A eficiência do programa de melhoramento de cacau incrementará pela seleção de cruzamentos superiores entre clones divergentes. Foram estimadas as distâncias genéticas (GD), com dados de RAPD, e de Mahalanobis (MD), com dados de componentes de produção, entre cinco clones. Os clones foram avaliados em um dialelo, por cinco componentes de produção, durante cinco anos. Um total de 130 bandas RAPD foram avaliadas. GD e MD foram utilizadas para cálculo da correlação entre distâncias entre clones e a performance de seus híbridos. A correlação entre GD e MD foi de 0.67 (P=0.03). Ambas as distâncias foram correlacionadas à performance heterótica dos híbridos para peso de sementes frescas/planta e peso de sementes frescas/fruto. A performance híbrida média para os mesmos componentes de produção foi correlacionada somente com MD. Assim, distâncias genéticas medidas por RAPD e componentes de produção podem ser usadas como um guia para a escolha de cruzamentos superiores.
