Estuários são ambientes dinâmicos e susceptíveis a alterações antropogênicas. Nesses ambientes, torna-se imprescindível monitoramento do fitoplâncton na previsão da eutrofização e de seus efeitos para o ecossistema. No estuário de São Vicente (Brasil) a biomassa fitoplanctônica, como clorofila-a, varia sazonalmente em resposta às chuvas e marés. O presente estudo visa apresentar dois programas de monitoramento para detectar florações fitoplanctônicas em relação a turbidez da água guiada pelas marés e chuvas. Métodos. As observações foram semanais na porção rasa (Fevereiro a Setembro de 2008; área 1) e observações em dias alternados no canal (verão de 2010; área 2). Os resultados mostram que a área 1, turbidez acima de 3000 RU manteve níveis de clorofila-a médios (4 mg.m-3) e duas florações ocorreram apenas em baixa turbidez, sendo esta diferente entre marés alta e baixa. Na área 2, a turbidez manteve-se entre 1500 RU, os nutrientes foram maiores durante as marés de quadratura, e as florações tiveram frequência de aproximadamente 15 dias, no final da quadratura, predominando diatomáceas em cadeia e eventualmente flagelados e diatomáceas penadas. A composição taxonômica variou entre florações e o padrão quinzenal foi significativamente alterado durante eventos com alta descarga de água doce oriundos da usina hidroelétrica Henry Borden (> 9*106.m³) o que impediu o acúmulo de fitoplâncton no período das quadraturas.
Padrões temporais; Descarga de água doce; Biomassa fitoplanctônica; Estuários controlados por maré