A anemia de Fanconi (AF) é uma doença autossômica recessiva heterogênea que pode causar uma variedade de alterações congênitas e de desenvolvimento. As características mais importantes da AF são a falência progressiva de medula óssea e o desenvolvimento de condições malignas, como leucemia mielóide aguda e tumores sólidos. Este artigo relata o caso de um paciente de 12 anos com AF atendido no Serviço de Estomatologia e Prevenção do Câncer Bucomaxilofacial do Hospital São Lucas (Brasil), que havia sido submetido a transplante de medula óssea (TMO) aos 5 anos e apresentaava lesões características da doença do enxerto versus hospedeiro (DEVH) crônica. O paciente foi regularmente acompanhado no Serviço e, 11 anos após a realização do TMO, desenvolveu um carcinoma epidermóide de língua, considerado com sendo uma condição não-tratável. O pactiente faleceu por asfixia poucos meses depois aos 16 anos. As razões para a ocorrência dessa condição maligna ainda são incertas, podendo estar relacionadas com a instabilidade cromossômica característica da AF, com fatores relacionados ao TMO ou com a DEVH. O acompanhamento sistemático desses pacientes permite a realização de abordagens terapêuticas precoces e menos agressivas quando necessário.