Ferramentas moleculares têm sido utilizadas para os estudos referentes à identificação e classificação dos organismos vivos. Entre estes, uma curta sequência do DNA mitocondrial, popularmente conhecida como DNA barcoding, tornou-se muito popular. No entanto, a utilidade e confiabilidade dos códigos de barras de DNA têm sido recentemente questionadas porque pseudogenes mitocondriais, cópias não-funcionais do DNA mitocondrial incorporados ao genoma nuclear, foram encontrados em vários táxons. Quando estas sequências parálogas são amplificadas juntamente com o DNA mitocondrial, podem passar despercebidas e acabam sendo analisadas como se fossem seqüências ortólogas. Nesta contribuição objetivou-se revisar e discutir os diferentes pontos de vista sobre as implicações de pseudogenes mitocondriais para entomologia. Discutimos também o problema através de uma perspectiva histórica e conceitual, abordando estratégias para eliminar ou evitar a presença dessas cópias nucleares em meio às sequências funcionais de DNA.
COI; molecular; NUMTs