante sobre a dinâmica e a estrutura da comunidade fitoplanctônica da lagoa do Caçó.