Foram realizados estudos citogenéticos e morfológicos em nove populações locais de Astyanax scabripinnis paranae. Todas as populações apresentaram 2n = 50 cromossomos e conspícuas diferenças envolvendo a morfologia dos cromossomos, número e posição das NORs e quantidade e localização dos blocos de heterocromatina constitutiva. O estudo quantitativo dos dados citogenéticos, usando a análise das variáveis canônicas (CVA), mostraram que oito populações apresentaram diferentes constituições cariotípicas. Análises morfológicas baseadas em nove caracteres morfométricos e dois merísticos foram eficazes no estabelecimento de uma clara identificação de cinco populações. Análises comparativas dos dados citogenéticos e morfológicos sugerem que as modificações cromossômicas e morfológicas ocorreram em diferentes taxas, sendo as cromossômicas mais rápidas do que as morfológicas. A despeito da similaridade morfológica encontrada entre algumas populações, diferenças cromossômicas foram detectadas entre todas as populações estudadas.