K-mer aplicado na análise de agrupamento de genomas de Mycobacterium tuberculosis

RESUMO

De acordo com estudos realizados, cerca de 10 milhões de pessoas desenvolveram tuberculose em 2018. Desse total, 1,5 milhão de pessoas morreram devido à doença. Procurando estudar o comportamento das sequências do genoma da Mycobacteruim tuberculosis (MTB), bactéria responsável por desenvolver a Tuberculose (TB), foi realizada uma análise aplicando o k-mer (frequência de palavras do DNA). Os valores de k variaram de 1 a 10, pois devido a análise ter sido feita no comprimento total das sequencias, onde cada sequencia é composta por aproximadamente 4 milhões de pares de bases, valores de k acima de 10, a análise é interrompida, como consequência da capacidade do programa. O intuito do trabalho foi de verificar a formação da árvore filogenética em cada k-mer analisado. Os resultados obtidos evidenciaram a formação de grupos distintos em alguns k-mers analisados, levando-se em consideração a linha de corte. Entretanto, em todos os grupos formados as cepas multidroga resistente (MDR) e extensivamente resistente à droga (XDR) permaneceram juntas e separadas das demais cepas.

Palavras-chave:
frequência de palavras do DNA; genoma; sequências similares