Técnicas para marcação de hibridação in situ por fluorescência (FISH) têm sido amplamente utilizadas para análise citogenética em células interfásicas de tecidos sólidos e difusos. Na maioria dos casos, os estudos com FISH têm sido desenvolvidos em células naturalmente isoladas, como as células sangüíneas ou de medula óssea. Mais raramente, a análise citogenética tem sido desenvolvida em fluidos corporais como líquido amniótico, urina, esperma ou escarro. As amostras de tecidos sólidos, na maioria dos casos, são submetidas à desagregação mecânica ou química anteriormente à aplicação de FISH. Contudo, FISH também tem sido aplicada a amostras de tecido com arquitetura conservada, tais como os "imprints" ou cortes histológicos finos, principalmente em estudos com tumores sólidos. Este artigo exemplifica vantagens e limitações da técnica, ilustra o uso de FISH para análise citogenética em células interfásicas de diferentes tipos e destaca alguns resultados interessantes obtidos com a metodologia.