Marcadores moleculares do tipo RAPD foram utilizados para estudar a diversidade genética de 31 clones de mandiocas brasileiras. Os resultados foram comparados com a diversidade genética fornecida por descritores botânicos. As relações de parentesco obtidas foram semelhantes para os dois tipos de marcadores utilizados. A análise multivariada baseada nos índices de similaridade genética entre os cultivares deste estudo permitiu o grupamento de genótipos mais indicados para o consumo "in natura", assim como daqueles genótipos destinados à produção de farinha num outro grupo. A maioria das raças locais, procedentes de várias regiões do país, apresentaram ampla dispersão, revelando serem uma importante fonte de variabilidade genética para a espécie. Os descritores botânicos foram incapazes de diferenciar treze pares de cultivares comparados dois-a-dois, enquanto que, através dos marcadores RAPD, apenas um par não foi possível diferenciar. Os resultados deste estudo mostram o poder da técnica RAPD em relação aos descritores botânicos para estudos de diversidade genética de mandiocas, assim como para a identificação de duplicatas e para a formação de "core collections", que são particularmente importantes nesta espécie de propagação vegetativa.