Examinamos a influência da variação espacial, temporal e das variáveis ambientais sobre as comunidades de peixes em riachos de cabeceira das bacias dos rios Paraguai e Paraná (Brasil). 4.605 indivíduos foram amostrados, distribuídos em 60 espécies. Os riachos da bacia do rio Paraná apresentaram maior riqueza total de espécies (42) que os riachos da bacia do rio Paraguai (40), no entanto, a riqueza estimada foi maior na bacia do rio Paraguai (53) que nos da bacia do rio Paraná (50). Os riachos da bacia do rio Paraná apresentaram maiores valores médios de riqueza e equitabilidade, contudo, maiores valores médios de número de indivíduos foram obtidos na bacia do rio Paraguai. Encontramos diferenças significativas entre as sub-bacias do rio Paraguai assim como do rio Paraná para a riqueza de espécies e equitabilidade, contudo, nesta última o número de indivíduos variou apenas sazonalmente. As variáveis ambientais mais importantes na determinação da diversidade e abundancia das espécies foram altitude, temperatura da água, largura e profundidade dos riachos para as duas bacias.
