Uma progênie de 100 indivíduos F1 obtidos de um cruzamento entre cana-de-açúcar (S. officinarum `LA Purple') e seu suposto progenitor (S. robustum `Mol 5829') foi analisada utilizando marcadores moleculares em dose única. Marcadores do tipo AP-PCR, RFLP e AFLP, gerando um total de 642 polimorfismos, foram mapeados em ambas espécies. O mapa genético de LA Purple foi composto de 341 marcadores, distribuídos em 74 grupos de ligação e 1.881 cM, enquanto que o mapa de ligação de Mol 5829 continha 301 marcadores ao longo de 65 grupos de ligação e 1.189 cM. A transmissão genética nessas duas espécies apresentou polissomia incompleta devido a detecção de 15% dos marcadores em dose simples ligados em fase de repulsão e 13% desses em Mol 5829. Devido a essa polissomia incompleta, os marcadores em dose múltipla não puderam ser mapeados por falta de um modelo genético para descrever tal segregação. O mapeamento de sondas de RFLP, conservadas entre espécies próximas evolutivamente, permitirá que os mapas genéticos gerados sejam utilizados como poderosas ferramentas no melhoramento e em estudos de ecologia, evolução e biologia molecular dentro das Andropogoneas.